| 中文摘要 | 第4-8页 |
| abstract | 第8-11页 |
| 第1章 绪论 | 第17-33页 |
| 1.1 流感病毒简介 | 第17-26页 |
| 1.1.1 流感病毒的流行 | 第17-18页 |
| 1.1.2 流感病毒颗粒的结构与组分 | 第18-20页 |
| 1.1.3 流感病毒血凝素蛋白的结构与功能 | 第20-22页 |
| 1.1.4 流感病毒神经氨酸酶的结构与功能 | 第22-26页 |
| 1.2 流感病毒的防治现状及主要存在的问题 | 第26-28页 |
| 1.2.1 流感病毒疫苗研究现状 | 第26页 |
| 1.2.2 抗流感病毒药物研究现状 | 第26-28页 |
| 1.3 理论计算方法在流感病毒防治方面的应用 | 第28-29页 |
| 1.4 本文主要的研究对象：甲型H1N1流感病毒 | 第29-33页 |
| 1.4.1 甲型H1N1流感病毒的研究意义 | 第29-30页 |
| 1.4.2 研究内容简介 | 第30-33页 |
| 第2章 理论基础和计算方法简介 | 第33-45页 |
| 2.1 分子对接 | 第33-35页 |
| 2.1.1 分子对接的理论基础 | 第33页 |
| 2.1.2 分子对接的分类 | 第33-34页 |
| 2.1.3 分子对接常用软件介绍 | 第34-35页 |
| 2.2 蛋白质的同源模建 | 第35-36页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第36-40页 |
| 2.3.1 分子动力学简介 | 第36-37页 |
| 2.3.2 常用算法简介 | 第37-38页 |
| 2.3.3 分子动力学模拟常用软件简介 | 第38-40页 |
| 2.4 拉伸分子动力学 | 第40-41页 |
| 2.5 结合自由能计算 | 第41-45页 |
| 第3章 一种甲型H1N1流感病毒血凝素蛋白小分子抑制剂的结合及抑制机制研究 | 第45-69页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 模拟体系构建及计算细节 | 第45-51页 |
| 3.2.1 HA-INT初始复合物体系的构建 | 第45-48页 |
| 3.2.2 结构优化和分子对接 | 第48-49页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟参数设定 | 第49-51页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第51-67页 |
| 3.3.1 模拟结构的可用性分析 | 第51-53页 |
| 3.3.2 INT-HA复合物体系在中性条件下的结合模式分析 | 第53-58页 |
| 3.3.2.1 INT-HA复合物体系的平衡 | 第53-54页 |
| 3.3.2.2 INT-HA复合物体系的构象分析 | 第54-56页 |
| 3.3.2.3 中性条件下INT-HA结合模式的验证 | 第56-58页 |
| 3.3.3 酸性条件下INT的结合模式和动态行为研究 | 第58-64页 |
| 3.3.3.1 小分子结合位点周围可滴定残基的pKa值验证 | 第59页 |
| 3.3.3.2 INT在酸性条件下的结合位置 | 第59-60页 |
| 3.3.3.3 INT-HA1ruz体系在酸性条件下的结合模式分析 | 第60-64页 |
| 3.3.4 低pH下INT抑制HA解聚的机理研究 | 第64-67页 |
| 3.4 本章小节 | 第67-69页 |
| 第4章 一种靶向甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶的小分子抑制剂机理研究 | 第69-91页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 计算细节 | 第70-75页 |
| 4.2.1 初始复合物体系的构建 | 第70-72页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟参数设定 | 第72-73页 |
| 4.2.3 拉伸分子动力学参数设置 | 第73-75页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第75-89页 |
| 4.3.1 复合物体系的合理性验证 | 第75-76页 |
| 4.3.2 复合物体系结合模式分析 | 第76-80页 |
| 4.3.2.1 NA-7a体系的整体结合位置分析 | 第77-78页 |
| 4.3.2.2 NA_(PR)-7a和NA_(CA)-7a体系具体结合模式分析 | 第78-80页 |
| 4.3.3 7a具有诱导2009年甲型H1N1流感病毒NA150环柔性变化的潜力 | 第80-82页 |
| 4.3.4 NA-7a复合物体系的拉伸分子动力学模拟研究 | 第82-88页 |
| 4.3.4.1 NA_(PR)-7a体系的拉伸过程分析 | 第82-85页 |
| 4.3.4.2 NA_(CA)-7a体系的拉伸过程分析 | 第85-88页 |
| 4.3.5 Arg430在NA-7a复合物中的作用 | 第88-89页 |
| 4.4 本章小节 | 第89-91页 |
| 第5章 一种靶向甲型H1N1流感病毒血凝素颈部区的广谱中和抗体的动态抑制机制研究 | 第91-119页 |
| 5.1 引言 | 第91-92页 |
| 5.2 计算细节 | 第92-97页 |
| 5.2.1 初始复合物体系的构建 | 第92-95页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟参数设定 | 第95-97页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第97-117页 |
| 5.3.1 3E1Fab结构的合理性验证 | 第97页 |
| 5.3.2 HA_(wt)-3E1复合物在低pH值下的动态行为研究 | 第97-107页 |
| 5.3.2.1 HA_(wt)-3E1体系各部分的稳定性研究 | 第97-99页 |
| 5.3.2.2 HA_(w)t-3E1体系中三个HA_(wt)单体的构象聚类分析研究 | 第99-101页 |
| 5.3.2.3 HA_(wt)-3E1体系中三个HA_(wt)单体结构比较 | 第101-107页 |
| 5.3.3 HA2亚基的I45F突变对3E1结合的影响 | 第107-117页 |
| 5.3.3.1 抗体3E1在不同HA体系中的结合模式比较 | 第108-113页 |
| 5.3.3.2 抗体3E1结合在不同位置时对于HA_(wt)及HA_(mut)的结构影响 | 第113-116页 |
| 5.3.3.3 Glu101-Lys50盐桥的缺失或为HA_(mut)构象扰动的关键因素 | 第116-117页 |
| 5.4 本章小节 | 第117-119页 |
| 结论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-137页 |
| 作者简介及攻读博士学位期间取得的科研成果 | 第137-141页 |
| 致谢 | 第141页 |
