| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-29页 |
| ·高通量基因组测序技术 | 第15-19页 |
| ·第二代高通量基因组测序技术 | 第16-17页 |
| ·基于Roche的测序 | 第16页 |
| ·基于Illumina的测序 | 第16页 |
| ·基于SOLiD的测序 | 第16-17页 |
| ·第三代高通量基因组测序技术 | 第17页 |
| ·全球测序技术分布 | 第17-19页 |
| ·基于Illumina的高通量基因组测序数据分析 | 第19-27页 |
| ·高通量基因组测序数据分析概况 | 第19-20页 |
| ·高通量基因组测序序列mapping分析 | 第20-27页 |
| ·测序数据格式FASTQ | 第20-22页 |
| ·常用mapping分析软件概况 | 第22-23页 |
| ·单端测序数据的mapping | 第23-24页 |
| ·双端测序数据的mapping | 第24-25页 |
| ·比对数据格式SAM/BAM及工具SAMtools | 第25-27页 |
| ·本论文主要研究内容 | 第27-29页 |
| 第二章 GRS：基于参考基因组的重测序序列压缩分析研究 | 第29-51页 |
| ·研究背景与研究动机 | 第29-32页 |
| ·实验材料与实验方法 | 第32-37页 |
| ·数据来源 | 第32页 |
| ·软件GRS | 第32-34页 |
| ·算法GRS整体架构体系 | 第34-35页 |
| ·评估个体基因组数据差异 | 第35-36页 |
| ·记录最长公共子序列和变化序列 | 第36-37页 |
| ·结果与分析 | 第37-48页 |
| ·变化序列的Huffman编码与基因组序列重建 | 第37-40页 |
| ·软件GRS的压缩性能 | 第40-48页 |
| ·基于韩国人的基因组序列压缩 | 第43-45页 |
| ·水稻参考基因组序列压缩 | 第45-46页 |
| ·拟南芥参考基因组序列压缩 | 第46-47页 |
| ·工具GRS压缩及解压缩时间评估 | 第47-48页 |
| ·讨论 | 第48-50页 |
| ·本章小结 | 第50页 |
| ·基金资助及致谢 | 第50-51页 |
| 第三章 SIPeS：蛋白质和DNA结合位点高通量分析方法研究 | 第51-71页 |
| ·研究背景与研究动机 | 第51-53页 |
| ·实验材料与实验方法 | 第53-57页 |
| ·染色质免疫沉淀 | 第53-54页 |
| ·数据来源 | 第54页 |
| ·软件SIPeS | 第54-56页 |
| ·建立双端测序数据的片段模型 | 第56-57页 |
| ·结果与分析 | 第57-64页 |
| ·有效基因组长度计算 | 第57页 |
| ·算法SIPeS | 第57-61页 |
| ·几种peak calling方法的比较 | 第61-64页 |
| ·讨论 | 第64-70页 |
| ·本章小结 | 第70页 |
| ·基金资助及致谢 | 第70-71页 |
| 第四章 ANAP：一种整合的拟南芥蛋白质相互作用网络方法研究 | 第71-91页 |
| ·研究背景与研究动机 | 第71-75页 |
| ·实验材料与实验方法 | 第75-81页 |
| ·数据来源 | 第75页 |
| ·工具ANAP构建方法及访问方法 | 第75-76页 |
| ·工具ANAP设计流程 | 第76-78页 |
| ·蛋白相互作用数据格式 | 第78-81页 |
| ·结果与分析 | 第81-89页 |
| ·搜索页与ANAP框架 | 第81-83页 |
| ·单个蛋白质搜索 | 第83-86页 |
| ·多个蛋白质搜索构建网络 | 第86-88页 |
| ·与其它资源交互 | 第88-89页 |
| ·讨论 | 第89页 |
| ·本章小结 | 第89-90页 |
| ·基金资助及致谢 | 第90-91页 |
| 第五章 基于重测序技术的转基因水稻插入位点分析 | 第91-103页 |
| ·研究背景与研究动机 | 第91-93页 |
| ·实验材料与实验方法 | 第93-99页 |
| ·数据来源 | 第93页 |
| ·生物信息分析流程 | 第93-96页 |
| ·在线分析工具 | 第96-99页 |
| ·结果与分析 | 第99-101页 |
| ·测序数据分析结果统计 | 第99-100页 |
| ·插入位点验证 | 第100-101页 |
| ·讨论 | 第101-102页 |
| ·本章小结 | 第102页 |
| ·基金资助及致谢 | 第102-103页 |
| 第六章 结论 | 第103页 |
| 参考文献 | 第103-116页 |
| 附录 | 第116-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第120页 |
