| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-30页 |
| 1.1 全球气温变暖与海洋疾病的暴发 | 第13-14页 |
| 1.2 溶藻弧菌 | 第14页 |
| 1.3 σ因子 | 第14-22页 |
| 1.3.1 σ因子的分类 | 第14-15页 |
| 1.3.2 σ~(70)基本结构 | 第15-17页 |
| 1.3.3 反σ因子 | 第17-19页 |
| 1.3.4 触发σ因子从反σ因子上释放出来的机制 | 第19-22页 |
| 1.4 群体感应系统 | 第22-28页 |
| 1.4.1 哈维氏弧菌的群体感应系统 | 第23-24页 |
| 1.4.2 霍乱弧菌的群体感应系统 | 第24-25页 |
| 1.4.3 费氏弧菌的群体感应系统 | 第25-27页 |
| 1.4.4 创伤弧菌的群体感应系统 | 第27-28页 |
| 1.5 本课题的研究内容和意义 | 第28-30页 |
| 第2章 RpoE参与的温度对溶藻弧菌毒力的调控 | 第30-52页 |
| 2.1 前言 | 第30页 |
| 2.2 实验材料 | 第30-34页 |
| 2.2.1 菌株、质粒以及培养条件 | 第30页 |
| 2.2.2 引物 | 第30-33页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第33页 |
| 2.2.4 常用分析软件 | 第33-34页 |
| 2.3 实验方法 | 第34-37页 |
| 2.3.1 菌株构建 | 第34页 |
| 2.3.2 胞外蛋白酶活性检测 | 第34页 |
| 2.3.3 Western blotting分析 | 第34-35页 |
| 2.3.4 β-半乳糖苷酶活性检测 | 第35页 |
| 2.3.5 运动性检测 | 第35页 |
| 2.3.6 qRT-PCR分析 | 第35-36页 |
| 2.3.7 生长曲线测定 | 第36页 |
| 2.3.8 斑马鱼毒力实验 | 第36页 |
| 2.3.9 体外和体内竞争实验 | 第36-37页 |
| 2.3.10 RNA-seq分析 | 第37页 |
| 2.3.11 应激实验 | 第37页 |
| 2.4 实验结果 | 第37-50页 |
| 2.4.1 胞外毒力蛋白表达受温度的调控 | 第37-39页 |
| 2.4.2 RpoE参与温度对Asp及其他胞外毒力蛋白的调控 | 第39-41页 |
| 2.4.3 RpoE在响应应激和毒力中具有重要的调控作用 | 第41-46页 |
| 2.4.4 RNA-seq分析受温度和RpoE调控的基因 | 第46-47页 |
| 2.4.5 RpoE通过群体感应中枢元件LuxR调控Asp的表达 | 第47-50页 |
| 2.5 讨论 | 第50页 |
| 2.6 本章小结 | 第50-52页 |
| 第3章 温度通过RpoE调控毒力的分子机制 | 第52-79页 |
| 3.1 前言 | 第52页 |
| 3.2 实验材料 | 第52-59页 |
| 3.3 实验方法 | 第59-63页 |
| 3.3.1 蛋白纯化 | 第59-60页 |
| 3.3.2 凝胶迁移阻滞实验(EMSA) | 第60页 |
| 3.3.3 DNase I footprinting | 第60-61页 |
| 3.3.4 体外转录 | 第61页 |
| 3.3.5 染色质免疫共沉淀(ChIP) | 第61-62页 |
| 3.3.6 荧光测定 | 第62页 |
| 3.3.7 5'-RACE | 第62-63页 |
| 3.3.8 细菌双杂交系统 | 第63页 |
| 3.3.9 细胞质蛋白和细胞膜蛋白的抽提 | 第63页 |
| 3.4 实验结果 | 第63-76页 |
| 3.4.1 RpoE直接结合到luxR启动子上起始其转录 | 第63-66页 |
| 3.4.2 RpoE结合luxR启动子过程的温度依赖性 | 第66-69页 |
| 3.4.3 RpoE、LuxR和AphA蛋白共同调控luxR的转录 | 第69-71页 |
| 3.4.4 RpoE的结合位点在其他弧菌luxR启动子上普遍存在 | 第71-72页 |
| 3.4.5 RseA和RpoE基因簇及其相互作用分析 | 第72-73页 |
| 3.4.6 RseA和DegS参与了RpoE通过QS调控Asp的通路 | 第73-76页 |
| 3.4.7 RpoE通过QS调控毒力和响应温度应激的模型 | 第76页 |
| 3.5 讨论 | 第76-78页 |
| 3.6 本章小结 | 第78-79页 |
| 第4章 LuxR的调控元件的筛选和功能鉴定 | 第79-99页 |
| 4.1 前言 | 第79-80页 |
| 4.2 实验材料 | 第80-84页 |
| 4.3 实验方法 | 第84-85页 |
| 4.3.1 ChIP-seq | 第84页 |
| 4.3.2 杀菌实验 | 第84-85页 |
| 4.4 实验结果 | 第85-97页 |
| 4.4.1 群体感应三套信号通路对LuxR及胞外毒力蛋白的调控 | 第85页 |
| 4.4.2 LuxR蛋白表达的密度依赖性 | 第85-87页 |
| 4.4.3 LuxR直接结合到asp的启动子上调控其表达 | 第87-89页 |
| 4.4.4 RNA-seq分析LuxR蛋白的调控元件 | 第89-90页 |
| 4.4.5 ChIP-seq筛选LuxR蛋白直接结合的DNA序列 | 第90-91页 |
| 4.4.6 LuxR蛋白直接结合到T6S2的启动子上调控其杀菌作用 | 第91-94页 |
| 4.4.7 LuxR直接结合aphA的启动子 | 第94-95页 |
| 4.4.8 体内和体外实验验证ChIP-seq结果 | 第95-97页 |
| 4.5 讨论 | 第97-98页 |
| 4.6 本章小结 | 第98-99页 |
| 第5章 AphA调控元件的筛选和功能鉴定 | 第99-118页 |
| 5.1 前言 | 第99-100页 |
| 5.2 实验材料 | 第100-103页 |
| 5.3 实验方法 | 第103页 |
| 5.3.1 LuxAB化学发光检测 | 第103页 |
| 5.3.2 生物被膜 | 第103页 |
| 5.4 实验结果 | 第103-115页 |
| 5.4.1 AphA蛋白表达的密度依赖性 | 第103-105页 |
| 5.4.2 AphA调控运动性、生物被膜和对斑马鱼的毒力 | 第105页 |
| 5.4.3 AphA调控胞外毒力蛋白Asp的表达 | 第105-108页 |
| 5.4.4 AphA蛋白对Asp的调控作用是通过LuxR | 第108-109页 |
| 5.4.5 AphA直接结合的DNA序列筛选 | 第109-111页 |
| 5.4.6 AphA蛋白直接结合到自身的启动子抑制其表达 | 第111页 |
| 5.4.7 体外和体内实验验证ChIP-seq实验结果 | 第111-114页 |
| 5.4.8 crsB参与AphA蛋白对运动性的调控 | 第114-115页 |
| 5.4.9 AphA蛋白的调控网络 | 第115页 |
| 5.5 讨论 | 第115-117页 |
| 5.6 本章小结 | 第117-118页 |
| 第6章 结论与展望 | 第118-121页 |
| 6.1 主要结论 | 第118-119页 |
| 6.2 论文创新点 | 第119页 |
| 6.3 展望 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-132页 |
| 攻读博士学位期间的论文成果 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
