| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-31页 |
| ·DNA介绍 | 第14-20页 |
| ·引言 | 第14页 |
| ·核酸是遗传物质 | 第14-18页 |
| ·DNA的化学组成 | 第18-20页 |
| ·DNA分子的新应用 | 第20-24页 |
| ·DNA生物传感器和DNA芯片 | 第21-22页 |
| ·DNA分子作为引导的自组装材料 | 第22-23页 |
| ·DNA制作的纳米机器 | 第23-24页 |
| ·DNA的模型化 | 第24-31页 |
| ·统计模型 | 第25-27页 |
| ·碱基水平的模型 | 第27-29页 |
| ·原子尺度模型 | 第29-31页 |
| 第二章 分子动力学模拟的介绍 | 第31-49页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·分子模拟方法简介 | 第31-32页 |
| ·力场简介 | 第32-36页 |
| ·非成键相互作用 | 第32-34页 |
| ·成键相互作用 | 第34-36页 |
| ·运动方程的数值求解 | 第36-41页 |
| ·Verlet算法 | 第38页 |
| ·Leap frog算法 | 第38-39页 |
| ·速度Verlet算法 | 第39-40页 |
| ·预测-校正算法 | 第40-41页 |
| ·系综 | 第41-45页 |
| ·系综定义 | 第42页 |
| ·各态历经性 | 第42页 |
| ·微正则分布 | 第42-43页 |
| ·正则分布 | 第43-44页 |
| ·巨正则分布 | 第44页 |
| ·等温等压系综 | 第44-45页 |
| ·等压等焓系综 | 第45页 |
| ·系综调节 | 第45页 |
| ·调温技术 | 第45页 |
| ·调压技术 | 第45页 |
| ·系综选择 | 第45-46页 |
| ·各种系综的分子动力学计算方法 | 第46-49页 |
| ·(N,V,E)系综 | 第46页 |
| ·(N,V,T)系综 | 第46-47页 |
| ·(N,P,H)系综 | 第47-48页 |
| ·(N,P,T)系综 | 第48-49页 |
| 第三章 DNA复合过程的分子动力学模拟 | 第49-60页 |
| ·简介 | 第49页 |
| ·背景及意义 | 第49-50页 |
| ·系统构建及方法 | 第50-52页 |
| ·结果 | 第52-58页 |
| ·碱基对1形成Watson-Crick碱基对结构的概率 | 第52-53页 |
| ·使用Bootstrap方法验证统计结果 | 第53-54页 |
| ·局部自由能图与亚稳态结构 | 第54-56页 |
| ·稳态结构对温度的响应 | 第56页 |
| ·自由能全图 | 第56-58页 |
| ·CG中的亚稳态结构 | 第58页 |
| ·结论 | 第58-60页 |
| 第四章 DNA拉伸过程的分子动力学模拟 | 第60-74页 |
| ·简介 | 第60页 |
| ·背景及意义 | 第60-62页 |
| ·系统构建及模拟方法 | 第62-63页 |
| ·结果 | 第63-72页 |
| ·自由能和拉力 | 第63-65页 |
| ·不同拉伸方法中的结构变化 | 第65-67页 |
| ·未断裂碱基对的转动 | 第67-68页 |
| ·未断裂碱基对的平动 | 第68-70页 |
| ·所有碱基对的转动与平动 | 第70-71页 |
| ·氢键数目的变化 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-73页 |
| ·结论 | 第73-74页 |
| 第五章 总结与展望 | 第74-76页 |
| ·本论文内容的总结 | 第74-75页 |
| ·论文创新点 | 第75页 |
| ·后继工作展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-89页 |
| 发表文章目录 | 第89页 |
| 待发表文章目录 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 附录:攻读博士期间所发表的英文论文原文 | 第91-98页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第98页 |