| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1 禽白血病研究进展 | 第11-15页 |
| 1.1 禽白血病研究简史 | 第11-12页 |
| 1.2 禽白血病流行病学 | 第12页 |
| 1.3 禽白血病临床诊断 | 第12-13页 |
| 1.4 禽白血病病毒的致病机理 | 第13-14页 |
| 1.4.1 致瘤机制 | 第13-14页 |
| 1.4.2 免疫抑制 | 第14页 |
| 1.5 禽白血病的净化与防治 | 第14-15页 |
| 2 转录组学技术在生物研究中的应用 | 第15页 |
| 3 lncRNA的研究进展 | 第15-20页 |
| 3.1 lncRNA的概述 | 第16-17页 |
| 3.2 lncRNA的生物学功能 | 第17-19页 |
| 3.2.1 lncRNA在表观遗传中的调控 | 第17-18页 |
| 3.2.2 lncRNA在转录中的调控 | 第18页 |
| 3.2.3 lncRNA与肿瘤发生 | 第18-19页 |
| 3.2.4 lncRNA在病毒感染中的调控 | 第19页 |
| 3.3 lncRNA研究展望 | 第19-20页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 ALV-J感染CEF和HD11后细胞生物学特性变化 | 第21-32页 |
| 1 材料与方法 | 第21-26页 |
| 1.1 实验材料 | 第21页 |
| 1.2 实验方法 | 第21-26页 |
| 1.2.1 细胞分离与培养 | 第22页 |
| 1.2.2 ALV-J的TCID50测定 | 第22-23页 |
| 1.2.3 间接免疫荧光 | 第23页 |
| 1.2.4 总RNA提取 | 第23-24页 |
| 1.2.5 反转录与qRT-PCR | 第24-25页 |
| 1.2.6 细胞增殖 | 第25页 |
| 1.2.7 细胞凋亡 | 第25-26页 |
| 2 结果与分析 | 第26-29页 |
| 2.1 病毒毒力测定 | 第26页 |
| 2.2 间接免疫荧光鉴定 | 第26-27页 |
| 2.3 病毒在两种细胞中拷贝数变化 | 第27页 |
| 2.4 细胞增殖影响 | 第27-28页 |
| 2.5 细胞凋亡影响 | 第28-29页 |
| 3 讨论 | 第29-32页 |
| 第三章 ALV-J感染两种细胞后mRNA表达规律探讨 | 第32-49页 |
| 1 材料与方法 | 第32-35页 |
| 1.1 实验材料 | 第32页 |
| 1.2 实验方法 | 第32-35页 |
| 1.2.1 病毒侵染与细胞收集 | 第32-33页 |
| 1.2.2 总RNA提取与纯化 | 第33页 |
| 1.2.3 RNA质检 | 第33页 |
| 1.2.4 测序实验 | 第33-34页 |
| 1.2.5 数据分析 | 第34页 |
| 1.2.6 qRT-PCR验证 | 第34-35页 |
| 2 结果与分析 | 第35-45页 |
| 2.1 测序实验整体评估 | 第35-38页 |
| 2.1.1 样品总RNA质量评估 | 第35-36页 |
| 2.1.2 数据质量总体评估 | 第36-37页 |
| 2.1.3 转录组数据评估 | 第37-38页 |
| 2.2 差异基因筛选与分布 | 第38-39页 |
| 2.3 GO分析 | 第39-43页 |
| 2.3.1 CEF细胞各时间点GO分析 | 第39-40页 |
| 2.3.2 HD11细胞各时间点GO分析 | 第40-42页 |
| 2.3.3 两种细胞各时间点共同差异基因GO分析 | 第42-43页 |
| 2.4 KEGG分析 | 第43-44页 |
| 2.5 qRT-PCR验证 | 第44-45页 |
| 3 讨论 | 第45-49页 |
| 3.1 富集通路分析 | 第45-46页 |
| 3.2 先天性免疫相关基因变化 | 第46页 |
| 3.3 适应性免疫相关基因变化 | 第46-47页 |
| 3.4 炎症反应相关基因变化 | 第47页 |
| 3.5 肿瘤形成、转移、抑制相关基因变化 | 第47-49页 |
| 第四章 ALV-J感染两种细胞后lncRNA表达规律探讨 | 第49-61页 |
| 1 材料与方法 | 第49-51页 |
| 1.1 实验材料 | 第49页 |
| 1.2 实验方法 | 第49-51页 |
| 1.2.1 样品准备与上机测序 | 第49页 |
| 1.2.2 lncRNA筛选与表达量计算 | 第49-50页 |
| 1.2.3 差异lncRNA筛选与靶基因预测 | 第50页 |
| 1.2.4 生物信息学分析 | 第50页 |
| 1.2.5 qRT-PCR验证 | 第50-51页 |
| 2 结果与分析 | 第51-59页 |
| 2.1 lncRNA结构特点 | 第51-52页 |
| 2.2 差异lncRNA的筛选与功能分析 | 第52-55页 |
| 2.2.1 差异lncRNA的分布 | 第52-53页 |
| 2.2.2 差异lncRNA所预测的靶基因功能分析 | 第53-55页 |
| 2.3 lncRNA与mRNA共表达分析 | 第55-58页 |
| 2.4 qRT-PCR验证 | 第58-59页 |
| 3 讨论 | 第59-61页 |
| 第五章 ALV-J感染组织中转录组变化规律探讨 | 第61-75页 |
| 1 材料与方法 | 第61-64页 |
| 1.1 实验材料 | 第61页 |
| 1.2 实验方法 | 第61-64页 |
| 1.2.1 组织样品DNA提取与检测 | 第61-62页 |
| 1.2.2 测序样品准备与检测 | 第62-63页 |
| 1.2.3 RNA-seq测序数据处理及生物信息学分析 | 第63页 |
| 1.2.4 qRT-PCR验证 | 第63-64页 |
| 2 结果与分析 | 第64-73页 |
| 2.1 组织样中病毒鉴定 | 第64-65页 |
| 2.2 RNA质量检测 | 第65页 |
| 2.3 数据统计与整体质量评估 | 第65-68页 |
| 2.3.1 数据统计与评估 | 第65-66页 |
| 2.3.2 测序质量评估 | 第66-68页 |
| 2.4 lncRNA鉴定与分类统计 | 第68页 |
| 2.5 差异mRNA的筛选与功能注释 | 第68-70页 |
| 2.5.1 差异基因GO分析 | 第69页 |
| 2.5.2 差异基因的KEGG分析 | 第69-70页 |
| 2.6 关键lncRNA筛选 | 第70-72页 |
| 2.7 qRT-PCR验证 | 第72-73页 |
| 3 讨论 | 第73-75页 |
| 全文结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 附录 | 第83-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第89-90页 |
