| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 研究目的与研究意义 | 第15-16页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第16-26页 |
| 1.2.1 瘤胃微生物群落的组成和结构 | 第16页 |
| 1.2.2 瘤胃原虫的主要作用 | 第16-18页 |
| 1.2.3 影响瘤胃原虫数量的因素 | 第18-20页 |
| 1.2.4 影响瘤胃原虫多样性的因素 | 第20-21页 |
| 1.2.5 瘤胃原虫研究方法 | 第21-24页 |
| 1.2.6 原虫 18S rRNA基因及相关引物 | 第24-26页 |
| 1.3 试验技术路线与研究内容 | 第26-27页 |
| 1.3.1 试验技术路线 | 第26页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第26-27页 |
| 第二章 瘤胃原虫 18S rRNA全长基因扩增引物的设计与验证 | 第27-33页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第27-28页 |
| 2.1.1 瘤胃原虫 18S rRNA全长基因扩增引物的设计 | 第27页 |
| 2.1.2 原虫 18S rRNA全长基因扩增引物的筛选与验证 | 第27-28页 |
| 2.2 结果与分析 | 第28-31页 |
| 2.2.1 待筛选与验证的瘤胃原虫 18S rRNA基因扩增引物 | 第28-29页 |
| 2.2.2 引物碱基覆盖度 | 第29-30页 |
| 2.2.3 引物PCR扩增验证后电泳检测 | 第30-31页 |
| 2.2.4 原虫 18S rRNA基因序列OTU划分阈值 | 第31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-32页 |
| 2.4 小结 | 第32-33页 |
| 第三章 不同纤维和蛋白质来源日粮对奶牛瘤胃原虫多样性的影响 | 第33-44页 |
| 3.1 材料与方法 | 第33-36页 |
| 3.1.1 试验动物与试验设计 | 第33-35页 |
| 3.1.2 试验样品采集 | 第35页 |
| 3.1.3 瘤胃液微生物总DNA的提取 | 第35页 |
| 3.1.4 瘤胃原虫 18S rRNA基因克隆文库的构建 | 第35页 |
| 3.1.5 瘤胃原虫 18S rRNA基因序列分析 | 第35-36页 |
| 3.1.6 统计分析 | 第36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-41页 |
| 3.2.1 瘤胃液微生物总DNA的提取 | 第36页 |
| 3.2.2 原虫 18S rRNA基因序列分析 | 第36-39页 |
| 3.2.3 瘤胃原虫丰富度和多样性分析 | 第39-40页 |
| 3.2.4 瘤胃原虫系统发育分析 | 第40-41页 |
| 3.3 讨论 | 第41-43页 |
| 3.4 小结 | 第43-44页 |
| 第四章 不同纤维和蛋白质来源日粮对奶牛瘤胃原虫数量的影响 | 第44-54页 |
| 4.1 试验材料与方法 | 第44-47页 |
| 4.1.1 试验动物、设计、日粮及饲养管理 | 第44页 |
| 4.1.2 试验样品的采集 | 第44页 |
| 4.1.3 原虫显微镜计数 | 第44-45页 |
| 4.1.4 瘤胃液微生物总DNA的提取 | 第45页 |
| 4.1.5 瘤胃原虫定量PCR标准品的制备 | 第45-46页 |
| 4.1.6 定量PCR检测瘤胃原虫数量 | 第46页 |
| 4.1.7 相对定量PCR检测瘤胃原虫Entodinium和Dasytricha丰度 | 第46-47页 |
| 4.1.8 统计与分析 | 第47页 |
| 4.2 结果与分析 | 第47-51页 |
| 4.2.1 微生物总DNA的提取 | 第47页 |
| 4.2.2 显微镜计数瘤胃原虫数量 | 第47-48页 |
| 4.2.3 定量PCR标准曲线 | 第48-49页 |
| 4.2.5 定量PCR检测瘤胃原虫数量 | 第49页 |
| 4.2.6 相对定量PCR检测Entodinium丰度 | 第49-50页 |
| 4.2.7 相对定量PCR检测Dasytricha丰度 | 第50-51页 |
| 4.3 讨论 | 第51-53页 |
| 4.4 小结 | 第53-54页 |
| 第五章 全文结论 | 第54-56页 |
| 5.1 结论 | 第54页 |
| 5.2 本试验创新点 | 第54-55页 |
| 5.3 有待于进一步研究的问题 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| 附录 | 第65-72页 |
| 附录一 各个阈值划分后OTU分类结果 | 第65-70页 |
| 附录二 PCR产物与载体的连接转化以及涂板 | 第70-71页 |
| 附录三 DNA质粒提取方法 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
| 作者简历 | 第74页 |
