| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| Abbreviations | 第15-17页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第17-47页 |
| 1.1 Introduction of cotton | 第17-21页 |
| 1.1.1 Cotton usage and consumption | 第17-19页 |
| 1.1.2 Taxonomy and history of cotton | 第19-20页 |
| 1.1.3 Genome size variations within the genus Gossypium | 第20-21页 |
| 1.2 Sequencing of cotton genome | 第21-22页 |
| 1.3 Recent advances in cotton genome sequencing (review) | 第22-27页 |
| 1.3.1 Sequencing of diploid cotton genomes | 第23-24页 |
| 1.3.2 Sequencing of tetraploid cotton genomes | 第24-26页 |
| 1.3.3 Re-sequencing of different cotton species | 第26-27页 |
| 1.4 De novo assembling of sequenced plant genome | 第27-32页 |
| 1.4.1 Current challenges in plant genome assembly | 第28-30页 |
| 1.4.2 Mis-assemblies in sequenced genomes | 第30-32页 |
| 1.5 Mis-assemblies in sequenced cotton genomes | 第32-35页 |
| 1.6 Reference assisted chromosome assembly | 第35-37页 |
| 1.7 Comparative genomics | 第37-45页 |
| 1.7.1 Comparative analysis of different cotton genomes (Review) | 第39-45页 |
| Objectives of Research | 第45-47页 |
| CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS | 第47-63页 |
| 2.1 Genome data of different cotton species | 第47页 |
| 2.2 Assembling of G. arboreum chromosome 12 by genetic map | 第47-49页 |
| 2.2.1 Good quality marker selection | 第47-48页 |
| 2.2.2 Construction of linkage groups | 第48页 |
| 2.2.3 Assignment of chromosome names to linkage groups | 第48-49页 |
| 2.3 Assembling of G. arboreum chromosome 12 by reference assisted approach | 第49-52页 |
| 2.3.1 Alignment with G. raimondii scaffolds | 第49-51页 |
| 2.3.2 Alignment with G. raimondii and G. hirsutum chromosomes | 第51-52页 |
| 2.4 Further correction of chromosome assembly | 第52-54页 |
| 2.5 Final assembling of G. arboreum chromosome | 第54页 |
| 2.6 Gene content of G. arboreum chromosome 12 | 第54-55页 |
| 2.7 Identification of orthologous genes | 第55页 |
| 2.8 Evolution analysis | 第55-56页 |
| 2.9 Collinear and syntenic relationship | 第56-60页 |
| 2.9.1 BLASTP search | 第56页 |
| 2.9.2 Commands for MCScan X | 第56-59页 |
| 2.9.3 Classification of duplicate genes | 第59页 |
| 2.9.4 Construction of dot plots | 第59页 |
| 2.9.5 Construction of dual synteny plotter | 第59-60页 |
| 2.9.6 Construction of circle plotter | 第60页 |
| 2.9.7 Construction of bar plotter | 第60页 |
| 2.10 Gene loss | 第60-61页 |
| 2.11 Identification of TF-related gene families | 第61页 |
| 2.12 Phylogenetic analysis of TF-related genes | 第61-62页 |
| 2.13 Chromosomal distribution of TF-related genes | 第62-63页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第63-104页 |
| 3.1. Re-assembling of G. arboreum chromosome 12 | 第63-85页 |
| 3.1.1 Construction of genetic map for re-assembling | 第63-72页 |
| 3.1.2 Reference assisted approach for re-assembling | 第72-85页 |
| 3.2. Gene content of G. arboreum chromosome 12 | 第85-87页 |
| 3.2.1 Identification of TF-related genes in G. arboreum chromosome 12 | 第86-87页 |
| 3.3. Evidences for improved assembly of G. arboreum chromosome | 第87-92页 |
| 3.3.1 Collinearity and synteny analysis | 第87-91页 |
| 3.3.2 Evolution analysis | 第91-92页 |
| 3.4 Comparative analysis among chromosomes of different cotton species | 第92-104页 |
| 3.4.1 Putative gene loss events | 第92页 |
| 3.4.2 Phylogenetic analysis of transcription factor related genes | 第92-100页 |
| 3.4.3 Chromosomal distribution of transcription factor related genes | 第100-104页 |
| CHAPTER 4 DISCUSSION | 第104-114页 |
| 4.1 Re-assembling of G. arboreum chromosome 12 | 第104-106页 |
| 4.1.1 Size of re-assembled G. arboreum chromosome 12 | 第105-106页 |
| 4.1.2 Gene content within G. arboreum chromosome 12 | 第106页 |
| 4.2 Evidences for improved assembly of G. arboreum chromosome | 第106-110页 |
| 4.2.1 N50 for the anchored and oriented scaffolds | 第107页 |
| 4.2.2 Synteny and collinearity with the chromosomes of different cotton species | 第107-108页 |
| 4.2.3 Synteny and collinearity with the previous G. arboreum chromosome | 第108-109页 |
| 4.2.4. Evolution analysis | 第109-110页 |
| 4.3 Comparative analysis among chromosomes of different cotton species | 第110-114页 |
| 4.3.1 Gene loss | 第110-111页 |
| 4.3.2 Phylogenetic analysis among TF-related genes | 第111-112页 |
| 4.3.3 Physical mapping of TF-related genes | 第112-114页 |
| CONCLUSION | 第114-116页 |
| REFERENCES (参考文献) | 第116-130页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS (致谢) | 第130-131页 |
| CURRICULUM VITAE (作者简历) | 第131-134页 |
| APPENDIX | 第134-145页 |
