| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-36页 |
| 1 根系发育生物学研究进展 | 第11-19页 |
| ·生长素调控不定根发生发育的分子机理 | 第11-15页 |
| ·不定根发生过程中的特异表达基因 | 第15-16页 |
| ·林木插穗生根机理研究 | 第16-19页 |
| 2 林木分子生物学研究进展 | 第19-27页 |
| ·杨树全基因组测序计划 | 第19-22页 |
| ·林木分子生物学资源 | 第22-23页 |
| ·林木典型生长发育现象的分子基础 | 第23-25页 |
| ·次生生长与应力材的形成 | 第23-24页 |
| ·林木开花调控机制与季节性休眠 | 第24-25页 |
| ·转基因林木改良特性 | 第25页 |
| ·林木遗传基因组学和关联基因组学 | 第25-27页 |
| 3 基因芯片技术及其应用 | 第27-33页 |
| ·基因芯片概述 | 第27-29页 |
| ·基因芯片在林木生物学研究中的应用 | 第29-30页 |
| ·Affymetrix 基因芯片技术 | 第30-32页 |
| ·寡聚核苷酸原位光刻技术 | 第30-31页 |
| ·独特的PM-MM 探针设计 | 第31-32页 |
| ·严格的质控标准 | 第32页 |
| ·杨树全基因组芯片 | 第32-33页 |
| 4 本研究的立题依据及技术路线 | 第33-36页 |
| ·立题依据 | 第33-34页 |
| ·南林895 杨背景介绍 | 第34页 |
| ·本研究的技术路线 | 第34-36页 |
| 第二章 杨树不定根发育的全基因组芯片检测和质控评估 | 第36-50页 |
| 1 研究材料 | 第37页 |
| 2 实验方法 | 第37-44页 |
| ·插穗生根水培试验 | 第37-38页 |
| ·总RNA 提取与纯化 | 第38-39页 |
| ·基因芯片杂交实验 | 第39-44页 |
| ·芯片杂交实验质控分析 | 第44页 |
| 3 结果与讨论 | 第44-49页 |
| ·芯片实验设计 | 第44-45页 |
| ·插穗生根材料总RNA 提取 | 第45-46页 |
| ·杨树全基因组芯片的质控评估 | 第46-47页 |
| ·生物学重复样本相关性分析 | 第47-48页 |
| ·插穗不定根发育芯片实验的取样策略 | 第48-49页 |
| 4 小结 | 第49-50页 |
| 第三章 杨树全基因组芯片数据分析 | 第50-69页 |
| 1 研究材料 | 第51页 |
| 2 实验方法 | 第51-55页 |
| ·基因表达谱数据分析 | 第51-52页 |
| ·芯片结果实时定量RT-PCR验证 | 第52-55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-67页 |
| ·基因芯片数据的预处理和归一化 | 第55-56页 |
| ·显著差异表达基因筛选 | 第56-58页 |
| ·杨树全基因组芯片结果的验证 | 第58-61页 |
| ·内对照基因的确定 | 第58-59页 |
| ·基因芯片结果的实时定量RT-PCR 验证 | 第59-61页 |
| ·差异表达基因的功能注释 | 第61-67页 |
| ·GO 功能分类 | 第64-65页 |
| ·KEGG 代谢通路分析 | 第65-66页 |
| ·显著差异表达基因染色体定位 | 第66-67页 |
| 4 小结 | 第67-69页 |
| 第四章 杨树不定根发育差异表达基因功能分析 | 第69-105页 |
| 1 生长素信号传导相关基因 | 第70-79页 |
| 2 泛素降解途径相关基因 | 第79-85页 |
| 3 与小RNA产生及其功能发生相关基因 | 第85-88页 |
| 4 转录因子 | 第88-100页 |
| ·SCR与SHR转录因子 | 第88-91页 |
| ·NAC转录因子 | 第91-93页 |
| ·MYB转录因子 | 第93-97页 |
| ·WRKY转录因子 | 第97-100页 |
| 5 其他根系发育相关基因 | 第100-105页 |
| ·LBD基因 | 第100-101页 |
| ·RHD基因 | 第101-102页 |
| ·LRP1基因 | 第102-103页 |
| ·ALF基因 | 第103页 |
| ·CLV基因 | 第103-104页 |
| ·STM基因 | 第104-105页 |
| 第五章 杨树不定根发育相关基因的克隆、表达载体构建及其遗传转化 | 第105-139页 |
| 1 研究材料 | 第105页 |
| 2 实验方法 | 第105-116页 |
| ·不定根发生发育相关基因的克隆 | 第105-111页 |
| ·相关基因的同源克隆 | 第105-108页 |
| ·相关基因的RACE 克隆 | 第108-110页 |
| ·启动子克隆 | 第110-111页 |
| ·克隆基因的表达分析 | 第111页 |
| ·植物表达载体构建 | 第111-114页 |
| ·TOPO PCR 反应 | 第111-112页 |
| ·pENTR/D-TOPO Cloning (BP reaction) | 第112-113页 |
| ·Gateway 目的载体准备 | 第113页 |
| ·LR 反应(LR reaction) | 第113-114页 |
| ·遗传转化 | 第114-116页 |
| ·农杆菌感受态细胞的制备与转化 | 第114页 |
| ·花器官浸泡法转化拟南芥 | 第114-115页 |
| ·叶盘法转化南林895杨 | 第115-116页 |
| ·茎段法转化杂种山杨T89 | 第116页 |
| 3 结果与分析 | 第116-138页 |
| ·克隆基因的序列分析及功能预测 | 第117-132页 |
| ·Aux/IAA 基因功能分析 | 第118-123页 |
| ·杨树 Aux/IAA 基因的克隆与序列分析 | 第118-121页 |
| ·PeAux/IAA 基因在插穗生根中的表达分析 | 第121-122页 |
| ·PeAux/IAA2 基因启动子序列分析 | 第122-123页 |
| ·ABP1 基因克隆与功能分析 | 第123-126页 |
| ·RHD3 基因克隆与功能分析 | 第126-129页 |
| ·杨树AGO 基因克隆与功能分析 | 第129-130页 |
| ·PeNAC1 基因克隆与功能分析 | 第130-132页 |
| ·表达载体构建及其遗传转化 | 第132-135页 |
| ·BP 反应阳性克隆检测 | 第133-134页 |
| ·LR 反应阳性重组子检测 | 第134-135页 |
| ·转基因植株的初步检测与表型观察 | 第135-138页 |
| ·转基因植株的PCR 检测 | 第135页 |
| ·转基因植株的表型观察 | 第135-138页 |
| 4 小结 | 第138-139页 |
| 第六章 杨树不定根发育的eQTLs 分析 | 第139-151页 |
| 1 研究材料 | 第139页 |
| 2 实验方法 | 第139-140页 |
| ·遗传图谱构建与QTL定位 | 第139-140页 |
| ·生根性状eQTLs分析 | 第140页 |
| 3 结果与分析 | 第140-150页 |
| ·生根性状QTLs定位 | 第140-144页 |
| ·生根性状eQTLs表达谱分析 | 第144-148页 |
| ·显著差异表达eQTLs筛选 | 第144-145页 |
| ·生根数（TNR）性状eQTLs分析 | 第145-147页 |
| ·最大根长（MRL）性状eQTLs分析 | 第147-148页 |
| ·不定根发生eQTLs的遗传分析 | 第148-150页 |
| 4 小结 | 第150-151页 |
| 参考文献 | 第151-166页 |
| 详细摘要 | 第166-169页 |
