| 符号说明 | 第6-11页 |
| 中文摘要 | 第11-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 1 前言 | 第16-29页 |
| 1.1 烟草脉带花叶病毒 | 第16-19页 |
| 1.1.1 发生与危害 | 第16-17页 |
| 1.1.2 全基因组序列与结构 | 第17-18页 |
| 1.1.3 蛋白序列及功能的研究 | 第18-19页 |
| 1.2 马铃薯X病毒 | 第19-21页 |
| 1.3 病毒的相互作用 | 第21-24页 |
| 1.3.1 协生作用 | 第21-24页 |
| 1.3.2 拮抗作用 | 第24页 |
| 1.4 二代测序在植物病毒研究中的应用 | 第24-27页 |
| 1.4.1 二代测序技术研究病毒与寄主植物的互作 | 第25页 |
| 1.4.2 二代测序技术鉴定植物病毒 | 第25-27页 |
| 1.5 芝麻病毒病 | 第27页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第27-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-53页 |
| 2.1 材料 | 第29-30页 |
| 2.1.1 样品及毒原 | 第29页 |
| 2.1.2 供试植物 | 第29页 |
| 2.1.3 菌株 | 第29页 |
| 2.1.4 血清 | 第29页 |
| 2.1.5 生化试剂、试剂盒与酶 | 第29-30页 |
| 2.1.6 寡聚核苷酸引物 | 第30页 |
| 2.1.7 主要实验仪器 | 第30页 |
| 2.2 方法 | 第30-53页 |
| 2.2.1 侵染性克隆的接种 | 第30-33页 |
| 2.2.2 间接ELISA法检测病毒积累量 | 第33-35页 |
| 2.2.3 RT-PCR检测病毒 | 第35-36页 |
| 2.2.4 本氏烟的转录组数据分析 | 第36-43页 |
| 2.2.5 芝麻病叶的小RNA测序 | 第43-44页 |
| 2.2.6 验证小RNA测序结果 | 第44-48页 |
| 2.2.7 TVBMV芝麻分离物全基因组序列测定 | 第48-51页 |
| 2.2.8 TVBMV芝麻分离物全基因组序列分析 | 第51-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-98页 |
| 3.1 TVBMV与PVX的协生 | 第53-59页 |
| 3.1.1 TVBMV野生型及弱毒突变体T-HCM与PVX侵染本氏烟的症状 | 第53-57页 |
| 3.1.2 检测TVBMV野生型及弱毒突变体与PVX侵染本氏烟病毒的积累量 | 第57-59页 |
| 3.2 TVBMV野生型及弱毒突变体与PVX复合侵染的转录组学分析 | 第59-88页 |
| 3.2.1 RNA样品的提取及质量检测 | 第59页 |
| 3.2.2 测序数据的初步分析 | 第59-61页 |
| 3.2.3 基因表达水平分析 | 第61-62页 |
| 3.2.4 基因差异表达分析 | 第62-67页 |
| 3.2.5 差异基因的GO富集分析 | 第67-73页 |
| 3.2.6 差异基因的KEGG富集分析 | 第73-75页 |
| 3.2.7 荧光定量RT-PCR验证RNA-seq数据的准确性 | 第75页 |
| 3.2.8 荧光定量PCR验证关键通路基因 | 第75-78页 |
| 3.2.9 协生引起的病害症状的相关因子 | 第78-88页 |
| 3.3 感病芝麻样品的小RNA测序及分析 | 第88-91页 |
| 3.3.1 感病芝麻样品的田间症状 | 第88-89页 |
| 3.3.2 RNA样品的提取及质量检测 | 第89页 |
| 3.3.3 序列处理 | 第89-90页 |
| 3.3.4 小RNA测序结果 | 第90页 |
| 3.3.5 RT-PCR检测芝麻样品中的TVBMV | 第90-91页 |
| 3.3.6 序列测定及分析 | 第91页 |
| 3.3.7 Western blotting检测芝麻样品TVBMV蛋白表达水平 | 第91页 |
| 3.4 TVBMV芝麻分离物全基因组测序及分析 | 第91-98页 |
| 3.4.1 RT-PCR结果 | 第91-92页 |
| 3.4.2 序列测定 | 第92页 |
| 3.4.3 基因组结构 | 第92-93页 |
| 3.4.4 核苷酸和氨基酸一致率 | 第93-94页 |
| 3.4.5 系统进化关系 | 第94页 |
| 3.4.6 重组分析 | 第94-95页 |
| 3.4.7 生物学性状 | 第95-96页 |
| 3.4.8 全基因组序列 | 第96-98页 |
| 4 讨论 | 第98-102页 |
| 4.1 病毒的协生作用 | 第98-99页 |
| 4.2 病毒复合侵染本氏烟引起的转录组变化 | 第99-100页 |
| 4.3 协生作用与单独侵染本氏烟的转录组数据比较 | 第100-102页 |
| 5 结论 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第116页 |
