| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第14-36页 |
| 1.1 产电微生物与微生物燃料电池 | 第14-16页 |
| 1.2 胞外电子传递机制 | 第16-24页 |
| 1.2.1 细胞内电子的产生 | 第16-17页 |
| 1.2.2 胞外电子传递途径 | 第17-19页 |
| 1.2.3 细胞表面的电子传递机制 | 第19-24页 |
| 1.3 希瓦氏菌细胞色素c研究进展 | 第24-31页 |
| 1.3.1 细胞色素c概述 | 第24-26页 |
| 1.3.2 希瓦氏菌细胞色素c内部的电子传递 | 第26-30页 |
| 1.3.3 希瓦氏菌细胞色素c的功能研究 | 第30-31页 |
| 1.4 本论文的主要工作 | 第31-36页 |
| 1.4.1 研究动机 | 第31-33页 |
| 1.4.2 研究意义和内容 | 第33-35页 |
| 1.4.3 论文的组织结构 | 第35-36页 |
| 第二章 基于细胞色素c蛋白质作用网络的EET途径分析 | 第36-52页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 数据和方法 | 第36-38页 |
| 2.2.1 细胞色素c网络 | 第36-37页 |
| 2.2.2 中心化分析 | 第37页 |
| 2.2.3 模块化分析 | 第37页 |
| 2.2.4 亚细胞定位 | 第37-38页 |
| 2.2.5 操纵子预测 | 第38页 |
| 2.2.6 基因表达 | 第38页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第38-50页 |
| 2.3.1 细胞色素c网络的构建 | 第38-42页 |
| 2.3.2 中心化分析 | 第42-44页 |
| 2.3.3 模块化分析 | 第44-50页 |
| 2.4 本章小节 | 第50-52页 |
| 第三章 基于电子传递网络k-shell结构的EET机制分析 | 第52-68页 |
| 3.1 引言 | 第52-53页 |
| 3.2 数据和方法 | 第53-54页 |
| 3.2.1 电子传递蛋白 | 第53页 |
| 3.2.2 电子传递网络 | 第53页 |
| 3.2.3 K-shell分析 | 第53页 |
| 3.2.4 无序区域 | 第53-54页 |
| 3.2.5 亚细胞定位 | 第54页 |
| 3.2.6 蛋白质域和它们的相互作用 | 第54页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第54-67页 |
| 3.3.1 电子传递网络的构建 | 第54-56页 |
| 3.3.2 电子传递网络的k-shell结构 | 第56-58页 |
| 3.3.3 前三层负责电子的产生 | 第58-60页 |
| 3.3.4 第四层负责胞外电子传递 | 第60-63页 |
| 3.3.5 外围层次中的细胞色素c参与辅助胞外电子传递 | 第63-67页 |
| 3.4 本章小结 | 第67-68页 |
| 第四章 整合转录调控的EET途径结构和功能单元分析 | 第68-88页 |
| 4.1 引言 | 第68-69页 |
| 4.2 数据和方法 | 第69-70页 |
| 4.2.1 整合型生物网络 | 第69-70页 |
| 4.2.2 网络模体的检测 | 第70页 |
| 4.2.3 蛋白质进化分析 | 第70页 |
| 4.2.4 蛋白质的“提前准备”模式 | 第70页 |
| 4.2.5 蛋白质富集分析 | 第70页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第70-86页 |
| 4.3.1 整合型生物网络的构建 | 第70-73页 |
| 4.3.2 网络模体的识别与比较 | 第73-76页 |
| 4.3.3 高保守网络模体的功能 | 第76-83页 |
| 4.3.4 高保守网络模体的泛化 | 第83-86页 |
| 4.4 本章小结 | 第86-88页 |
| 第五章 基于转录调控模块的EET途径辅因子功能分析 | 第88-102页 |
| 5.1 引言 | 第88-89页 |
| 5.2 数据和方法 | 第89-91页 |
| 5.2.1 转录调控作用 | 第89页 |
| 5.2.2 蛋白相互作用 | 第89-90页 |
| 5.2.3 转录调控模块 | 第90页 |
| 5.2.4 蛋白质组学 | 第90页 |
| 5.2.5 蛋白质分析 | 第90-91页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第91-101页 |
| 5.3.1 转录调控模块中富含有信号蛋白质 | 第91-93页 |
| 5.3.2 信号蛋白质协调了不同的EET途径 | 第93-96页 |
| 5.3.3 涉及到MtrCAB途径的信号蛋白质 | 第96-98页 |
| 5.3.4 信号蛋白质SO_1417的生物学功能 | 第98-101页 |
| 5.4 本章小结 | 第101-102页 |
| 第六章 总结和展望 | 第102-108页 |
| 6.1 论文总结与创新点 | 第102-105页 |
| 6.2 后期展望 | 第105-108页 |
| 参考文献 | 第108-124页 |
| 附录 | 第124-134页 |
| 附录A 第二章的补充材料 | 第124-126页 |
| 附录B 第三章的补充材料 | 第126-128页 |
| 附录C 第四章的补充材料 | 第128-130页 |
| 附录D 第五章的补充材料 | 第130-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 作者简介 | 第136-137页 |
