| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 前言 | 第8-18页 |
| ·三角褐指藻简介 | 第8页 |
| ·三角褐指藻基因组研究 | 第8-9页 |
| ·假基因介绍 | 第9-10页 |
| ·假基因定义 | 第9页 |
| ·假基因产生及分类 | 第9-10页 |
| ·国内外假基因研究现状 | 第10-11页 |
| ·假基因的重要性 | 第11-18页 |
| ·假基因识别 | 第12-13页 |
| ·假基因分布 | 第13-14页 |
| ·假基因功能研究 | 第14-16页 |
| ·假基因进化研究 | 第16-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-37页 |
| ·实验材料 | 第18-19页 |
| ·假基因研究实验数据的下载 | 第18页 |
| ·使用的生物信息学工具 | 第18-19页 |
| ·实验方法 | 第19-37页 |
| ·三角褐指藻功能蛋白集与基因组进行six-Frame tBlastn比对 | 第20-23页 |
| ·移除重复序列,合并属于同一假基因的匹配物 | 第23-26页 |
| ·获取匹配物的序列和非编码云(utr)序列 | 第26-35页 |
| ·移除低重要性的,与功能基因重叠的匹配物 | 第35页 |
| ·去除冗余序列 | 第35页 |
| ·去除剩余候选假基因中潜在功能基因和被重复序列污染的序列 | 第35-36页 |
| ·加工假基因,非加工假基因,假基因片段分类 | 第36页 |
| ·相关数据统计分析 | 第36-37页 |
| 3 结果与讨论 | 第37-46页 |
| ·三角褐指藻基因组假基因数量及其分布 | 第37-40页 |
| ·染色体长度和加工假基因数量关系 | 第40-41页 |
| ·整个基因组内部GC含量与加工假基因数量的关系 | 第41-43页 |
| ·假基因序列完整性及相似性与对应的假基因数量的关系 | 第43-44页 |
| ·假基因及假基因片段的数目与其功能基因长度的关系 | 第44-46页 |
| 4 结论 | 第46-47页 |
| 5 展望 | 第47-48页 |
| 6 参考文献 | 第48-54页 |
| 7 论文发表情况 | 第54-55页 |
| 8 致谢 | 第55页 |
