| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-42页 |
| ·沙门氏菌生物学特性 | 第15-16页 |
| ·沙门氏菌与食品安全 | 第16-17页 |
| ·沙门氏菌流行病学特征 | 第17-18页 |
| ·沙门氏菌的分型 | 第18-29页 |
| ·沙门氏菌的血清分型 | 第19-26页 |
| ·沙门氏菌的噬菌体分型 | 第26-27页 |
| ·沙门氏菌的分子分型 | 第27-29页 |
| ·沙门氏菌的血清鉴定研究进展 | 第29-35页 |
| ·沙门氏菌的基因组测序 | 第35-37页 |
| ·几种常见血清型的介绍 | 第37-39页 |
| ·研究的意义、目的及思路 | 第39-42页 |
| ·研究目的和意义 | 第39页 |
| ·研究思路 | 第39-42页 |
| 第二章 血清组A-D 分子靶点的发掘及多重PCR 体系的建立 | 第42-83页 |
| ·材料 | 第43-49页 |
| ·运行软件 | 第43页 |
| ·BLAST 软件的下载及安装 | 第43-44页 |
| ·菌株 | 第44页 |
| ·培养基 | 第44-45页 |
| ·主要试剂及配制 | 第45-46页 |
| ·仪器与设备 | 第46-49页 |
| ·方法 | 第49-62页 |
| ·全基因组数据的下载和本地数据库的建立 | 第49-50页 |
| ·血清组A、B、C 和D 代表菌株的选择 | 第50页 |
| ·全基因组序列切割方式的选择 | 第50-51页 |
| ·血清组特异候选靶点的发掘 | 第51-53页 |
| ·候选靶点特异性的在线验证 | 第53-55页 |
| ·沙门氏菌菌株的血清组鉴定 | 第55-56页 |
| ·DNA 提取及纯度分析 | 第56-57页 |
| ·引物设计 | 第57-58页 |
| ·PCR 反应体系及循环参数 | 第58页 |
| ·引物评价 | 第58-59页 |
| ·血清组多重PCR 体系的建立 | 第59-60页 |
| ·血清组多重PCR 体系的特异性评价 | 第60页 |
| ·血清组多重PCR 体系的灵敏度评价 | 第60-61页 |
| ·人工污染食品样品检测 | 第61-62页 |
| ·结果 | 第62-78页 |
| ·全基因组数据的下载和本地数据库的建立 | 第62-64页 |
| ·血清组A、B、C1、C2 和D 代表菌株的选择结果 | 第64页 |
| ·全基因组序列的切割结果 | 第64-65页 |
| ·血清组特异候选靶点的发掘 | 第65-68页 |
| ·候选靶点特异性的在线验证 | 第68页 |
| ·沙门氏菌菌株的血清型鉴定 | 第68-71页 |
| ·引物设计及其评价 | 第71-74页 |
| ·血清组多重PCR 体系的建立 | 第74-76页 |
| ·血清组多重PCR 体系的特异性和灵敏度评价 | 第76-77页 |
| ·人工污染食品样品检测 | 第77-78页 |
| ·讨论 | 第78-83页 |
| ·沙门氏菌血清组靶点发掘中筛选方式的选取及优缺点评析 | 第78-80页 |
| ·沙门氏菌血清组靶点发掘中DNA 片段切割程序的不足与改进 | 第80-81页 |
| ·沙门氏菌血清组多重PCR 靶点与引物的选取及检测体系的评价与分析 | 第81-83页 |
| 第三章 8 种常见血清型分子靶点的发掘及PCR 体系的建立 | 第83-127页 |
| ·材料与方法 | 第84-96页 |
| ·运行软件及安装 | 第84-85页 |
| ·培养基、试剂及仪器设备 | 第85页 |
| ·血清型沙门氏菌的本地数据库的建立 | 第85页 |
| ·常见沙门氏菌血清型及其代表菌株的选择 | 第85页 |
| ·全基因组序列的切割 | 第85页 |
