| 中文摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一部分DAL-1/4.1B通过调控肺癌细胞TGF-β 诱导上皮间质转移 | 第14-55页 |
| 第1章 绪论 | 第14-23页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 NSCLC简介 | 第14-15页 |
| 1.3 DAL-1/4.1B简介 | 第15-16页 |
| 1.4 TGF-β 诱导EMT上皮间质转化 | 第16-19页 |
| 1.5 RNAi的应用现状 | 第19-22页 |
| 1.6 论文研究的主要内容 | 第22页 |
| 1.7 实验设计思路 | 第22-23页 |
| 第2章 靶向DAL-1 的shRNA表达载体的构建及其影响 | 第23-41页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-33页 |
| 2.1.1 标本 | 第23-24页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第24-25页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第25页 |
| 2.1.4 设计shRNA的干扰序列 | 第25-26页 |
| 2.1.5 shRNA模板的退火 | 第26页 |
| 2.1.6 pGPUC6/GFP/Neo载体的线性化 | 第26-27页 |
| 2.1.7 pGPUC6/GFP/Neo载体的构建 | 第27页 |
| 2.1.8 shRNA表达载体转染的NCI-H460细胞 | 第27页 |
| 2.1.9 RT-PCR检测shRNA表达载体对DAL-l表达的抑制作用 | 第27-28页 |
| 2.1.10 结果计算方法 | 第28页 |
| 2.1.11 Western blot检测shRNA表达载体对DAL-1 表达的抑制作用 | 第28-31页 |
| 2.1.12 体外基质胶侵袭实验 | 第31-32页 |
| 2.1.13 CCK8检测细胞增殖水平 | 第32页 |
| 2.1.14 伤口-愈合实验 | 第32-33页 |
| 2.1.15 统计分析 | 第33页 |
| 2.2 结果 | 第33-37页 |
| 2.2.1 shRNA表达载体转染NCI-H460的转染率 | 第33-34页 |
| 2.2.2 获得稳定表达的NCI-H460-shRNA细胞 | 第34页 |
| 2.2.3 RT-PCR检测shRNA表达载体对DAL-1 表达的抑制 | 第34页 |
| 2.2.4 肺癌细胞中DAL-1/4.1B的下调有效的降低了DAL-1/4.1B蛋白质的表达 | 第34-35页 |
| 2.2.5 DAL-1/4.1B-shRNA促进了细胞的增殖 | 第35页 |
| 2.2.6 DAL-1/4.1B的下调增加了肺癌细胞在体外的转移 | 第35-37页 |
| 2.3 讨论 | 第37-40页 |
| 2.4 小结 | 第40-41页 |
| 第三章 DAL-1/4.1B可以调控EMT标记物的表达 | 第41-51页 |
| 3.1 方法与材料 | 第41-45页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第41页 |
| 3.1.2 实验试剂及溶液 | 第41-43页 |
| 3.1.3 实验仪器 | 第43页 |
| 3.1.4 荧光定量RT-PCR | 第43-45页 |
| 3.1.5 Western Blot检测EMT相关分子的表达 | 第45页 |
| 3.2 结果 | 第45-47页 |
| 3.2.1 DAL-1/4.1B的缺失改变了EMT标记物的表达 | 第45-46页 |
| 3.2.2 DAL-1/4.1B的过表达改变了EMT标记物的表达量 | 第46-47页 |
| 3.3 讨论 | 第47-50页 |
| 3.4 小结 | 第50-51页 |
| 第4章 TGF-β 诱导DAL-1/4.1B的表达 | 第51-54页 |
| 4.1 材料与方法 | 第51页 |
| 4.1.1 RT-PCR | 第51页 |
| 4.1.2 Western blot | 第51页 |
| 4.2 结果 | 第51-52页 |
| 4.3 讨论 | 第52-53页 |
| 4.4 小结 | 第53-54页 |
| 第5章 总结 | 第54-55页 |
| 第二部分NSCLC的生物信息学分析 | 第55-98页 |
| 第1章 引言 | 第55-62页 |
| 1.1 基因芯片技术 | 第55-57页 |
| 1.1.1 微阵列 | 第55-56页 |
| 1.1.2 基因芯片的应用 | 第56-57页 |
| 1.2 Affymetrix的基因芯片数据 | 第57-60页 |
| 1.2.1 Affymetrix基因芯片的设计-HG-U133 | 第57-59页 |
| 1.2.2 常见的微阵列数据分析软件 | 第59-60页 |
| 1.3 本课题的目的、内容和原创性 | 第60-62页 |
| 1.3.1 目的及意义 | 第60-61页 |
| 1.3.2 主要内容 | 第61页 |
| 1.3.3 原创性 | 第61-62页 |
| 第2章 基因芯片数据的处理方法 | 第62-68页 |
| 2.1 探针水平数据的获得 | 第62-63页 |
| 2.2 数据的预处理 | 第63-64页 |
| 2.3 差异基因表达的微阵列筛选 | 第64-67页 |
| 2.4 小结 | 第67-68页 |
| 第3章 R/Bioconductor的使用 | 第68-75页 |
| 3.1 引言 | 第68-71页 |
| 3.1.1 简介 | 第68-69页 |
| 3.1.2 Bioconductor | 第69-71页 |
| 3.2 获取基因芯片的数据 | 第71-72页 |
| 3.2.1 常用的分析基因表达芯片的数据库 | 第71-72页 |
| 3.2.2 Bioconductor环境下微阵列数据的获取 | 第72页 |
| 3.3 微阵列数据的预处理 | 第72-73页 |
| 3.4 筛选差异表达基因 | 第73页 |
| 3.5 基因富集分析 | 第73-74页 |
| 3.6 分析通路和生物网络 | 第74页 |
| 3.7 小结 | 第74-75页 |
| 第4章 NSCLC相关基因芯片数据的分析 | 第75-97页 |
| 4.1 背景 | 第75-76页 |
| 4.2 实验数据的获取与导入 | 第76页 |
| 4.2.1 实验数据的选择与获取 | 第76页 |
| 4.2.2 实验数据导入Bioconductor平台 | 第76页 |
| 4.3 预处理前的数据质控 | 第76-87页 |
| 4.3.1 通过数据可视化实现显示芯片的质量控制 | 第77-86页 |
| 4.3.2 arrayQualityMetrics芯片质量控制 | 第86-87页 |
| 4.4 Bioconductor中GSE33532芯片数据的预处理 | 第87-88页 |
| 4.5 标准化后数据的质控 | 第88-90页 |
| 4.6 差异表达基因的检测 | 第90-92页 |
| 4.7 差异表达基因的注释与基因本体学 | 第92-93页 |
| 4.8 聚类分析 | 第93-94页 |
| 4.9 通路分析 | 第94-95页 |
| 4.10 讨论 | 第95-96页 |
| 4.11 小结 | 第96-97页 |
| 第5章 总结及展望 | 第97-98页 |
| 5.1 总结 | 第97页 |
| 5.2 展望 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-107页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第107-108页 |
| 综述 | 第108-119页 |
| 参考文献 | 第116-119页 |
