基于变长种子的找全测序序列比对算法研究及优化
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-13页 |
| 1.2 研究现状 | 第13-15页 |
| 1.2.1 序列比对算法的索引技术 | 第13-14页 |
| 1.2.2 找最佳的序列比对算法 | 第14页 |
| 1.2.3 找全的序列比对算法 | 第14-15页 |
| 1.3 本文研究内容 | 第15-16页 |
| 1.3.1 找全序列比对算法的过滤方法设计及优化 | 第15-16页 |
| 1.3.2 找全序列比对算法的索引改造及并行化 | 第16页 |
| 1.4 论文组织 | 第16-18页 |
| 第2章 问题定义及相关工作 | 第18-32页 |
| 2.1 测序序列比对基础概念 | 第18-22页 |
| 2.1.1 测序技术介绍 | 第18页 |
| 2.1.2 测序序列比对相关名词介绍 | 第18-21页 |
| 2.1.3 测序序列比对问题定义 | 第21-22页 |
| 2.2 找全测序序列比对概念 | 第22-25页 |
| 2.2.1 基于哈希表的索引技术 | 第22-23页 |
| 2.2.2 传统的种子扩展算法 | 第23-24页 |
| 2.2.3 测试数据集及评价标准 | 第24-25页 |
| 2.3 经典的找全序列比对算法 | 第25-31页 |
| 2.3.1 mrFAST | 第25-27页 |
| 2.3.2 Hobbes | 第27-28页 |
| 2.3.3 Hobbes2 | 第28-30页 |
| 2.3.4 Bitmapper | 第30-31页 |
| 2.4 本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 变长种子过滤方法设计及优化 | 第32-48页 |
| 3.1 过滤方法现状分析及优化思路 | 第32-36页 |
| 3.1.1 过滤步骤时间占比分析 | 第32-33页 |
| 3.1.2 已有的主流过滤方法 | 第33-34页 |
| 3.1.3 已有过滤方法的缺陷与不足 | 第34-36页 |
| 3.1.4 优化思路 | 第36页 |
| 3.2 基于变长种子的过滤方法 | 第36-43页 |
| 3.2.1 算法的主要流程 | 第37-38页 |
| 3.2.2 变长种子的长度范围设计 | 第38-40页 |
| 3.2.3 种子降频处理设计 | 第40-43页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第43-47页 |
| 3.3.1 过滤时间 | 第43-44页 |
| 3.3.2 过滤后的候选位置数 | 第44-45页 |
| 3.3.3 序列比对总时间和内存开销 | 第45-47页 |
| 3.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第4章 索引改造及并行化 | 第48-66页 |
| 4.1 哈希索引改造 | 第48-59页 |
| 4.1.1 稀疏索引方案 | 第48-54页 |
| 4.1.2 索引计算方法改造 | 第54-59页 |
| 4.2 多线程并行及优化 | 第59-60页 |
| 4.2.1 多线程并行可行性分析 | 第59页 |
| 4.2.2 多线程并行系统设计 | 第59-60页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第60-64页 |
| 4.3.1 索引内存占用 | 第61-62页 |
| 4.3.2 改进后的序列比对总时间 | 第62-63页 |
| 4.3.3 多线程效果测试 | 第63-64页 |
| 4.4 本章小结 | 第64-66页 |
| 第5章 总结 | 第66-70页 |
| 5.1 本文工作 | 第66-67页 |
| 5.2 本文贡献与创新之处 | 第67-68页 |
| 5.3 进一步工作 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第75-76页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目 | 第76页 |
