| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-21页 |
| 1.1 立题依据 | 第12页 |
| 1.2 国内外研究现状分析 | 第12-20页 |
| 1.2.1 海岛棉资源收集概况 | 第12-14页 |
| 1.2.2 海岛棉品种选育概况 | 第14-15页 |
| 1.2.3 海岛棉的遗传多样性 | 第15-17页 |
| 1.2.4 海岛棉基于GWAS技术的关联定位 | 第17-19页 |
| 1.2.5 海岛棉纤维转录组学研究 | 第19-20页 |
| 1.3 本研究目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 新疆海岛棉育成品种表型演变及系谱分析 | 第21-36页 |
| 2.1 材料与方法 | 第21-22页 |
| 2.1.1 研究材料 | 第21-22页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第22页 |
| 2.1.3 统计分析 | 第22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-34页 |
| 2.2.1 育成品种的分布特征分析 | 第22-23页 |
| 2.2.2 海岛育成品种性状变化分析 | 第23-24页 |
| 2.2.3 不同时期育成品种的性状演化分析 | 第24-26页 |
| 2.2.4 主栽品种的演化特征分析 | 第26-28页 |
| 2.2.5 新疆海岛棉品种系谱分析 | 第28-32页 |
| 2.2.6 农艺性状的主成分分析 | 第32-33页 |
| 2.2.7 育成品种的聚类分析 | 第33-34页 |
| 2.3 小结 | 第34-35页 |
| 2.3.1 育成品种性状 | 第34页 |
| 2.3.2 主成分及聚类分析 | 第34-35页 |
| 2.4 讨论 | 第35-36页 |
| 2.4.1 新疆海岛棉早期品种遗传基础狭窄的原因分析 | 第35页 |
| 2.4.2 2010年后育成品种主要经济性状提升较快的原因分析 | 第35-36页 |
| 第三章 海岛棉遗传多样性分析 | 第36-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第36-38页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第36-37页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第37页 |
| 3.1.3 DNA提取 | 第37-38页 |
| 3.1.4 引物 | 第38页 |
| 3.1.5 反应体系 | 第38页 |
| 3.1.6 银染 | 第38页 |
| 3.1.7 数据统计分析 | 第38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-58页 |
| 3.2.1 海岛棉资源的地域分布 | 第38-39页 |
| 3.2.2 海岛棉遗传多样性的表型性状分析 | 第39-48页 |
| 3.2.3 基于SSR分子标记的海岛棉遗传多样性分析 | 第48-58页 |
| 3.3 小结 | 第58-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-61页 |
| 3.4.1 海岛棉表型多样性分析 | 第59页 |
| 3.4.2 SSR标记的多态性分析 | 第59-61页 |
| 第四章 新疆海岛棉纤维性状的GWAS分析 | 第61-67页 |
| 4.1 材料与方法 | 第61-62页 |
| 4.1.1 海岛棉种质的筛选 | 第61页 |
| 4.1.2 表型数据的收集与分析 | 第61页 |
| 4.1.3 基因型数据分析 | 第61-62页 |
| 4.1.4 遗传结构分析 | 第62页 |
| 4.1.5 标记-性状关联及优异等位基因鉴定 | 第62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-65页 |
| 4.2.1 海岛棉群体结构 | 第62-63页 |
| 4.2.2 连锁不平衡和LD衰退 | 第63-64页 |
| 4.2.3 性状-标记的关联分析 | 第64-65页 |
| 4.2.4 与纤维性状相关的SSR标记优异等位变异的挖掘 | 第65页 |
| 4.2.5 优异等位基因的挖掘 | 第65页 |
| 4.3 小结 | 第65-67页 |
| 第五章 新疆海岛棉纤维发育的转录组学分析 | 第67-82页 |
| 5.1 材料与方法 | 第67-69页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第67-68页 |
| 5.1.2 材料种植 | 第68页 |
| 5.1.3 取样 | 第68页 |
| 5.1.4 棉纤维长度测定 | 第68页 |
| 5.1.5 总RNA提取 | 第68页 |
| 5.1.6 cDNA文库构建和测序 | 第68-69页 |
| 5.1.7 数据分析 | 第69页 |
| 5.2 结果与分析 | 第69-80页 |
| 5.2.1 海岛棉纤维发育研究 | 第69-71页 |
| 5.2.2 测序数据质控 | 第71-72页 |
| 5.2.3 参考基因组比对分析 | 第72-74页 |
| 5.2.4 基因表达水平分析 | 第74-77页 |
| 5.2.5 差异基因功能富集 | 第77-79页 |
| 5.2.6 差异基因表达验证 | 第79-80页 |
| 5.3 小结 | 第80-82页 |
| 5.3.1 差异表达基因 | 第80页 |
| 5.3.2 差异基因表达验证 | 第80-82页 |
| 第六章 主要结论 | 第82-83页 |
| 6.1 海岛棉资源的表型性状及其变异 | 第82页 |
| 6.2 海岛棉的遗传多样性及亲缘关系 | 第82页 |
| 6.3 海岛棉群体结构及连锁不平衡特点 | 第82页 |
| 6.4 海岛棉纤维品质性状与SSR关联分析 | 第82页 |
| 6.5 海岛棉纤维性状的转录组分析 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 附录 | 第88-89页 |
| 作者简历 | 第89-90页 |
