基于本体与基因网络的致病基因预测研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-13页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-11页 |
| 1.3 本文主要研究内容及组织结构 | 第11-13页 |
| 1.3.1 主要研究内容 | 第11-12页 |
| 1.3.2 本文组织结构 | 第12-13页 |
| 第2章 致病基因预测方法概述 | 第13-19页 |
| 2.1 致病基因预测的主要流程 | 第13-14页 |
| 2.2 致病基因预测的主要方法 | 第14-18页 |
| 2.2.1 基于分子和网络特征分类的方法 | 第14-15页 |
| 2.2.2 基于网络节点相似度排序的方法 | 第15-18页 |
| 2.3 本章小结 | 第18-19页 |
| 第3章 本体基因数据整合和网络构建 | 第19-34页 |
| 3.1 引言 | 第19-20页 |
| 3.2 生物医学本体数据整合 | 第20-28页 |
| 3.2.1 本体论概述 | 第20-21页 |
| 3.2.2 生物医学本体格式和关系抽取 | 第21-25页 |
| 3.2.3 本体注释 | 第25-26页 |
| 3.2.4 疾病表型与基因关系数据 | 第26-28页 |
| 3.2.5 基因与基因关系数据 | 第28页 |
| 3.3 本体与基因网络构建 | 第28-33页 |
| 3.3.1 统一标识映射 | 第28-30页 |
| 3.3.2 证据整合和网络构建 | 第30-33页 |
| 3.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 基于有监督随机游走的致病基因预测 | 第34-46页 |
| 4.1 引言 | 第34页 |
| 4.2 随机游走模型概述 | 第34-35页 |
| 4.3 有返回的随机游走 | 第35-36页 |
| 4.4 有监督随机游走 | 第36-39页 |
| 4.5 拉普拉斯正规化的有监督随机游走 | 第39-43页 |
| 4.5.1 基本原理 | 第39-41页 |
| 4.5.2 算法实现 | 第41-43页 |
| 4.6 加权有监督随机游走的致病基因预测 | 第43-45页 |
| 4.7 本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 实验结果与分析 | 第46-55页 |
| 5.1 改进的有监督随机游走有效性验证 | 第46-48页 |
| 5.2 实验环境与实验数据 | 第48-49页 |
| 5.3 实验结果验证方法和正负例生成 | 第49-50页 |
| 5.4 实验结果 | 第50-54页 |
| 5.4.1 重启概率的选择 | 第50-52页 |
| 5.4.2 实验结果对比 | 第52-54页 |
| 5.5 本章小结 | 第54-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
