| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-44页 |
| 1.1 凝结芽胞杆菌 | 第13-16页 |
| 1.2 细菌的耐热机制 | 第16-21页 |
| 1.2.1 DNA 稳定性 | 第17-18页 |
| 1.2.2 热激蛋白 | 第18-20页 |
| 1.2.3 细胞膜结构 | 第20-21页 |
| 1.3 下一代测序技术 | 第21-30页 |
| 1.3.1 合成测序法 | 第21-25页 |
| 1.3.2 第二代测序技术的应用 | 第25-30页 |
| 1.4 进化动力学分析研究 | 第30-34页 |
| 1.4.1 最大近似法 | 第31页 |
| 1.4.2 最大似然法 | 第31-32页 |
| 1.4.3 检测物种特异性达尔文选择 | 第32-33页 |
| 1.4.4 检测达尔文选择作用的氨基酸位点 | 第33-34页 |
| 1.5 质谱与蛋白质组技术 | 第34-42页 |
| 1.5.1 离子化技术 | 第35-36页 |
| 1.5.2 质谱设备 | 第36-38页 |
| 1.5.3 分离技术 | 第38-39页 |
| 1.5.4 蛋白质组分析方法 | 第39-41页 |
| 1.5.5 微生物蛋白质组技术的应用 | 第41-42页 |
| 1.6 本课题研究的目的和意义 | 第42-44页 |
| 第二章 凝结芽孢杆菌基因组测序及拼装 | 第44-60页 |
| 2.1 引言 | 第44-47页 |
| 2.2 材料与方法 | 第47-53页 |
| 2.2.1 主要药品与试剂 | 第47-48页 |
| 2.2.2 主要仪器设备 | 第48页 |
| 2.2.3 培养基与菌株 | 第48-49页 |
| 2.2.4 细菌培养及 DNA 提取 | 第49-50页 |
| 2.2.5 Illumina 建库与测序 | 第50页 |
| 2.2.6 数据整合 | 第50-51页 |
| 2.2.7 测序数据拼接 | 第51-52页 |
| 2.2.8 基因组完成图 | 第52-53页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第53-58页 |
| 2.3.1 16S rDNA 预检测 | 第53-54页 |
| 2.3.2 高通量测序结果概述 | 第54-56页 |
| 2.3.3 不同拼接拼接方法的整合 | 第56-57页 |
| 2.3.4 构建基因组完整图 | 第57-58页 |
| 2.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 发表相关文章 | 第59-60页 |
| 第三章 凝结芽孢杆菌比较基因组分析 | 第60-76页 |
| 3.1 引言 | 第60页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第60-75页 |
| 3.2.1 基因组结构概述 | 第60-62页 |
| 3.2.2 进化地位 | 第62-64页 |
| 3.2.3 最小基因组 | 第64-66页 |
| 3.2.4 碳代谢 | 第66-68页 |
| 3.2.5 木糖代谢途径 | 第68-71页 |
| 3.2.6 物质运输和调控 | 第71-72页 |
| 3.2.7 抗逆性 | 第72-74页 |
| 3.2.8 凝结芽孢杆菌的免疫系统 | 第74-75页 |
| 3.3 本章小结 | 第75页 |
| 发表相关文章 | 第75-76页 |
| 第四章 凝结芽胞杆菌正向选择压力分析 | 第76-88页 |
| 4.1 引言 | 第76-77页 |
| 4.2 材料与方法 | 第77-82页 |
| 4.2.1 建立直系同源基因簇 | 第77-78页 |
| 4.2.2 多序列比对 | 第78页 |
| 4.2.3 去除基因重组的影响 | 第78-79页 |
| 4.2.4 建立系统进化树并确定正选择压力蛋白 | 第79-80页 |
| 4.2.5 确认正选择蛋白富集的代谢途径 | 第80-81页 |
| 4.2.6 结果展示 | 第81-82页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第82-87页 |
| 4.3.1 蜡状芽孢杆菌中正向选择压力分析 | 第82-84页 |
| 4.3.2 基于 Branch-Site 模式的芽孢杆菌压力分析 | 第84-87页 |
| 4.4 本章小结 | 第87页 |
| 发表相关文章 | 第87-88页 |
| 第五章 凝结芽孢杆菌 2-6 转录组分析 | 第88-130页 |
| 5.1 引言 | 第88-89页 |
| 5.2 材料与方法 | 第89-102页 |
| 5.2.1 主要药品与试剂 | 第89页 |
| 5.2.2 主要仪器设备 | 第89-90页 |
| 5.2.3 培养基 | 第90页 |
| 5.2.4 测定生长曲线 | 第90页 |
| 5.2.5 提取 RNA | 第90-92页 |
| 5.5.6 建库 | 第92-93页 |
| 5.2.7 数据处理 | 第93-102页 |
| 5.2.8 RT-qPCR 验证表达差异 | 第102页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第102-128页 |
| 5.3.1 凝结芽胞杆菌生长实验 | 第102-103页 |
| 5.3.2 rRNA 富集实验 | 第103-104页 |
| 5.3.3 转录测序数据统计 | 第104-108页 |
| 5.3.4 转录结构分析 | 第108-116页 |
| 5.3.5 表达差异分析 | 第116-124页 |
| 5.3.6 差异基因富集分析 | 第124-127页 |
| 5.3.7 共表达分析 | 第127-128页 |
| 5.4 本章小结 | 第128-130页 |
| 第六章 凝结芽孢杆菌 2-6 蛋白质组分析 | 第130-139页 |
| 6.1 引言 | 第130页 |
| 6.2 材料与方法 | 第130-133页 |
| 6.2.1 凝结芽胞杆菌 2-6 培养 | 第130页 |
| 6.2.2 LC-MS/MS 原理 | 第130-131页 |
| 6.2.3 仪器和试剂 | 第131-132页 |
| 6.2.4 试验流程 | 第132-133页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第133-138页 |
| 6.3.1 蛋白质浓度测定 | 第133-134页 |
| 6.3.2 SDS-PAGE 分析 | 第134页 |
| 6.3.3 肽段 OD280测定 | 第134-135页 |
| 6.3.4 蛋白质鉴定及定量结果 | 第135页 |
| 6.3.5 蛋白质组学统计分析 | 第135-136页 |
| 6.3.6 转录组与蛋白质组数据比较分析 | 第136-137页 |
| 6.3.7 特异性蛋白分析 | 第137-138页 |
| 6.4 本章小结 | 第138-139页 |
| 总结与展望 | 第139-142页 |
| 创新点 | 第142-143页 |
| 参考文献 | 第143-154页 |
| 附录 I 符号中英文注释 | 第154-156页 |
| 附录 II 正向选择压力分析的芽孢杆菌菌株 | 第156-158页 |
| 附录 III 凝结芽胞杆菌转录组中表达上调基因 | 第158-163页 |
| 附录 IV 凝结芽胞杆菌转录组中表达下调基因 | 第163-166页 |
| 附录 V 转录组和蛋白质组数据中共有的差异基因 | 第166-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
| 攻读博士学位期间（待）发表的学术论文及奖励 | 第169-170页 |