| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩略语表 | 第14-20页 |
| 1 绪论 | 第20-35页 |
| 1.1 芽休眠及其诱导和解除 | 第21-22页 |
| 1.1.1 芽休眠及其意义 | 第21页 |
| 1.1.2 芽休眠的诱导和解除 | 第21-22页 |
| 1.2 芽休眠状态转变过程中的生理变化与分子调控机制 | 第22-30页 |
| 1.2.1 激素代谢 | 第23-25页 |
| 1.2.2 抗氧化代谢 | 第25页 |
| 1.2.3 糖代谢 | 第25页 |
| 1.2.4 水分代谢 | 第25-26页 |
| 1.2.5 环境响应相关基因 | 第26-28页 |
| 1.2.6 MADS-Box家族基因对芽休眠的调控作用 | 第28-30页 |
| 1.3 表观遗传及其对芽休眠的调控 | 第30-32页 |
| 1.3.1 microRNA对芽休眠的调控作用 | 第30-31页 |
| 1.3.2 DNA甲基化对芽休眠的调控作用 | 第31-32页 |
| 1.3.3 组蛋白修饰对芽休眠的调控作用 | 第32页 |
| 1.4 梨芽休眠研究进展 | 第32-33页 |
| 1.5 立题依据与研究内容 | 第33-35页 |
| 2 梨MIKC~C-type MADS Box基因家族的鉴定及表达分析 | 第35-50页 |
| 2.1 材料与方法 | 第36-41页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第36页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第36-41页 |
| 2.1.2.1 萌芽率统计 | 第36-37页 |
| 2.1.2.2 内休眠时期和休眠状态的确定 | 第37页 |
| 2.1.2.3 RNA的提取 | 第37页 |
| 2.1.2.4 DNaseI处理和cDNA文库构建 | 第37-38页 |
| 2.1.2.5 梨MIKC~C-type MADS Box基因家族全基因组鉴定和分析 | 第38-39页 |
| 2.1.2.6 5'RACE、3'RACE和基因克隆分析 | 第39-40页 |
| 2.1.2.7 梨MIKC~C家族基因组织特异性分析和休眠过程中表达模式分析 | 第40-41页 |
| 2.1.2.8 统计分析 | 第41页 |
| 2.2 结果与分析 | 第41-48页 |
| 2.2.1 梨MIKC~C基因家族位置及特征 | 第41-42页 |
| 2.2.2 梨MIKC~C家族基因系统进化分析 | 第42-43页 |
| 2.2.3 梨MIKC~C家族基因保守基序和基因结构分析 | 第43-46页 |
| 2.2.4 梨MIKC~C家族基因组织特异性表达分析 | 第46-47页 |
| 2.2.5 2010/11年度'酥梨'休眠状态 | 第47页 |
| 2.2.6 梨MIKC~C家族基因在休眠转变过程中表达分析 | 第47-48页 |
| 2.3 讨论 | 第48-50页 |
| 3 低温调控梨花芽休眠的分子网络研究 | 第50-62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第50-53页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第50-51页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第51-53页 |
| 3.1.2.1 萌芽率统计 | 第51页 |
| 3.1.2.2 RNA的提取 | 第51页 |
| 3.1.2.3 DNase I处理和cDNA文库构建 | 第51页 |
| 3.1.2.4 实时荧光定量PCR实验 | 第51页 |
| 3.1.2.5 载体构建 | 第51页 |
| 3.1.2.6 酵母单杂交实验(Y1H) | 第51-52页 |
| 3.1.2.7 荧光素酶报告基因检测实验(Dual-Luciferase assay) | 第52-53页 |
| 3.2 结果与分析 | 第53-59页 |
| 3.2.1 DAM基因启动子的克隆和顺式作用元件分析 | 第53-54页 |
| 3.2.2 CBF蛋白诱导PpDAM基因表达的互作验证 | 第54-56页 |
| 3.2.3 DAM蛋白诱导PpFT2基因表达的互作验证 | 第56-59页 |
| 3.2.4 冷响应因子在梨花芽休眠过程中的表达模式 | 第59页 |
| 3.3 讨论 | 第59-62页 |
| 4 脱落酸及其信号途径中HD-Zip家族基因调控梨花芽休眠的机制 | 第62-85页 |
| 4.1 材料与方法 | 第63-67页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第63页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第63-67页 |
| 4.1.2.1 植物激素提取方法 | 第63页 |
| 4.1.2.2 质谱条件的优化 | 第63-65页 |
