| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-24页 |
| ·分子系统学与分子进化 | 第11-12页 |
| ·系统树及其构建 | 第12-13页 |
| ·序列分析方法 | 第13-22页 |
| ·比对分析方法 | 第13-15页 |
| ·非比对分析方法 | 第15-22页 |
| ·本文的主要工作 | 第22-24页 |
| 第二章 基于氨基酸疏水性的蛋白质序列分析方法及应用 | 第24-41页 |
| ·引言 | 第24-26页 |
| ·基于氨基酸特征序列的氨基酸序列分析 | 第26-35页 |
| ·蛋白质特征序列 | 第26-27页 |
| ·蛋白质氨基酸序列的图形表示 | 第27-28页 |
| ·氨基酸序列的数字特征 | 第28-29页 |
| ·相似性分析 | 第29页 |
| ·应用举例 | 第29-35页 |
| ·基于疏水性的氨基酸序列图形表示及相似性分析 | 第35-39页 |
| ·氨基酸序列的图形表示 | 第35-36页 |
| ·氨基酸序列的数字特征和相似性分析 | 第36页 |
| ·应用举例 | 第36-39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| 第三章 选择模型进化距离的提出及应用 | 第41-53页 |
| ·引言 | 第41页 |
| ·氨基酸序列的不同进化距离 | 第41-44页 |
| ·P 距离 | 第41页 |
| ·泊松校正距离 | 第41-42页 |
| ·Γ距离 | 第42-44页 |
| ·选择进化距离 | 第44-46页 |
| ·氨基酸进化模型及选择进化距离 | 第44页 |
| ·选择进化距离的性质 | 第44-45页 |
| ·参数估计及检验 | 第45-46页 |
| ·应用举例 | 第46-49页 |
| ·选择进化距离的估计及进化树的构建 | 第46-48页 |
| ·不同进化距离的比较分析 | 第48-49页 |
| ·讨论 | 第49-53页 |
| 第四章 基于 DNA 单、双碱基距离分布的 DNA 序列的非比对分析方法及应用 | 第53-67页 |
| ·引言 | 第53页 |
| ·DNA 序列单个碱基的距离分布及数字特征 | 第53-55页 |
| ·DNA 序列的双碱基的距离分布及数字特征 | 第55-56页 |
| ·线粒体基因组序列中的应用 | 第56-65页 |
| ·线粒体基因组序列的单碱基分析 | 第56-61页 |
| ·线粒体基因组的双碱基分析 | 第61-65页 |
| ·讨论 | 第65-67页 |
| 第五章 核苷酸序列的转换-颠换进化动力学模型及其分析 | 第67-88页 |
| ·引言 | 第67-70页 |
| ·核苷酸替代进化模型 | 第70-72页 |
| ·核苷酸替代模型下的 O 、 P 和 Q 及 p 距离的理论表达式 | 第72-73页 |
| ·核苷酸替代进化模型下的 DNA 进化距离分析 | 第73-74页 |
| ·不同核苷酸替代进化模型的研究结果 | 第74-80页 |
| ·模型（1）~（5）的 P Q进化模型及其分析 | 第80-86页 |
| ·模型（1）~（5）的 P Q进化模型 | 第80-81页 |
| ·模型（1）~（4）中核苷酸替代速率与 P 、 Q 替代速率间的关系 | 第81-84页 |
| ·Tamura-Nei 模型中核苷酸替代速率与其P_1 , P_2 ,Q 替代速率间的关系 | 第84-86页 |
| ·讨论 | 第86-88页 |
| 第六章 结论 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 作者简介 | 第99页 |
