| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 缩略词 | 第12-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-30页 |
| 第一章 棉花纤维强度研究进展 | 第14-22页 |
| 1.1 棉纤维品质性状相关研究 | 第14-16页 |
| 1.1.1 纤维长度 | 第14页 |
| 1.1.2 纤维强度 | 第14-15页 |
| 1.1.3 纤维细度、成熟度 | 第15-16页 |
| 1.2 棉纤维细胞次生壁合成期研究 | 第16-19页 |
| 1.2.1 棉纤维发育概述 | 第16-17页 |
| 1.2.2 棉纤维细胞次生壁合成相关基因的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.3 棉纤维品质性状的基因定位研究 | 第19-22页 |
| 1.3.1 分子标记技术的发展 | 第19页 |
| 1.3.2 纤维品质性状的QTL定位 | 第19-22页 |
| 第二章 测序技术的研究进展 | 第22-30页 |
| 2.1 测序技术的发展 | 第22-24页 |
| 2.1.1 第一代测序技术 | 第22页 |
| 2.1.2 第二代测序技术 | 第22-23页 |
| 2.1.3 第三代测序技术 | 第23-24页 |
| 2.2 简化基因组测序 | 第24-27页 |
| 2.2.1 简化基因组测序的研究进展 | 第24页 |
| 2.2.2 简化基因组测序的技术流程 | 第24-26页 |
| 2.2.3 简化基因组测序的应用 | 第26-27页 |
| 2.3 转录组测序 | 第27-30页 |
| 2.3.1 转录组测序技术的研究进展 | 第27-28页 |
| 2.3.2 转录组测序技术在棉花纤维发育研究领域的应用 | 第28-29页 |
| 2.3.3 转录组测序技术在其他研究领域的应用 | 第29-30页 |
| 本研究目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二部分 研究报告 | 第32-100页 |
| 第三章 陆地棉种内高密度遗传图谱构建及高强纤维QTL的精细定位 | 第32-64页 |
| 3.1 材料与方法 | 第33-38页 |
| 3.1.1 供试材料 | 第33页 |
| 3.1.1.1 高密度遗传图谱构建的实验材料 | 第33页 |
| 3.1.1.2 次级分离群体的构建 | 第33页 |
| 3.1.2 表型鉴定 | 第33-34页 |
| 3.1.3 基因组DNA提取 | 第34页 |
| 3.1.4 群体分析 | 第34页 |
| 3.1.4.1 InDel标记 | 第34页 |
| 3.1.4.2 SNP标记 | 第34页 |
| 3.1.5 RAD文库的构建 | 第34-35页 |
| 3.1.6 RAD标记的开发及分型 | 第35-37页 |
| 3.1.7 遗传图谱的构建和QTL定位 | 第37-38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-61页 |
| 3.2.1 测序DNA样品的质量检测 | 第38页 |
| 3.2.2 RAD测序文库的构建及质量检测 | 第38页 |
| 3.2.3 RAD测序的数据量统计 | 第38-39页 |
| 3.2.4 RAD标记的开发及基因分型 | 第39-40页 |
| 3.2.5 遗传图谱的构建 | 第40-47页 |
| 3.2.6 遗传图谱与雷蒙德氏棉基因组物理图谱的共线性分析 | 第47-49页 |
| 3.2.7 QTL定位 | 第49-53页 |
| 3.2.8 高强纤维QTL的精细定位 | 第53-61页 |
| 3.2.8.1 F_2群体纤维品质性状的表现 | 第53-54页 |
| 3.2.8.2 F_2群体纤维品质构成因子的相关性分析 | 第54-55页 |
| 3.2.8.3 F_2群体亲本的基因型分析 | 第55-56页 |
| 3.2.8.4 精细定位标记的开发 | 第56-58页 |
| 3.2.8.5 利用F_2群体对高强纤维QTL精细定位 | 第58-61页 |
| 3.3 讨论 | 第61-64页 |
| 3.3.1 标记的开发在遗传研究中的意义 | 第61-62页 |
| 3.3.2 多倍体作物的SNP鉴定 | 第62页 |
| 3.3.3 使用高密度的RAD遗传图谱精细定位高强纤维QTL | 第62-64页 |
| 第四章 转录组分析与QFS_(D03)候选基因的克隆 | 第64-100页 |
| 4.1 材料与方法 | 第64-68页 |
| 4.1.1 转录组测序的材料准备 | 第64-65页 |
| 4.1.2 总RNA的提取及质量检测 | 第65页 |
| 4.1.3 RNA测序文库的构建 | 第65页 |
| 4.1.4 生物信息学分析 | 第65-67页 |
| 4.1.4.1 测序数据的质量评估 | 第66页 |
| 4.1.4.2 差异表达基因分析 | 第66页 |
| 4.1.4.3 结构变异基因分析 | 第66-67页 |
| 4.1.5 实时荧光定量PCR | 第67-68页 |
| 4.1.6 候选基因的克隆 | 第68页 |
| 4.1.6.1 引物设计 | 第68页 |
| 4.1.6.2 PCR扩增,胶回收,连接,转化及阳性克隆的检测 | 第68页 |
| 4.2 结果与分析 | 第68-96页 |
| 4.2.1 测序RNA样品的提取与检测 | 第68-69页 |
| 4.2.2 测序cDNA文库构建及质量检测 | 第69页 |
| 4.2.3 测序数据质量评估及预处理 | 第69-73页 |
| 4.2.3.1 FASTQC质量评估 | 第70页 |
| 4.2.3.2 SolexaQA对原始数据的预处理 | 第70-73页 |
| 4.2.4 差异表达基因分析 | 第73-85页 |
| 4.2.4.1 Reads回帖参考基因组的结果分析 | 第73-74页 |
| 4.2.4.2 RNA-seq整体质量评估 | 第74-75页 |
| 4.2.4.3 差异表达基因的筛选 | 第75-76页 |
| 4.2.4.4 差异基因的聚类与功能富集 | 第76-78页 |
| 4.2.4.5 差异基因的GO富集分析 | 第78-85页 |
| 4.2.5 结构变异分析及InDel引物的开发 | 第85-86页 |
| 4.2.6 候选基因分析 | 第86-96页 |
| 4.2.6.1 候选基因的筛选 | 第86-89页 |
| 4.2.6.2 候选基因的定量验证 | 第89-91页 |
| 4.2.6.3 候选基因的克隆 | 第91页 |
| 4.2.6.4 候选基因的分析 | 第91-94页 |
| 4.2.6.5 候选基因与纤维品质性状的相关性检测 | 第94-96页 |
| 4.3 讨论 | 第96-100页 |
| 4.3.1 纤维强度相关基因的表达调控 | 第96-97页 |
| 4.3.2 转录组测序辅助纤维强度基因的鉴定 | 第97-98页 |
| 4.3.3 候选基因的功能分析 | 第98页 |
| 4.3.4 SSR重复基元与性状表现的关系 | 第98-100页 |
| 全文结论 | 第100-102页 |
| 创新点 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-118页 |
| 附录 | 第118-136页 |
| 致谢 | 第136-138页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表论文 | 第138页 |
