| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-83页 |
| ·微生物分子生态学技术的发展 | 第21-34页 |
| ·基于PCR 的微生物群落分析方法 | 第21-28页 |
| ·DNA 指纹图谱 | 第22-24页 |
| ·克隆文库技术 | 第24页 |
| ·定量PCR | 第24-26页 |
| ·其它可用于群落结构分析的特征序列 | 第26-27页 |
| ·PCR 可能出现的偏差以及解决方法 | 第27-28页 |
| ·基于杂交的方法 | 第28-30页 |
| ·荧光原位杂交 | 第28-29页 |
| ·基因芯片(Microarray) | 第29-30页 |
| ·群落功能的研究方法 | 第30-34页 |
| ·微放射自显影技术（Microautoradiography，MAR） | 第31-32页 |
| ·稳定同位素探测技术（stable isotope probing, SIP） | 第32-33页 |
| ·同位素阵列技术（isotope array） | 第33-34页 |
| ·溴脱氧尿苷免疫俘获技术（Bromodeoxyuridine Immunocapture） | 第34页 |
| ·废水处理系统中微生物分子生态学研究 | 第34-67页 |
| ·废水处理系统中微生物群落结构的组成 | 第36-42页 |
| ·废水处理系统微生物群落中不同类群的生理代谢特点 | 第42-57页 |
| ·丝状菌生理代谢研究 | 第43-45页 |
| ·菌胶团菌(floc-forming bacteria)组成和生理代谢研究 | 第45-47页 |
| ·硝化菌生理代谢研究 | 第47-51页 |
| ·聚磷菌生理代谢研究 | 第51-54页 |
| ·糖原积累菌生理代谢研究 | 第54-56页 |
| ·苯酚降解菌研究 | 第56页 |
| ·反硝化菌生理代谢研究 | 第56-57页 |
| ·废水处理反应器的设计和操作对微生物群落结构和功能的影响 | 第57-64页 |
| ·对除磷工艺的影响 | 第57-58页 |
| ·对硝化工艺的影响 | 第58-60页 |
| ·对反硝化工艺的影响 | 第60-61页 |
| ·对厌氧处理工艺的影响 | 第61-64页 |
| ·应用反应器的操作和设计对微生物群落结构进行优化 | 第64-67页 |
| ·本章总结 | 第67-68页 |
| ·参考文献 | 第68-83页 |
| 第二章 群落空间演替的系统轨迹分析在修复工业废水处理系统中的应用 | 第83-111页 |
| 摘要 | 第83-85页 |
| ABSTRACT | 第85-87页 |
| 引言 | 第87-88页 |
| ·材料与方法 | 第88-94页 |
| ·工业装置和实验室装置的运行 | 第88-90页 |
| ·生物膜采样、样品预处理和总DNA 提取 | 第90-91页 |
| ·16S rDNA V3 区PCR-DGGE 及主成分分析 | 第91-92页 |
| ·16S rDNA V3 区PCR-DGGE | 第91-92页 |
| ·DGGE 指纹图谱的主成分分析 | 第92页 |
| ·DGGE 条带的鉴定 | 第92-93页 |
| ·实时定量PCR | 第93-94页 |
| ·Nitrospira 属种群的定量 | 第93页 |
| ·Thauera 属种群的定量 | 第93-94页 |
| ·结果与分析 | 第94-105页 |
| ·LR、LNR 和I 系统功能的比较 | 第94-95页 |
| ·LR、LNR 和I 系统空间群落演替模式的轨迹分析和比较 | 第95-96页 |
| ·工业装置故障的诊断及修复 | 第96-100页 |
| ·群落空间演替中的重要微生物种群 | 第100页 |
| ·群落演替过程中Nitrospira属和Thauera属种群的动态变化 | 第100-105页 |
| ·讨论 | 第105-108页 |
| ·本章小结 | 第108页 |
| ·参考文献 | 第108-111页 |
| 第三章 回流操作对 A_1-A_2-O 固定生物膜法焦化废水处理系统中微生物群落结构的影响 | 第111-144页 |
| 摘要 | 第111-113页 |
| ABSTRACT | 第113-115页 |
| 引言 | 第115-116页 |
| ·材料与方法 | 第116-120页 |
| ·实验室装置的建立、启动和运行 | 第116页 |
| ·生物膜采样、样品预处理和总DNA 提取 | 第116页 |
| ·16S rDNA V3 区PCR-DGGE 的聚类分析 | 第116-117页 |
