| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-13页 |
| 第二章 与疾病相关的人类突变蛋白质序列的收集 | 第13-35页 |
| ·引言 | 第13-16页 |
| ·材料和方法 | 第16-17页 |
| ·IHP 的数据来源 | 第16页 |
| ·人类基因突变信息的来源 | 第16-17页 |
| ·开发环境 | 第17页 |
| ·结果 | 第17-33页 |
| ·生成IHP、IMS 和dIMS 的自动化的管道式程序（Pipeline） | 第17-18页 |
| ·IHP 的收集 | 第18-20页 |
| ·IHP 的更新(Release 2009) | 第20-21页 |
| ·IHP 的来源分布 | 第21-25页 |
| ·IMS 的生成 | 第25-29页 |
| ·来自PMD 的人类突变蛋白质序列及疾病信息的收集 | 第25页 |
| ·来自OMIM 的与疾病相关的人类突变蛋白质序列的生成 | 第25-28页 |
| ·来自SwissProt 和MSIPI 的人类突变蛋白质序列的收集 | 第28-29页 |
| ·IMS 的去冗余 | 第29页 |
| ·从IMS 中提取dIMS | 第29-30页 |
| ·按疾病信息对dIMS 进行分类 | 第30-32页 |
| ·dIMS 的更新 | 第32-33页 |
| ·讨论 | 第33-35页 |
| ·处理文本格式数据库的问题 | 第33页 |
| ·IHP——一个标准化的非冗余候选人类蛋白质序列库 | 第33-34页 |
| ·数据库的维护 | 第34页 |
| ·未来展望 | 第34-35页 |
| 第三章 dIMS 的应用——从质谱中鉴定与疾病相关的人类突变蛋白质平台的构建 | 第35-58页 |
| ·引言 | 第35-37页 |
| ·材料和方法 | 第37-38页 |
| ·IHP 和IMS | 第37页 |
| ·X!Tandem | 第37页 |
| ·BLAST | 第37-38页 |
| ·开发环境 | 第38页 |
| ·SNU 基因组浏览器 | 第38页 |
| ·结果 | 第38-57页 |
| ·系统架构 | 第38-42页 |
| ·SysPIMP 的数据集浏览器 | 第42-55页 |
| ·OMIM 浏览器 | 第42-43页 |
| ·PMD 浏览器 | 第43-45页 |
| ·SwissPro/MSIPI 浏览器 | 第45-47页 |
| ·人类基因组浏览器 | 第47-51页 |
| ·IHP 浏览器 | 第51-53页 |
| ·IMS 浏览器 | 第53-55页 |
| ·用于从质谱中鉴定dIMS 的X!Tandem 的网络界面 | 第55-57页 |
| ·讨论 | 第57-58页 |
| ·SysPIMP——一个候选的蛋白质水平的人类遗传类疾病研究辅助支持系统 | 第57页 |
| ·展望 | 第57-58页 |
| 第四章 dIMS 的综合分析 | 第58-82页 |
| ·引言 | 第58-59页 |
| ·材料和方法 | 第59-60页 |
| ·人类的蛋白质序列 | 第59页 |
| ·人类的dIMS | 第59页 |
| ·功能域的预测 | 第59-60页 |
| ·蛋白质三维结构的显示 | 第60页 |
| ·用R package 进行K-means 分析 | 第60页 |
| ·结果 | 第60-80页 |
| ·dIMS 的分类 | 第60-64页 |
| ·氨基酸残基的突变模式分析 | 第64-70页 |
| ·位于功能域内的与疾病相关的点突变的特点分析 | 第70-74页 |
| ·含有点突变的功能域的分类 | 第74-75页 |
| ·Cluster 4 中的功能域的分析 | 第75-80页 |
| ·讨论 | 第80-82页 |
| ·可用于下一步研究的来自PDB 的蛋白质三维结构信息资源 | 第80-81页 |
| ·dIMS 的下一步研究方向 | 第81-82页 |
| 第五章 整合的以蛋白质为中心的相互作用数据库的构建 | 第82-113页 |
| ·引言 | 第82-84页 |
| ·材料和方法 | 第84-87页 |
| ·开发坏境 | 第84-85页 |
| ·IPID 的序列库 | 第85-86页 |
| ·IPID 的Domain 来源 | 第86页 |
| ·IPID 的Chemical 来源 | 第86-87页 |
| ·IPID 的与蛋白质相关的相互作用数据来源 | 第87页 |
| ·用于绘制相互作用网络图的组件 | 第87页 |
| ·X!Tandem | 第87页 |
| ·BLAST | 第87页 |
| ·结果 | 第87-110页 |
| ·三种基本相互作用元件的定义 | 第88-90页 |
| ·IPID 的系统架构 | 第90-92页 |
| ·数据仓库层 | 第92-102页 |
| ·25 个与蛋白质相关的相互作用数据库的整合——Map 相互作用元件的Accession 编号或名称到它们的原始数据来源 | 第92-96页 |
| ·IPID 中相互作用数据的去冗余 | 第96-99页 |
| ·14 个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的比较 | 第99-102页 |
| ·网络界面层 | 第102-108页 |
| ·Accession 搜索 | 第102-103页 |
| ·InterX!Tandem——连接蛋白质组学与相互作用组学研究的桥梁 | 第103-105页 |
| ·案例分析——在人类血清质谱中所鉴定的蛋白质组的相互作用网络 | 第105-108页 |
| ·Favorite 层 | 第108-110页 |
| ·Favorite —— 含有 27 个与蛋白质相关的相互作用分析工具的个性化虚拟空间 | 第108-110页 |
| ·讨论 | 第110-113页 |
| ·IPID 中蛋白质序列的维护 | 第111页 |
| ·IPID 的可扩展性 | 第111-112页 |
| ·未来展望 | 第112-113页 |
| 第六章 与dIMS 相关的人类正常蛋白质相互作用网络初步分析 | 第113-130页 |
| ·引言 | 第113页 |
| ·材料和方法 | 第113-115页 |
| ·IHP 和IMS | 第114页 |
| ·来自IPID 的人类的与蛋白质相关的相互作用数据 | 第114页 |
| ·7 个IPID 中的相互作用分析工具 | 第114页 |
| ·相互作用网络图的绘制工具 | 第114-115页 |
| ·结果 | 第115-129页 |
| ·人类的非冗余的与蛋白质相关的相互作用数据分析 | 第115-117页 |
| ·与dIMS 相关的人类蛋白质的相互作用图谱分析 | 第117-125页 |
| ·22 个与疾病相关的以蛋白质为中心的相互作用网络的初步分析 | 第125-129页 |
| ·讨论 | 第129-130页 |
| ·对于22 类dIMS 相关的蛋白质相互作用网络的下一步研究方向 | 第129页 |
| ·未来展望 | 第129-130页 |
| 第七章 总结与下一步研究方向 | 第130-133页 |
| ·总结 | 第130-132页 |
| ·下一步研究方向 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-150页 |
| 致谢 | 第150-151页 |
| 学术论文和科研成果 | 第151-153页 |
