| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 南方红豆杉概述 | 第12-13页 |
| 1.1.1 南方红豆杉的地理分布 | 第12页 |
| 1.1.2 南方红豆杉的生物学特性 | 第12页 |
| 1.1.3 南方红豆杉的价值 | 第12-13页 |
| 1.2 分子标记概述 | 第13-17页 |
| 1.2.1 分子标记的类型 | 第13页 |
| 1.2.2 SSR标记开发方法 | 第13-14页 |
| 1.2.3 SSR标记的检测方法 | 第14页 |
| 1.2.4 分子标记在南方红豆杉中的应用 | 第14-17页 |
| 1.2.4.1 SSR分子标记的开发 | 第14-15页 |
| 1.2.4.2 种质资源鉴定与分子评价 | 第15页 |
| 1.2.4.3 遗传多样性与种群保护 | 第15-16页 |
| 1.2.4.4 紫杉醇相关基因的克隆与分析 | 第16-17页 |
| 1.2.4.5 转录组学研究 | 第17页 |
| 1.3 父本分析研究进展 | 第17-21页 |
| 1.3.1 亲本分析的概念及意义 | 第17-18页 |
| 1.3.2 父本分析的方法 | 第18-19页 |
| 1.3.3 分子标记在父本分析中的应用 | 第19-21页 |
| 1.3.3.1 同工酶标记 | 第20页 |
| 1.3.3.2 AFLP标记 | 第20页 |
| 1.3.3.3 SSR标记 | 第20-21页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第21-23页 |
| 1.5 技术路线 | 第23-24页 |
| 2 基于转录组数据的南方红豆杉EST-SSR标记的开发 | 第24-38页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第24-25页 |
| 2.1.2 试验试剂 | 第25页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第25页 |
| 2.2 试验方法 | 第25-27页 |
| 2.2.1 DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2 DNA检测 | 第26页 |
| 2.2.3 EST序列来源及预处理 | 第26页 |
| 2.2.4 SSR位点鉴别及引物筛选 | 第26-27页 |
| 2.2.5 PCR反应与基因分型 | 第27页 |
| 2.2.6 数据分析 | 第27页 |
| 2.2.7 多态性位点有效性评估 | 第27页 |
| 2.3 结果与分析 | 第27-35页 |
| 2.3.1 南方红豆杉转录组结果分析 | 第27-28页 |
| 2.3.1.1 转录组序列拼接结果 | 第27-28页 |
| 2.3.1.2 转录组SSR位点的数量与分布 | 第28页 |
| 2.3.1.3 转录组SSR基序重复类型和频率特征 | 第28页 |
| 2.3.2 东北红豆杉转录组结果分析 | 第28-30页 |
| 2.3.2.1 序列拼接结果 | 第28-29页 |
| 2.3.2.2 转录组SSR位点的数量与分布 | 第29页 |
| 2.3.2.3 转录组SSR基序重复类型和频率特征 | 第29-30页 |
| 2.3.3 欧洲红豆杉转录组结果分析 | 第30-31页 |
| 2.3.3.1 序列拼接结果 | 第30页 |
| 2.3.3.2 转录组SSR位点的数量与分布 | 第30-31页 |
| 2.3.3.3 转录组SSR基序重复类型和频率特征 | 第31页 |
| 2.3.4 曼地亚红豆杉转录组结果分析 | 第31-32页 |
| 2.3.4.1 序列拼接结果 | 第31页 |
| 2.3.4.2 转录组SSR位点的数量与分布 | 第31-32页 |
| 2.3.4.3 转录组SSR基序重复类型和频率特征 | 第32页 |
| 2.3.5 EST-SSR引物筛选 | 第32-33页 |
| 2.3.6 南方红豆杉多态性位点遗传多样性参数分析 | 第33-34页 |
| 2.3.7 南方红豆杉位点种间扩增研究 | 第34页 |
| 2.3.8 南方红豆杉多态性位点有效性验证 | 第34-35页 |
| 2.4 讨论 | 第35-38页 |
| 2.4.1 SSR位点特征 | 第35-36页 |
| 2.4.2 遗传多样性参数分析 | 第36-38页 |
| 3 南方红豆杉父本分析 | 第38-52页 |
| 3.1 试验材料 | 第38-39页 |
| 3.1.1 试验材料采集地概况 | 第38页 |
| 3.1.2 父本试验材料 | 第38-39页 |
| 3.1.3 子代试验材料 | 第39页 |
| 3.1.4 试验试剂与仪器 | 第39页 |
| 3.2 试验方法 | 第39-41页 |
| 3.2.1 DNA提取和检测 | 第39-40页 |
| 3.2.2 引物筛选 | 第40页 |
| 3.2.3 PCR扩增与基因分型 | 第40-41页 |
| 3.2.4 数据统计及分析 | 第41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-48页 |
| 3.3.1 毛细管电泳结果 | 第41-44页 |
| 3.3.2 群体遗传多样性分析 | 第44-46页 |
| 3.3.3 自由授粉子代的父本分析 | 第46-48页 |
| 3.3.3.1 祁阳群体自由授粉子代父本分析 | 第46-47页 |
| 3.3.3.2 攸县群体自由授粉子代父本分析 | 第47页 |
| 3.3.3.3 八大公山群体自由授粉子代父本分析 | 第47-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-52页 |
| 3.4.1 父本分析结果探讨 | 第48-49页 |
| 3.4.2 亲本交配距离 | 第49-50页 |
| 3.4.3 群体近交状况与基因流分析 | 第50页 |
| 3.4.4 南方红豆杉资源的保护策略 | 第50-52页 |
| 4 结论与创新点 | 第52-54页 |
| 4.1 结论 | 第52-53页 |
| 4.2 创新点 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 附录A 英文缩略表 | 第62-63页 |
| 附表B 4种红豆杉转录组信息 | 第63-64页 |
| 附表C 4种红豆杉核苷酸长度分布和频率 | 第64-65页 |
| 附表D 基于4种红豆杉转录组数据的112对EST-SSR引物信息 | 第65-74页 |
| 附表E 南方红豆杉103个多态性位点的遗传参数分析 | 第74-79页 |
| 附表F 107个EST-SSR位点在5种红豆杉中的扩增情况 | 第79-84页 |
| 附录G 攻读硕士学位期间的主要学术成果 | 第84-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