| ·特异候选靶点的发掘 | 第85-86页 |
| ·候选靶点特异性的在线验证 | 第86页 |
| ·菌株 | 第86页 |
| ·沙门氏菌菌株的培养 | 第86-92页 |
| ·沙门氏菌分离菌株的血清型鉴定 | 第92-93页 |
| ·DNA 提取及纯度分析 | 第93-94页 |
| ·沙门氏菌菌株DNA 模板的PCR 检测 | 第94页 |
| ·引物设计 | 第94页 |
| ·引物评价 | 第94-95页 |
| ·血清型多重PCR 体系的建立 | 第95页 |
| ·血清型多重PCR 体系的特异性评价 | 第95页 |
| ·人工污染食品样品检测 | 第95-96页 |
| ·结果 | 第96-122页 |
| ·本地数据库的建立 | 第96-97页 |
| ·血清型代表菌株的选择结果 | 第97-98页 |
| ·全基因组序列的切割与靶点发掘结果 | 第98-101页 |
| ·候选靶点特异性的在线验证 | 第101页 |
| ·沙门氏菌菌株的血清型鉴定 | 第101页 |
| ·引物设计及特异性、灵敏度评价 | 第101-114页 |
| ·血清型多重PCR 体系的建立 | 第114-120页 |
| ·血清型多重PCR 体系的特异性评价 | 第120-121页 |
| ·人工污染食品样品检测 | 第121-122页 |
| ·讨论 | 第122-127页 |
| ·沙门氏菌血清型靶点发掘评析 | 第122-124页 |
| ·与文献报道的沙门氏菌血清型靶点发掘方法的对比分析 | 第124-125页 |
| ·沙门氏菌血清型多重PCR 引物的选取与分析 | 第125-127页 |
| 第四章 血清组与血清型分子靶点的功能分析 | 第127-143页 |
| ·材料与方法 | 第127-129页 |
| ·蛋白分析软件 | 第127-128页 |
| ·靶点的蛋白序列分析 | 第128页 |
| ·蛋白结构预测与功能分析 | 第128页 |
| ·基因与表型相关性分析 | 第128-129页 |
| ·结果 | 第129-137页 |
| ·血清组靶点基因功能分析结果 | 第129-134页 |
| ·血清型靶点基因功能分析结果 | 第134-137页 |
| ·讨论 | 第137-142页 |
| ·血清组靶点基因与各个血清组间的表型差异的相关性分析 | 第137-138页 |
| ·血清组C1 的靶点基因SCH_0368 和SCH_0595 的进化分析 | 第138-139页 |
| ·血清型靶点基因与各个血清型间的表型差异的相关性分析 | 第139-142页 |
| ·小结 | 第142-143页 |
| 第五章 沙门氏菌分离株的分子检测与分型 | 第143-159页 |
| ·材料 | 第144页 |
| ·菌株 | 第144页 |
| ·试剂与仪器 | 第144页 |
| ·方法 | 第144-148页 |
| ·多重PCR 检测分离株 | 第144页 |
| ·血清学鉴定分离株 | 第144-145页 |
| ·耐药性测试验 | 第145-146页 |
| ·MLST 分型 | 第146-147页 |
| ·数据分析 | 第147-148页 |
| ·结果 | 第148-157页 |
| ·分离株鉴定结果 | 第148-151页 |
| ·MLST 结果 | 第151-155页 |
| ·流行病学分析 | 第155-157页 |
| ·讨论 | 第157-159页 |
| 第六章 总结与展望 | 第159-162页 |
| ·主要结论 | 第159-160页 |
| ·创新性 | 第160页 |
| ·展望 | 第160-162页 |
| 参考文献 | 第162-180页 |
| 致谢 | 第180-181页 |
| 攻读博士学位期间已录用或正整理的论文 | 第181-184页 |
