基于多层次数据整合分析水稻产量性状相关的基因及其关联
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-17页 |
| ·研究背景 | 第11-14页 |
| ·水稻产量需求 | 第11页 |
| ·影响水稻产量的因素 | 第11-13页 |
| ·水稻基因组及其注释 | 第13-14页 |
| ·相关研究进展 | 第14-16页 |
| ·研究内容和文章概述 | 第16-17页 |
| 第二章 数据和方法 | 第17-30页 |
| ·水稻产量基因和数量性状位点数据的收集 | 第17-19页 |
| ·遗传因子文献收集 | 第17页 |
| ·遗传因子数据库信息的收集 | 第17-18页 |
| ·遗传因子在水稻基因组上的定位 | 第18-19页 |
| ·水稻产量相关性状的归类 | 第19-20页 |
| ·水稻基因表达谱芯片 | 第20-21页 |
| ·基因表达谱芯片 | 第20页 |
| ·芯片数据来源 | 第20-21页 |
| ·水稻蛋白质相互作用数据 | 第21-22页 |
| ·蛋白质相互作用网络介绍 | 第21-22页 |
| ·蛋白质相互作用数据来源 | 第22页 |
| ·直系同源基因对数据 | 第22-23页 |
| ·功能注释数据 | 第23-25页 |
| ·基因本体论 | 第23-24页 |
| ·生物学通路 | 第24-25页 |
| ·数据量化方法 | 第25-28页 |
| ·相互作用网络距离 | 第25页 |
| ·基因簇概率 | 第25-26页 |
| ·最小共享生物过程 | 第26-27页 |
| ·Pearson相关系数 | 第27-28页 |
| ·朴素贝叶斯分类法 | 第28页 |
| ·富集分析 | 第28-29页 |
| ·性状网络构建方法 | 第29页 |
| ·CRTISO突变体和过表达 | 第29-30页 |
| 第三章 水稻性状关联网络 | 第30-41页 |
| ·朴素贝叶斯分类器预测新的性状基因 | 第30-32页 |
| ·产量相关性状的功能分析 | 第32-34页 |
| ·GO富集分析 | 第32页 |
| ·通路富集分析 | 第32-34页 |
| ·新发现的产量基因的验证 | 第34-38页 |
| ·拟南芥直系同源的基因表型验证 | 第34-35页 |
| ·间接相关的文献搜索 | 第35-36页 |
| ·类胡萝卜素基因的实验验证 | 第36-38页 |
| ·性状关联网络的构建和分析 | 第38-41页 |
| ·性状关联网络的构建 | 第38-39页 |
| ·性状关联网络的分析 | 第39-41页 |
| 第四章 水稻基因关联网络 | 第41-46页 |
| ·基因关联网络的模块分析 | 第41-43页 |
| ·水稻产量性状相关的子网络 | 第43-46页 |
| 第五章 讨论 | 第46-50页 |
| ·不可共存性状的机制解释 | 第46-49页 |
| ·钾离子相关的基因和水稻产量高度相关的原因探究 | 第49-50页 |
| 第六章 工作总结 | 第50-51页 |
| 附录 | 第51-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 后记 | 第65页 |