| 4.1.2.3 酵母单杂交和荧光素酶报告基因检测实验 | 第65页 |
| 4.1.2.4 梨HD-Zip家族基因休眠过程中表达模式分析 | 第65-67页 |
| 4.2 结果与分析 | 第67-82页 |
| 4.2.1 利用UPLC/MS/MS测定梨内源激素方法的建立 | 第67-71页 |
| 4.2.2 梨花芽休眠过程中ABA含量的变化 | 第71-72页 |
| 4.2.3 全基因组梨HD-Zip家族基因鉴定 | 第72-78页 |
| 4.2.4 梨花芽休眠过程中HD-Zip家族基因的表达分析 | 第78-81页 |
| 4.2.4.1 HD-ZipⅠ在休眠过程中的表达分析 | 第78页 |
| 4.2.4.2 HD-ZipⅡ在休眠过程中的表达分析 | 第78-79页 |
| 4.2.4.3 HD-ZipⅢ在休眠过程中的表达分析 | 第79-80页 |
| 4.2.4.4 HD-ZipⅣ在休眠过程中的表达分析 | 第80-81页 |
| 4.2.5 PpHB22与DAM的互作分析 | 第81-82页 |
| 4.3 讨论 | 第82-85页 |
| 5 microRNA调控梨花芽休眠分子机制的初探 | 第85-110页 |
| 5.1 材料与方法 | 第85-90页 |
| 5.1.1 试验材料 | 第85页 |
| 5.1.2 试验方法 | 第85-90页 |
| 5.1.2.1 全基因组预测梨miRNA | 第85-86页 |
| 5.1.2.2 miRNA靶基因预测和功能注释 | 第86页 |
| 5.1.2.3 miRNA的提取 | 第86-87页 |
| 5.1.2.4 Small RNA测序和降解组测序分析 | 第87-88页 |
| 5.1.2.5 miRNA表达模式聚类分析 | 第88-89页 |
| 5.1.2.6 差异表达miRNA的实时荧光定量PCR技术验证 | 第89页 |
| 5.1.2.7 利用5RACE对miRNA剪切位点的鉴定 | 第89-90页 |
| 5.2 结果与分析 | 第90-107页 |
| 5.2.1 全基因组预测miRNA及其靶基因功能分析 | 第90-96页 |
| 5.2.1.1 梨基因组miRNA的鉴定 | 第90-92页 |
| 5.2.1.2 miRNA靶基因预测及功能分析 | 第92-96页 |
| 5.2.2 利用sRNA-Seq对梨休眠过程miRNA的表达模式分析 | 第96-107页 |
| 5.2.2.1 梨花芽休眠过程中miRNA的鉴定 | 第96-102页 |
| 5.2.1.2 休眠过程中梨miRNA的表达模式分析 | 第102-104页 |
| 5.2.1.3 梨花芽休眠期间差异表达miRNA的qRT-PCR验证分析 | 第104页 |
| 5.2.1.4 利用降解组分析miRNA靶基因的 | 第104-106页 |
| 5.2.1.5 mi6390通过降解DAMs调控芽休眠 | 第106-107页 |
| 5.3 讨论 | 第107-110页 |
| 6 DNA甲基化对梨花芽休眠的调控研究 | 第110-126页 |
| 6.1 材料与方法 | 第111-118页 |
| 6.1.1 甲基化抑制剂对梨花芽休眠状态的影响 | 第111页 |
| 6.1.2 实验及分析方法 | 第111-118页 |
| 6.1.2.1 萌芽率统计 | 第111页 |
| 6.1.2.2 RNA的提取 | 第111页 |
| 6.1.2.3 DNA提取 | 第111-112页 |
| 6.1.2.4 全基因组Bisulfite甲基化测序(GWBS—Seq)和转录组研究 | 第112-113页 |
| 6.1.2.5 DNA甲基化测序分析 | 第113-115页 |
| 6.1.2.6 甲基化位点检测 | 第115-116页 |
| 6.1.2.7 甲基化差异区域分析和结构注释 | 第116页 |
| 6.1.2.8 DNA甲基化组关联的转录组学分析 | 第116-117页 |
| 6.1.2.9 DNA甲基化对休眠相关基因的调控作用 | 第117-118页 |
| 6.2 结果与分析 | 第118-124页 |
| 6.2.1 DNA甲基化抑制剂对梨花芽休眠状态的影响 | 第118-119页 |
| 6.2.2 梨花芽全基因组C位点甲基化状态 | 第119-120页 |
| 6.2.3 CG、CHG和CHH甲基化位点比例分析 | 第120页 |
| 6.2.4 基因组上不同功能元件甲基化分布 | 第120-121页 |
| 6.2.5 休眠期间DNA甲基化差异区域(DMR)富集分析 | 第121-123页 |
| 6.2.6 休眠期间蛋白互作网络构建 | 第123-124页 |
| 6.2.7 休眠期间共表达网络节点基因表达模式分析 | 第124页 |
| 6.3 讨论 | 第124-126页 |
| 7 小结与展望 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-144页 |
| 附表1 梨基因组鉴定miRNA序列及特征分析 | 第144-150页 |
| 附表2 梨miRNA基因簇信息 | 第150-153页 |
| 附表3 梨miRNA参与的生物学途径 | 第153-154页 |
| 作者简历 | 第154-155页 |
