| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.1 日本沼虾简介 | 第12页 |
| 1.2 无脊椎动物的防御机制 | 第12-19页 |
| 1.2.1 非己识别 | 第13-15页 |
| 1.2.2 免疫信号转导 | 第15-18页 |
| 1.2.3 效应因子反应系统 | 第18-19页 |
| 1.3 TNF与Litaf研究进展 | 第19-21页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第2章 日本沼虾转录组高通量测序及分析 | 第23-34页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第23页 |
| 2.1.2 实验动物及处理 | 第23页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第23-24页 |
| 2.1.4 实验样品处理 | 第24页 |
| 2.1.5 日本沼虾总RNA提取 | 第24页 |
| 2.1.6 测序文库制备 | 第24页 |
| 2.1.7 序列拼接组装 | 第24-25页 |
| 2.1.8 unigene功能注释和分类 | 第25页 |
| 2.1.9 重要免疫基因的筛选和比较 | 第25页 |
| 2.2 实验结果 | 第25-32页 |
| 2.2.1 序列组装拼接 | 第25-26页 |
| 2.2.2 日本沼虾总转录组的功能注释 | 第26-30页 |
| 2.2.3 免疫相关基因筛选与分析 | 第30-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-34页 |
| 第3章 细菌刺激下的基因表达谱分析 | 第34-46页 |
| 3.1 实验材料 | 第34页 |
| 3.2 实验方法 | 第34-35页 |
| 3.2.1 FPKM标准化处理 | 第34页 |
| 3.2.2 免疫基因的组织特异性表达分析 | 第34页 |
| 3.2.3 细菌刺激后血细胞中差异表达的基因分析 | 第34页 |
| 3.2.4 细菌刺激后肝胰腺中差异表达的基因分析 | 第34-35页 |
| 3.3 实验结果 | 第35-43页 |
| 3.3.1 组织特异性表达的免疫基因 | 第35-38页 |
| 3.3.2 细菌刺激后血细胞中差异表达基因的分析 | 第38-40页 |
| 3.3.3 细菌刺激后肝胰腺中差异表达基因的分析 | 第40-43页 |
| 3.4 讨论 | 第43-46页 |
| 第4章 MnLitaf基因的扩增与表达分析 | 第46-55页 |
| 4.1 实验材料 | 第46-47页 |
| 4.1.1 实验对象 | 第46页 |
| 4.1.2 实验仪器 | 第46页 |
| 4.1.3 实验试剂 | 第46-47页 |
| 4.1.4 实验引物 | 第47页 |
| 4.2 实验方法 | 第47-48页 |
| 4.2.1 取材、总RNA提取和cDNA的合成 | 第47页 |
| 4.2.2 日本沼虾Litaf（Mn Litaf）基因的扩增 | 第47-48页 |
| 4.2.3 生物信息学分析 | 第48页 |
| 4.2.4 日本沼虾Litaf（Mn Litaf）的组织表达量分析 | 第48页 |
| 4.2.5 日本沼虾Litaf（Mn Litaf）细菌刺激后的表达分析 | 第48页 |
| 4.3 实验结果 | 第48-54页 |
| 4.3.1 日本沼虾Litaf（Mn Litaf）的扩增与序列分析 | 第48-49页 |
| 4.3.2 日本沼虾MnLitaf的生物信息学分析 | 第49-52页 |
| 4.3.3 日本沼虾MnLitaf的系统进化分析 | 第52-53页 |
| 4.3.4 MnLitaf的组织表达量分析 | 第53页 |
| 4.3.5 细菌刺激后MnLitaf在血细胞的表达量分析 | 第53-54页 |
| 4.4 讨论 | 第54-55页 |
| 第5章 MnTNF基因的扩增与表达分析 | 第55-62页 |
| 5.1 实验材料 | 第55页 |
| 5.2 实验方法 | 第55-56页 |
| 5.2.1 日本沼虾总RNA提取和cDNA的合成 | 第55-56页 |
| 5.2.2 日本沼虾TNF（MnTNF）基因的扩增 | 第56页 |
| 5.2.3 生物信息学分析 | 第56页 |
| 5.2.4 日本沼虾TNF（MnTNF）的组织表达量分析 | 第56页 |
| 5.2.5 日本沼虾TNF（MnTNF）细菌刺激后的表达分析 | 第56页 |
| 5.3 实验结果 | 第56-61页 |
| 5.3.1 日本沼虾TNF（MnTNF）的扩增与序列分析 | 第56-58页 |
| 5.3.2 日本沼虾MnTNF的生物信息学分析 | 第58页 |
| 5.3.3 日本沼虾MnTNF的系统进化分析 | 第58-60页 |
| 5.3.4 MnTNF的组织表达量分析 | 第60页 |
| 5.3.5 细菌刺激后MnTNF在血细胞的表达量分析 | 第60-61页 |
| 5.4 讨论 | 第61-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 读研期间发表的论文 | 第71页 |
