| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 常用词缩写 | 第8-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-28页 |
| 1 宿主防御肽 | 第13页 |
| 2 禽β-防御素 | 第13-19页 |
| 2.1 禽β-防御素的结构 | 第13-14页 |
| 2.2 禽β-防御素的组织分布及发育表达 | 第14-15页 |
| 2.3 禽β-防御素的表达调控 | 第15页 |
| 2.4 禽β-防御素的生物学功能 | 第15-17页 |
| 2.5 禽β-防御素基因的进化 | 第17-19页 |
| 3 禽cathelicidin防御肽 | 第19-23页 |
| 3.1 禽cathelicidin的组织分布及发育表达 | 第20页 |
| 3.2 禽cathelicidin的表达调控 | 第20-21页 |
| 3.3 禽cathelicidins的生物学功能 | 第21-22页 |
| 3.4 禽cathelicidin结构和功能的关系 | 第22页 |
| 3.5 禽cathelicidin基因的进化 | 第22-23页 |
| 4 禽宿主防御肽的直接应用价值 | 第23-24页 |
| 5 内源性宿主防御肽的诱导表达 | 第24-26页 |
| 5.1 维生素D3 | 第24-25页 |
| 5.2 初级和次级胆汁酸 | 第25页 |
| 5.3 萝卜硫素 | 第25-26页 |
| 5.4 脂肪酸 | 第26页 |
| 5.5 维甲酸 | 第26页 |
| 6 诱导宿主防御肽的应用价值 | 第26-27页 |
| 7 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 禽β-防御素在鸟类中的比较基因组及进化分析 | 第28-46页 |
| 1 前言 | 第28-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-31页 |
| 2.1 禽β-防御素基因编码序列的鉴定 | 第29-31页 |
| 2.2 序列联配和系统发生关系分析 | 第31页 |
| 2.3 受选择位点预测 | 第31页 |
| 3. 结果与分析 | 第31-39页 |
| 3.1 禽β-防御素基因家族的成员数目 | 第31-32页 |
| 3.2 禽β-防御素基因家族编码区氨基酸序列对比 | 第32-33页 |
| 3.3 禽β-防御素基因家族在基因组上的位子及转录方向 | 第33-34页 |
| 3.4 禽β-防御素基因家族的系统发生关系 | 第34-35页 |
| 3.5 禽β-防御素基因家族与爬行动物(类)防御素基因之间的关系 | 第35-37页 |
| 3.6 禽β-防御素基因家族受选择位点分析 | 第37-39页 |
| 4. 讨论 | 第39-45页 |
| 4.1 禽β-防御素基因的鉴定及序列预测 | 第39-40页 |
| 4.2 AvBD1和AvBD3基因亚家族的扩张 | 第40-43页 |
| 4.3 AvBD14基因的丢失 | 第43页 |
| 4.4 AvBD7和AvBD1β基因的丢失 | 第43页 |
| 4.5 火鸡AvBD6及其基因特异线性关系 | 第43-44页 |
| 4.6 禽β-防御素基因家族与爬行类防御素之间的关系 | 第44页 |
| 4.7 禽β-防御素基因家族的起源和扩张 | 第44-45页 |
| 5. 小结 | 第45-46页 |
| 第三章 1,25(OH)_2D_3和丁酸对鸡宿主防御肽协同性诱导表达研究 | 第46-61页 |
| 1 前言 | 第46页 |
| 2 材料与方法 | 第46-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第46-47页 |
| 2.2 主要实验试剂 | 第47页 |
| 2.3 常用试剂配方 | 第47页 |
| 2.4 主要实验仪器 | 第47-48页 |
| 2.5 常用分析软件 | 第48页 |
| 3 实验方法 | 第48-51页 |
| 3.1 HD11细胞系的培养及处理 | 第48页 |
| 3.2 鸡空肠外植体的分离、培养及处理 | 第48-49页 |
| 3.3 鸡外周血单个核细胞的分离、培养及处理 | 第49页 |
| 3.4 RNA提取 | 第49-50页 |
| 3.5 RNA的质量检测 | 第50页 |
| 3.6 定量PCR的cDNA的逆转录 | 第50页 |
| 3.7 引物的设计与合成 | 第50-51页 |
| 3.8 荧光定量PCR反应 | 第51页 |
| 3.9 统计分析 | 第51页 |
| 4 结果与分析 | 第51-58页 |
| 4.1 1.25(OH)_2D_3和丁酸对HD11细胞系AvBD9基因表达的影响 | 第51-52页 |
