序列比对优化算法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-12页 |
| ·生物信息学概念 | 第8-9页 |
| ·序列比对算法及研究现状 | 第9-11页 |
| ·本文的主要工作 | 第11-12页 |
| 第二章 生物序列比对技术 | 第12-30页 |
| ·分子生物学背景知识 | 第12-16页 |
| ·点阵图 | 第16-17页 |
| ·序列比对的基本原理 | 第17-18页 |
| ·全局比对 | 第18-19页 |
| ·局部比对 | 第19-21页 |
| ·双序列比对 | 第21-24页 |
| ·FASTA 搜索 | 第22-23页 |
| ·BLAST 搜索 | 第23-24页 |
| ·多序列比对 | 第24-27页 |
| ·经典序列比对算法 | 第27-30页 |
| ·Hirschberg 算法 | 第27-29页 |
| ·Gotoh 算法 | 第29-30页 |
| 第三章 软件开发技术 | 第30-36页 |
| ·面向对象方法 | 第30页 |
| ·UML | 第30-33页 |
| ·JBuilder 开发环境 | 第33-36页 |
| 第四章 基于渐进算法的全局多序列比对算法 | 第36-66页 |
| ·渐进比对算法 | 第36-37页 |
| ·动态规划算法 | 第37-39页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法 | 第39-45页 |
| ·空位罚分 | 第45-47页 |
| ·打分矩阵 | 第47-51页 |
| ·系统发生树 | 第51-52页 |
| ·渐进序列比对系统设计 | 第52-61页 |
| ·渐进序列比对的活动图 | 第52-57页 |
| ·渐进序列比对的类图 | 第57-61页 |
| ·渐进序列比对系统实现 | 第61-63页 |
| ·实验结果分析 | 第63-66页 |
| 第五章 对渐进多序列比对算法的改进 | 第66-73页 |
| ·迭代比对算法 | 第66页 |
| ·对渐进比对算法的改进 | 第66-67页 |
| ·改进的系统设计与实现 | 第67-68页 |
| ·实验结果分析 | 第68-73页 |
| 第六章 结束语 | 第73-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-79页 |
