| 第一章 文献综述 | 第1-31页 |
| 1． 水稻结构基因组学研究 | 第14-17页 |
| 1．1 遗传图谱 | 第15-16页 |
| 1．2 物理图谱 | 第16页 |
| 1．3 序列图 | 第16-17页 |
| 2． 功能基因组学 | 第17-26页 |
| 2．1 基因表达系列分析技术 | 第17-18页 |
| 2．2 DNA微阵列技术 | 第18-21页 |
| 2．2．1 研究背景 | 第19页 |
| 2．2．2 DNA微阵列的工作原理 | 第19页 |
| 2．2．3 DNA微阵列的制作 | 第19-20页 |
| 2．2．4 杂交信号的检测 | 第20页 |
| 2．2．5 DNA微阵列的研究进展和应用 | 第20-21页 |
| 2．3 蛋白组研究 | 第21-22页 |
| 2．3．1 蛋白质组和功能蛋白质组的概念 | 第21页 |
| 2．3．2 研究蛋白质组的技术 | 第21-22页 |
| 2．3．3 研究进展 | 第22页 |
| 2．4 基因鉴定集成法 | 第22-23页 |
| 2．4．1 IPGI技术的原理 | 第22页 |
| 2．4．2 IPGI技术的特点 | 第22-23页 |
| 2．4．3 IPGI技术应用前景 | 第23页 |
| 2．5 与计算机信息相关的方法 | 第23页 |
| 2．6 反求遗传学的概念 | 第23-24页 |
| 2．7 比较基因组 | 第24-25页 |
| 2．8 展望 | 第25-26页 |
| 3． 叶绿体基因组的研究进展 | 第26-29页 |
| 3．1 概况 | 第26页 |
| 3．2 叶绿体基因组的一般性特征 | 第26-27页 |
| 3．3 植物叶绿体基因组的结构特点 | 第27-29页 |
| 4． 展望 | 第29-31页 |
| 第二章 水稻品种93-11和培矮64S叶绿体基因组序列的拼装验证 | 第31-40页 |
| 中文摘要 | 第32页 |
| 前言 | 第32-33页 |
| 1． 材料与方法 | 第33-35页 |
| 1．1 水稻叶绿体基因组数据 | 第33页 |
| 1．2 两个水稻材料基因组序列测定 | 第33-34页 |
| 1．2．1 材料 | 第33页 |
| 1．2．2 序列测定 | 第33-34页 |
| 1．2．2．1 基因组DNA文库的构建 | 第33-34页 |
| 1．2．2．2 模板制备与测序 | 第34页 |
| 1．3 序列组装 | 第34页 |
| 1．4 叶绿体基因组DNA酶切 | 第34-35页 |
| 1．4．1 叶绿体基因组DNA的提取 | 第34-35页 |
| 1．4．2 叶绿体基因组DNA酶切 | 第35页 |
| 2． 结果与分析 | 第35-38页 |
| 2．1． 叶绿体基因组序列组装 | 第35页 |
| 2．2 培矮64S和9311叶绿体基因组组装验证 | 第35-38页 |
| 2．2．1 培矮64S和93—11叶绿体基因组的酶切图谱 | 第35-36页 |
| 2．2．2 三个InDel位点的验证 | 第36-38页 |
| 3． 讨论 | 第38-40页 |
| 3．1 关于叶绿体的拼装策略 | 第38页 |
| 3．2 拼装策略和方法正确性的验证 | 第38-40页 |
| 第三章 水稻品种93-11、培矮64S叶绿体基因组序列与日本晴叶绿体基因组序列的比较 | 第40-62页 |
| 摘要 | 第41页 |
| 前言 | 第41-42页 |
| 1． 材料与方法 | 第42页 |
| 1．1 材料 | 第42页 |
| 1．2 数据分析 | 第42页 |
| 2． 结果与分析 | 第42-58页 |
| 2．1 三个材料叶绿体基因组变异 | 第42-55页 |
| 2．1．1 三个材料叶绿体基因组的SNP研究 | 第43-51页 |
| 2．1．2． 籼、粳亚种间叶绿体基因组的多碱基变异研究 | 第51-55页 |
| 2．2 三个材料间绿体基因组的GC含量分析 | 第55-57页 |
| 2．3 水稻籼、粳亚种间叶绿体基因组基因结构分析 | 第57-58页 |
| 3． 讨论 | 第58-62页 |
| 3．1 不同材料间叶绿体基因组比较研究 | 第58-59页 |
| 3．2 不同物种间的叶绿体基因组的比较研究 | 第59页 |
| 3．3 细胞核和细胞器基因组的横向传递 | 第59-62页 |
| 第四章 不同水稻品种间叶绿体基因组序列的多态性分析 | 第62-69页 |
| 摘要 | 第63页 |
| 前言 | 第63-64页 |
| 1． 材料与方法 | 第64-65页 |
| 1．1 不同水稻品种材料的选取 | 第64页 |
| 1．2 水稻DNA的提取 | 第64页 |
| 1．3 引物的设计和PCR扩增 | 第64-65页 |
| 2． 结果与分析 | 第65-66页 |
| 2．1 32bp和69bp片段在不同材料中的扩增结果 | 第65-66页 |
| 2．2 15bp片段在10个粳稻材料中的扩增测序结果分析 | 第66页 |
| 3． 讨论 | 第66-69页 |
| 3．1 片段差异与进化的关系 | 第66-68页 |
| 3．2 叶绿体基因组的进化机制 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-76页 |
