| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第11-24页 |
| 1.1 生态适应和生态物种形成 | 第11-20页 |
| 1.1.1 基因组和转录组在研究生态适应上的应用 | 第14-17页 |
| 1.1.2 基因组和转录组在研究分子系统学上的应用 | 第17-20页 |
| 1.2 桦木科简介 | 第20-22页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 毛榛转录组及其与近缘物种生态适应比较分析 | 第24-39页 |
| 2.1 材料和方法 | 第24-27页 |
| 2.1.1 转录组测序 | 第24-25页 |
| 2.1.2 转录组组装 | 第25-27页 |
| 2.1.3 功能注释 | 第27页 |
| 2.1.4 同源基因的寻找和比较 | 第27页 |
| 2.1.5 紫杉醇合成基因的发现 | 第27页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第27-37页 |
| 2.2.1 测序和组装 | 第27-30页 |
| 2.2.2 功能注释 | 第30页 |
| 2.2.3 毛榛和欧洲榛转录组中分化最大的基因 | 第30-34页 |
| 2.2.4 紫杉醇合成基因 | 第34-37页 |
| 2.3 结论 | 第37-39页 |
| 第三章 虎榛子属三个种转录组的生态适应与物种形成 | 第39-63页 |
| 3.1 材料与方法 | 第39页 |
| 3.1.1 测序与组装 | 第39页 |
| 3.1.2 功能注释 | 第39页 |
| 3.1.3 寻找直系同源基因 | 第39页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第39-61页 |
| 3.2.1 序列组装与功能注释 | 第39-40页 |
| 3.2.2 根据转录组寻找虎榛子属三个种的直系同源基因 | 第40-42页 |
| 3.2.3 寻找虎榛子属三个种中差异分化基因 | 第42-48页 |
| 3.2.4 寻找虎榛子属三个种中适应性进化基因 | 第48-49页 |
| 3.2.5 寻找虎榛子的耐旱基因 | 第49-61页 |
| 3.3 结论 | 第61-63页 |
| 第四章 桦木科转录组的系统发育与生态适应研究 | 第63-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第63-64页 |
| 4.1.1 转录组测序和组装 | 第63页 |
| 4.1.2 蛋白质编码区预测 | 第63页 |
| 4.1.3 寻找桦木科11个种与夏栎的直系同源基因 | 第63页 |
| 4.1.4 构建桦木科11个种的分子系统发育树 | 第63-64页 |
| 4.1.5 桦木科11个种的分子进化分析 | 第64页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第64-90页 |
| 4.2.1 桦木科11个种的分子系统发育树 | 第64-67页 |
| 4.2.2 桦木科11个种的正选择基因 | 第67-90页 |
| 4.3 结论 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-102页 |
| 附录 | 第102-107页 |
