| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-11页 |
| ·生物信息学简介 | 第8-9页 |
| ·转录因子结合位点模体比较方法的研究现状 | 第9页 |
| ·本文主要工作及意义 | 第9-11页 |
| 第二章 基本概念与原理 | 第11-15页 |
| ·转录因子 | 第11页 |
| ·转录因子结合位点 | 第11-12页 |
| ·转录因子相关数据库 | 第12-13页 |
| ·TRANSFAC数据库 | 第13页 |
| ·JASPAR数据库 | 第13页 |
| ·本章小结 | 第13-15页 |
| 第三章 转录因子结合位点的表示模型 | 第15-22页 |
| ·可视化模型 | 第15-16页 |
| ·矩阵模型 | 第16-21页 |
| ·位置频率矩阵 | 第16-18页 |
| ·位置特异性得分矩阵 | 第18-19页 |
| ·带有伪计数的矩阵模型 | 第19-21页 |
| ·本章小结 | 第21-22页 |
| 第四章 模体相似度比较算法研究 | 第22-27页 |
| ·模体相似度比较的意义 | 第22页 |
| ·模体相似度比较度量方法 | 第22-24页 |
| ·皮尔森相关系数(PCC) | 第22页 |
| ·P值卡方检验(pCS) | 第22-23页 |
| ·平均对数似然比(ALLR) | 第23-24页 |
| ·平均Kullback-Leibler度量 | 第24页 |
| ·平方距离之和(SSD) | 第24页 |
| ·渐进方差(Asymptotic covariance) | 第24页 |
| ·模体相似度比较算法组合平台STAMP | 第24-25页 |
| ·树建立策略UPGMA | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 第五章 新的模体相似度比较算法设计与实验 | 第27-37页 |
| ·算法基本思想 | 第27-28页 |
| ·实验数据 | 第28-29页 |
| ·模体准确度比较 | 第29-32页 |
| ·实验参数设置 | 第29-30页 |
| ·与其他算法比较 | 第30-32页 |
| ·ROC曲线分析 | 第32页 |
| ·实验结果分析与算法评价 | 第32-34页 |
| ·算法并行化 | 第34-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 第六章 总结与展望 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
| 附录1 模体相似度比较算法串行程序 | 第42-46页 |
| 附录2 并行后的程序 | 第46-52页 |