| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第18-27页 |
| 1.1 引言 | 第18-19页 |
| 1.2 研究的目的和意义 | 第19-21页 |
| 1.2.1 林木群体遗传结构和适应性的阐明将有助于开展种质资源评估和保护以及育种工作 | 第19-20页 |
| 1.2.2 巨桉和细叶桉枝瘿姬小蜂抗性相关功能基因的鉴定，将为分子育种提供可靠标记 | 第20-21页 |
| 1.3 项目来源和经费支持 | 第21页 |
| 1.4 国内外研究现状及发展趋势 | 第21-24页 |
| 1.4.1 林木群体结构和环境适应性相关分子标记 | 第21-23页 |
| 1.4.2 林木重要经济性状的关联分析 | 第23-24页 |
| 1.4.3 林木功能基因 | 第24页 |
| 1.5 研究目标和研究的主要内容 | 第24-27页 |
| 1.5.1 研究目标 | 第24-25页 |
| 1.5.2 研究的主要内容 | 第25-26页 |
| 1.5.3 研究技术路线 | 第26-27页 |
| 第二章 巨桉和细叶桉遗传多样性和受选择位点 | 第27-50页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-35页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第28-32页 |
| 2.1.2 DNA提取和SSR标记分型 | 第32-33页 |
| 2.1.3 标记多态性、群体多样性和群体结构 | 第33-34页 |
| 2.1.4 气候数据和群体分组 | 第34-35页 |
| 2.2 结果与分析 | 第35-46页 |
| 2.2.1 位点、群体多样性和群体结构 | 第35-42页 |
| 2.2.2 受选择的SSR位点 | 第42-46页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第46-50页 |
| 2.3.1 巨桉和细叶桉遗传多样性高、群体结构弱 | 第46-47页 |
| 2.3.1.1 巨桉遗传多样性高、群体结构弱 | 第46页 |
| 2.3.1.2 细叶桉遗传多样性高、群体结构弱 | 第46-47页 |
| 2.3.2 与气候因子显著相关的位点 | 第47-48页 |
| 2.3.3 对多年生林木适应基因组学的启示 | 第48-50页 |
| 第三章 巨桉枝瘿姬小蜂抗性相关的SSR标记及其在细叶桉中的验证 | 第50-62页 |
| 3.1 材料方法 | 第51-54页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第51页 |
| 3.1.2 表型观测 | 第51-52页 |
| 3.1.3 DNA提取和标记分型 | 第52页 |
| 3.1.4 数据分析 | 第52-54页 |
| 3.2 结果与分析 | 第54-59页 |
| 3.2.1 表型数据 | 第54页 |
| 3.2.2 群体结构 | 第54-55页 |
| 3.2.3 关联分析 | 第55-56页 |
| 3.2.4 位点和等位片段的表型效应 | 第56-59页 |
| 3.3 结论与讨论 | 第59-62页 |
| 3.3.1 连锁不平衡水平与关联分析策略 | 第59页 |
| 3.3.2 与枝瘿姬小蜂抗性显著关联的位点 | 第59-62页 |
| 第四章 巨桉枝瘿姬小蜂抗性转录组分析 | 第62-84页 |
| 4.1 材料方法 | 第63-65页 |
| 4.1.1 采样 | 第63-64页 |
| 4.1.2 RNA提取质量检测、文库构建及测序 | 第64页 |
| 4.1.3 测序数据处理与评估 | 第64-65页 |
| 4.2 结果与分析 | 第65-79页 |
| 4.2.1 RNA提取质量分析 | 第65-66页 |
| 4.2.2 测序reads评估 | 第66-67页 |
| 4.2.3 RNA-seq整体质量评估 | 第67-69页 |
| 4.2.4 差异表达分析 | 第69-73页 |
| 4.2.5 差异基因富集分析 | 第73-79页 |
| 4.3 结论与讨论 | 第79-84页 |
| 4.3.1 呼吸作用相关基因 | 第79页 |
| 4.3.2 植物激素介导的防御相关基因 | 第79-81页 |
| 4.3.3 植物虫害互作相关基因 | 第81-84页 |
| 第五章 巨桉枝瘿姬小蜂抗性候选基因关联分析 | 第84-95页 |
| 5.1 材料与方法 | 第85-87页 |
| 5.1.1 材料 | 第85页 |
| 5.1.2 DNA提取和测序分型 | 第85-86页 |
| 5.1.3 数据统计分析 | 第86-87页 |
| 5.2 结果与分析 | 第87-93页 |
| 5.2.1 引物筛选 | 第87页 |
| 5.2.2 SNP、Indel位点的发现与多态性 | 第87-90页 |
| 5.2.3 连锁不平衡分析 | 第90-91页 |
| 5.2.4 SNP、Indel的关联分析 | 第91-93页 |
| 5.3 结论与讨论 | 第93-95页 |
| 5.3.1 林木的连锁不平衡水平 | 第93-94页 |
| 5.3.2 利用关联分析确定候选基因功能性等位变异 | 第94-95页 |
| 第六章 巨桉和细叶桉优良适应性和枝瘿姬小蜂抗性的辅助选择 | 第95-101页 |
| 6.1 材料与方法 | 第97页 |
| 6.1.1 材料 | 第97页 |
| 6.1.2 表型数据的调查和基因型数据获取 | 第97页 |
| 6.1.3 建立巨桉和细叶桉分子标记辅助选择技术 | 第97页 |
| 6.2 结果与讨论 | 第97-101页 |
| 6.2.1 巨桉优势位点基因型筛选 | 第97-98页 |
| 6.2.2 细叶桉优势位点基因型筛选 | 第98页 |
| 6.2.3 建立巨桉和细叶桉基因标记辅助育种技术 | 第98-101页 |
| 第七章 结论与展望 | 第101-105页 |
| 7.1 结论 | 第101-103页 |
| 7.2 研究创新和应用潜力 | 第103页 |
| 7.2.1 研究创新 | 第103页 |
| 7.2.2 应用潜力 | 第103页 |
| 7.3 展望 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-124页 |
| 附录 | 第124-141页 |
| 在读期间的学术研究 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