| ·16S rDNA 扩增和克隆文库的构建 | 第117-118页 |
| ·16S rDNA 扩增 | 第117-118页 |
| ·16S rDNA 文库的构建 | 第118页 |
| ·16S rDNA 全长克隆文库的测序和分析 | 第118-120页 |
| ·克隆文库的测序 | 第118-119页 |
| ·克隆文库的库容分析 | 第119页 |
| ·系统发育分析 | 第119-120页 |
| ·结果与分析 | 第120-134页 |
| ·两种操作条件下反应器功能的变化 | 第120-121页 |
| ·PCR-DGGE 指纹图谱的聚类分析 | 第121-123页 |
| ·回流前后A_2池群落的16S rDNA 克隆文库分析 | 第123-133页 |
| ·克隆文库的库容分析 | 第123-124页 |
| ·克隆文库的系统发育分析与比较 | 第124-133页 |
| ·克隆文库与PCR-DGGE 指纹图谱分析结果之间的比较 | 第133-134页 |
| ·讨论 | 第134-136页 |
| ·本章小结 | 第136页 |
| ·参考文献 | 第136-143页 |
| 3-6 附录 | 第143-144页 |
| 第四章 实验室装置和工业装置好氧池生物膜之间微生物群落结构的比较 | 第144-163页 |
| 摘要 | 第144-145页 |
| ABSTRACT | 第145-146页 |
| 引言 | 第146-147页 |
| ·材料与方法 | 第147-148页 |
| ·工业装置和实验室装置的运行 | 第147页 |
| ·生物膜采样、样品预处理和总DNA 提取 | 第147页 |
| ·16S rDNA V3区PCR 扩增 | 第147页 |
| ·16S rDNA V3区克隆文库的构建 | 第147页 |
| ·克隆文库的测序 | 第147-148页 |
| ·克隆文库库容的分析 | 第148页 |
| ·克隆文库的序列分析 | 第148页 |
| ·结果 | 第148-159页 |
| ·工业装置和实验室装置的功能比较 | 第148-150页 |
| ·克隆文库中16S rDNA序列分析 | 第150-159页 |
| ·讨论 | 第159-160页 |
| ·本章小结 | 第160页 |
| ·参考文献 | 第160-163页 |
| 第五章 克隆环境基因组片段作为系统功能相关种群的物理标记 | 第163-187页 |
| 摘要 | 第163-165页 |
| ABSTRACT | 第165-166页 |
| 引言 | 第166-167页 |
| ·材料与方法 | 第167-174页 |
| ·工业装置和实验室装置的运行 | 第167页 |
| ·生物膜采样、样品预处理和总DNA提取 | 第167-168页 |
| ·ERIC-PCR 指纹图谱 | 第168-169页 |
| ·ERIC-PCR扩增 | 第168页 |
| ·聚类分析 | 第168-169页 |
| ·群落结构探针杂交 | 第169-171页 |
| ·群落结构探针的制备 | 第169页 |
| ·Southern-blotting杂交方法 | 第169-171页 |
| ·杂交图谱的聚类分析 | 第171页 |
| ·条带的克隆、测序和分析 | 第171-172页 |
| ·条带的克隆、测序 | 第171-172页 |
| ·序列分析 | 第172页 |
| ·引物的设计和验证 | 第172-173页 |
| ·引物的设计 | 第172页 |
| ·引物特异性的评价 | 第172-173页 |
| ·实时定量PCR 测定B3 片段的多度 | 第173-174页 |
| ·实验结果 | 第174-181页 |
| ·两种操作条件下反应器功能的变化 | 第174页 |
| ·ERIC-PCR 指纹图谱分析 | 第174-175页 |
| ·基于ERIC-PCR 的群落结构探针杂交分析 | 第175-177页 |
| ·2.1kb 条带的克隆与序列分析 | 第177-178页 |
| ·B3 片段专一性引物的设计和专一性检验 | 第178-179页 |
| ·实时定量PCR 对B3 片段多度的定量测定 | 第179-181页 |
| ·讨论 | 第181-182页 |
| ·本章小结 | 第182-183页 |
| ·参考文献 | 第183-187页 |
| 本研究的创新性 | 第187-188页 |
| 附录1. 简称缩写 | 第188-190页 |
| 附录2. 溶液试剂及培养基 | 第190-191页 |
| 附录3. 实验中所用的仪器设备 | 第191-193页 |
| 致谢 | 第193-194页 |
| 已(待)发表的学术文章、专利及参加的科研课题 | 第194-195页 |
