| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第8-11页 |
| 1.研究背景 | 第11-22页 |
| 1.1 游离核苷酸的发现和特点 | 第11页 |
| 1.2 Biology of cf DNA | 第11-13页 |
| 1.3 Circulating tumor DNA(ct DNA) | 第13-14页 |
| 1.4 Tumour-specific gene mutations | 第14-15页 |
| 1.5 结直肠癌的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.6 高通量测序在肿瘤检测中的应用 | 第16-20页 |
| 1.6.1 特异性的富集突变分子： | 第17页 |
| 1.6.2 双端矫正和信息分析优化 | 第17-18页 |
| 1.6.3 单分子滚环扩增 | 第18页 |
| 1.6.4 对每个模板分子进行标记 | 第18-20页 |
| 1.7 本研究意义 | 第20-21页 |
| 1.8 技术路线 | 第21-22页 |
| 2.实验材料与方法 | 第22-42页 |
| 2.1 样本信息收集 | 第22页 |
| 2.2 DNA的提取 | 第22-24页 |
| 2.2.1 ctDNA的提取 | 第22-23页 |
| 2.2.2 组织DNA的提取 | 第23页 |
| 2.2.3 血细胞DNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.3 g DNA的片段化 | 第24-25页 |
| 2.3.1 启动Covaris S220 | 第24页 |
| 2.3.2 稀释g DNA样本 | 第24-25页 |
| 2.3.3 设置Covaris参数 | 第25页 |
| 2.4 文库构建 | 第25-30页 |
| 2.4.1 End Repair Reaction Setup | 第26页 |
| 2.4.2 End Repair Cleanup | 第26-27页 |
| 2.4.3 A-Tailing Reaction Setup | 第27页 |
| 2.4.4 A-Tailing Cleanup | 第27-28页 |
| 2.4.5 Adapter Ligation Reaction Setup | 第28页 |
| 2.4.6 Adapter Ligation Cleanup | 第28-29页 |
| 2.4.7 Dual-SPRI? Size Selection | 第29页 |
| 2.4.8 文库PCR扩增富集 | 第29-30页 |
| 2.4.9 用等体积的Agencourt AMPure XP磁珠纯化DNA富集文库 | 第30页 |
| 2.5 文库杂交捕获 | 第30-35页 |
| 2.5.1 文库富集 | 第30-31页 |
| 2.5.2 配制Sure Select Block Mix。 | 第31页 |
| 2.5.3 文库DNA变性及其Index封闭 | 第31页 |
| 2.5.4 探针缓冲液的配制 | 第31-32页 |
| 2.5.5 探针与文库的杂交温育 | 第32-33页 |
| 2.5.6 捕获后纯化磁珠的清洗 | 第33页 |
| 2.5.7 捕获后纯化及其洗脱 | 第33页 |
| 2.5.8 杂交后Post-Capture PCR扩增引入index | 第33-34页 |
| 2.5.9 Post Capture PCR产物纯化 | 第34-35页 |
| 2.6 文库定量 | 第35-36页 |
| 2.6.1 Qubit? 3.0 荧光计的校准 | 第35页 |
| 2.6.2 样本浓度的测定 | 第35-36页 |
| 2.7 文库上机测序 | 第36-37页 |
| 2.8 数据分析 | 第37-39页 |
| 2.8.1 数据过滤 | 第38页 |
| 2.8.2 标签序列与比对 | 第38页 |
| 2.8.3 单链一致性模板 | 第38-39页 |
| 2.8.4 双链一致性序列 | 第39页 |
| 2.8.5 Realn和Variant分析 | 第39页 |
| 2.9 BIO-RADQ200X验证 | 第39-42页 |
| 3.实验结果 | 第42-58页 |
| 3.1 DNA的提取质量鉴定 | 第42-44页 |
| 3.2 文库质量的鉴定 | 第44-46页 |
| 3.3 治疗前、术中、术后ct DNA的差异 | 第46-47页 |
| 3.4 ESRi T方法的验证 | 第47-52页 |
| 3.4.1 高深度的测序检测 | 第47-48页 |
| 3.4.2 突变位点频率的验证 | 第48-52页 |
| 3.5 血浆ctDNA、组织样本完整性及其靶向用药基因一致性的验证 | 第52-58页 |
| 3.5.1 DNA完整性验证 | 第52-53页 |
| 3.5.2 血浆（ctDNA）、组织样本靶向药基因突变检出率一致性 | 第53-58页 |
| 4.结论 | 第58-62页 |
| 4.1 结论 | 第58-59页 |
| 4.2 创新 | 第59-60页 |
| 4.3 展望 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 附件 1：104 例结直肠癌患者信息 | 第71-80页 |
| 附件 2：实验所用主要仪器、试剂 | 第80-82页 |
| 1、实验主要仪器列表 | 第80-81页 |
| 2、实验主要试剂列表 | 第81-82页 |
| 附件 | 第82页 |
