| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 縮略词表（Abbreviation) | 第9-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-22页 |
| ·根瘤菌基因组 | 第10-13页 |
| ·概述 | 第10页 |
| ·根瘤菌(Rhizobia)简介 | 第10-11页 |
| ·根瘤菌属(Rhizobium) | 第11页 |
| ·慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium) | 第11页 |
| ·中华根瘤菌属(Sinorhizobium) | 第11-12页 |
| ·中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium) | 第12页 |
| ·固氮根瘤菌属(Azorhizobium) | 第12页 |
| ·异样根瘤菌属(Allorhizobium) | 第12-13页 |
| ·其他根瘤菌 | 第13页 |
| ·共生与固氮 | 第13-14页 |
| ·基因组学研究背景及进展 | 第14-15页 |
| ·比较基因组学研究背景及进展 | 第15-18页 |
| ·概述 | 第15-16页 |
| ·比较基因组学研究内容 | 第16页 |
| ·比较基因组学常用概念简述 | 第16-17页 |
| ·比较基因组学常用数据库 | 第17页 |
| ·比较基因组学常用工具 | 第17-18页 |
| ·蛋白质相互作用网络 | 第18-21页 |
| ·概述 | 第18-19页 |
| ·实验方法简述 | 第19页 |
| ·理论预测方法简述 | 第19-20页 |
| ·基于系统发育谱的方法 | 第19-20页 |
| ·基于同源蛋白预测的方法 | 第20页 |
| ·基于蛋白质结构特征的方法 | 第20页 |
| ·基于蛋白序列统计特征的方法 | 第20页 |
| ·已有的根瘤菌蛋白质互作网络 | 第20-21页 |
| ·研究目的与意义 | 第21-22页 |
| 第二章 根瘤菌比较基因组学研究 | 第22-51页 |
| ·材料与方法 | 第22-29页 |
| ·基因组数据 | 第22-23页 |
| ·基因组复制起始点(OriC)数据 | 第23-24页 |
| ·部分物种共生、固氮途径的功能基因数据 | 第24页 |
| ·构建系统发生树(Phylogenetic tree) | 第24-26页 |
| ·构建物种之间的系统发生树 | 第25-26页 |
| ·构建nifA、nodA基因的系统发生树 | 第26页 |
| ·核苷酸水平的全基因组比对 | 第26-27页 |
| ·基因家族、差异基因及物种特异基因分析 | 第27-28页 |
| ·基本概念 | 第27页 |
| ·实验所用软件 | 第27页 |
| ·实验步骤 | 第27-28页 |
| ·共生基因(Symbiosis)与固氮基因(Nitrogen fixation)的比较基因组学分析 | 第28-29页 |
| ·结果与分析 | 第29-50页 |
| ·系统发生树的结果与分析 | 第29-36页 |
| ·核苷酸水平的全基因组比对 | 第36-41页 |
| ·基因家族分析 | 第41-46页 |
| ·“科”分类水平上的基因家族聚类分析 | 第43页 |
| ·“属”分类水平上的基因家族聚类分析 | 第43-44页 |
| ·传统6属根瘤菌与他属根瘤菌之间的聚类分析 | 第44页 |
| ·差异基因(DG)与物种特异基因(SSG)分析 | 第44-46页 |
| ·共生基因与固氮基因的比较基因组学分析结果 | 第46-50页 |
| ·小结 | 第50-51页 |
| 第三章 根瘤菌蛋白质互作网络构建 | 第51-63页 |
| ·材料与方法 | 第51-54页 |
| ·蛋白数据来源 | 第51页 |
| ·所用软件 | 第51-52页 |
| ·已知蛋白互作数据整合 | 第52页 |
| ·预测方法 | 第52-54页 |
| ·基于同源基因映射方法预测蛋白质互作 | 第52-53页 |
| ·基于蛋白质结构域信息预测互作 | 第53-54页 |
| ·结果与分析 | 第54-59页 |
| ·预测结果及初步统计 | 第54-57页 |
| ·网络拓扑性质分析 | 第57-59页 |
| ·局部网络分析 | 第59-62页 |
| ·NifA蛋白参与的蛋白互作分析 | 第59-60页 |
| ·SSG编码蛋白(ssgP)参与的互作分析 | 第60-62页 |
| ·小结 | 第62-63页 |
| 第四章 结论 | 第63-64页 |
| 第五章 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 附件 | 第71-95页 |