| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 1 综述 | 第11-21页 |
| 1.1 基因组测序研究 | 第11-15页 |
| 1.1.1 参考基因组简介 | 第11页 |
| 1.1.2 测序技术的发展 | 第11-13页 |
| 1.1.3 基因组测序的早期发展 | 第13-14页 |
| 1.1.4 基因组测序及拼接策略 | 第14-15页 |
| 1.2 基于物理图谱的基因组测序研究 | 第15-18页 |
| 1.2.1 文库构建 | 第15-16页 |
| 1.2.2 构建物理图的方法 | 第16-18页 |
| 1.3 油菜基因组研究现状 | 第18-19页 |
| 1.3.1 油菜简介 | 第18页 |
| 1.3.2 芸薹属的基因组测序研究 | 第18页 |
| 1.3.3 甘蓝型油菜Darmor-bzh参考基因组 | 第18-19页 |
| 1.3.4 油菜基因组的意义 | 第19页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第19-21页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第19-20页 |
| 1.4.2 研究意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-26页 |
| 2.1 实验材料 | 第21页 |
| 2.2 BAC文库构建 | 第21-23页 |
| 2.3 克隆混合及质粒提取 | 第23页 |
| 2.4 测序文库构建及Illumina测序 | 第23-24页 |
| 2.5 模拟实验及参数调试 | 第24页 |
| 2.6 BAC文库的fingerprint数据分析 | 第24-25页 |
| 2.7 使用FPC构建contig | 第25页 |
| 2.8 遗传图与contig的整合 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-49页 |
| 3.1 模拟实验及数据分析 | 第26-28页 |
| 3.2 WGP tag的生成 | 第28-35页 |
| 3.2.1 测序数据的初步分析 | 第28-31页 |
| 3.2.2 去卷积与过滤 | 第31-35页 |
| 3.3 contig的构建 | 第35-39页 |
| 3.3.1 tag长度对contig拼接的影响 | 第36页 |
| 3.3.2 cutoff值对contig拼接的影响 | 第36-37页 |
| 3.3.3 WGP结果评价 | 第37-39页 |
| 3.4 contig与连锁图的整合分析 | 第39-49页 |
| 4 讨论 | 第49-52页 |
| 4.1 模拟实验的意义 | 第49页 |
| 4.2 影响contig构建的因素 | 第49-50页 |
| 4.3 物理图质量评估 | 第50页 |
| 4.4 与大量遗传图整合的优势 | 第50-51页 |
| 4.5 高质量物理图的用途与意义 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