| 4.2 1.25(OH)_2D_3和丁酸对鸡外周血单个核细胞AvBD9基因表达的影响 | 第52页 |
| 4.3 1.25(OH)_2D_3和丁酸对鸡空肠外植体AvBD9基因表达的影响 | 第52页 |
| 4.4 不同时间点1,25(OH)_2D_3和丁酸对HD11细胞系AvBD9基因表达的影响 | 第52-54页 |
| 4.5 1,25(OH)_2D_3和丁酸对家禽宿主防御肽基因表达的影响 | 第54-56页 |
| 4.6 1,25(OH)_2D_3和丁酸对HD11细胞系炎性因子IL-1β表达的影响 | 第56-58页 |
| 5 讨论 | 第58-60页 |
| 5.1 维生素D_3和丁酸对家禽免疫的作用 | 第58页 |
| 5.2 宿主防御肽的诱导表达的特异性 | 第58-59页 |
| 5.3 诱导禽宿主防御肽的应用价值 | 第59页 |
| 5.4 LPS应激下1,25(OH)_2D_3对IL-1β的调节作用 | 第59-60页 |
| 6 小结 | 第60-61页 |
| 第四章 1,25(OH)2D3和丁酸对HD11细胞系转录组影响的分析 | 第61-76页 |
| 1 前言 | 第61页 |
| 2 实验材料和方法 | 第61-63页 |
| 2.1 细胞培养处理及RNA提取 | 第62页 |
| 2.2 测序文库构建及测序 | 第62页 |
| 2.3 测序数据的预处理 | 第62页 |
| 2.4 测序数据与参考基因组比对 | 第62页 |
| 2.5 显著差异表达的定义 | 第62页 |
| 2.6 差异基因生物信息学分析 | 第62-63页 |
| 3 结果与分析 | 第63-73页 |
| 3.1 测序质量评估 | 第63页 |
| 3.2 不同处理下显著差异表达分析 | 第63-64页 |
| 3.3 差异表达基因的荧光定量PCR的验证 | 第64-65页 |
| 3.4 显著差异表达基因的GO富集分析 | 第65-66页 |
| 3.5 显著差异表达基因的KEGG富集分析 | 第66-67页 |
| 3.6 1,25(OH)_2D_3、丁酸及其协同效应中的潜在转录调节因子 | 第67-68页 |
| 3.7 1.25(OH)_2D_3、丁酸及其共同处理对MAPK通路的影响 | 第68-71页 |
| 3.8 1,25(OH)_2D_3、丁酸及其共同处理对TGF-β通路的影响 | 第71-73页 |
| 4 讨论 | 第73-75页 |
| 4.1 转录组测序及应用 | 第73页 |
| 4.2 MAPK信号通路及其诱导作用推测 | 第73-75页 |
| 4.3 TGF-β信号通路及其诱导作用推测 | 第75页 |
| 5 小结 | 第75-76页 |
| 第五章 1,25(OH)_2D_3和丁酸对宿主防御肽诱导表达的信号通路验证 | 第76-82页 |
| 1 前言 | 第76页 |
| 2 材料与方法 | 第76页 |
| 2.1 细胞系及培养 | 第76页 |
| 2.2 主要试剂配置 | 第76页 |
| 2.3 细胞处理 | 第76页 |
| 2.4 数据分析及处理 | 第76页 |
| 3 结果与分析 | 第76-79页 |
| 3.1 1.25(OH)_2D_3和丁酸协同诱导AvBD9表达的潜在抑制剂探索 | 第76-77页 |
| 3.2 不同通路抑制剂对1,25(OH)_2_D3和丁酸及其协同诱导AvBD9表达的作用 | 第77-79页 |
| 4 讨论 | 第79-81页 |
| 4.1 RAR以及FXR对禽宿主防御肽诱导表达的潜在作用 | 第79页 |
| 4.2 PI3K对禽宿主防御肽诱导表达的潜在作用 | 第79页 |
| 4.3 EGFR对禽宿主防御肽诱导表达的潜在作用 | 第79-80页 |
| 4.4 NF-κB对禽宿主防御肽诱导表达的潜在作用 | 第80页 |
| 4.5 MAPK信号通路在AvBD9基因的表达调控中的作用 | 第80页 |
| 4.6 TGF-β信号通路在AvBD9基因的表达调控中的作用 | 第80-81页 |
| 5 小结 | 第81-82页 |
| 第六章 主要结论及创新点 | 第82-84页 |
| 1 本研究的主要结论 | 第82页 |
| 2 本研究的创新之处 | 第82-83页 |
| 3 待解决问题 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 攻读学位期间以第一作者发表论文 | 第96-97页 |
| 附录1 259个新发现的禽β-防御素的基因位子,长度以及转录方向 | 第97-104页 |
| 附录2 21个物种中禽β-防御素氨基酸序列的联配结果 | 第104-107页 |
| 附录3 1,25(OH)_2D_3、丁酸以及二者共同处理下的差异GO通路 | 第107-110页 |
