| 摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-6页 |
| 第一章 水稻籼稻 10,096 条全长 cDNA 序列分析显示籼、粳稻在表达水平上有异同 | 第6-35页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 一 材料与方法 | 第11-16页 |
| ·水稻材料 | 第11-12页 |
| ·构建全长cDNA文库方法 | 第12页 |
| ·cDNA 的测序战略 | 第12-13页 |
| ·水稻cDNA文库质量的评估 | 第13-14页 |
| ·定量RT-PCR | 第14页 |
| ·基因组DNA的PCR扩增 | 第14页 |
| ·Southern-blot 杂交验证 | 第14页 |
| ·全长cDNA序列的比较分析 | 第14-16页 |
| 二 结果与讨论 | 第16-30页 |
| ·结果 | 第16-28页 |
| ·水稻籼稻广陆矮4号全长cDNA的克隆与测序 | 第16-17页 |
| ·未均一化处理的cDNA 文库测序总量的有效控制 | 第17-18页 |
| ·籼稻 ESTs 及cDNAs 与粳稻cDNAs 及基因组序列的同源比较分析 | 第18-20页 |
| ·籼稻与粳稻cDNAs序列GC含量统计分析 | 第20-21页 |
| ·籼稻与粳稻同源基因对的比较分析 | 第21-23页 |
| ·选择性剪切和天然反义RNA的鉴定 | 第23-24页 |
| ·籼稻广陆矮4 号与粳稻日本晴第四号染色体已测序基因组序列共线性区域的比较 | 第24-25页 |
| ·籼稻新cDNA的定量RT-PCR验证 | 第25-28页 |
| ·讨论 | 第28-30页 |
| 参考文献 | 第30-35页 |
| 第二章 水稻普通野生稻W1943的1,888条全长cDNA序列分析显示与栽培稻粳稻的同源度要高于与籼稻的同源度 | 第35-58页 |
| 摘要 | 第35-36页 |
| Abstract | 第36-37页 |
| 引言 | 第37-38页 |
| 一 材料与方法 | 第38-41页 |
| ·水稻材料和cDNA文库构建 | 第38页 |
| ·cDNA 测序与组装 | 第38-39页 |
| ·全长cDNA序列的比较分析 | 第39-41页 |
| 二 结果与讨论 | 第41-53页 |
| ·普通野生稻W1943全长cDNA序列的基本描述 | 第41页 |
| ·普通野生稻W1943cDNA 序列与栽培稻基因组序列的同源比较分析 | 第41-46页 |
| ·普通野生稻W1943 cDNA 序列与栽培稻表达序列的同源比较分析 | 第46-48页 |
| ·普通野生稻W1943潜在miRNAs的鉴定 | 第48-49页 |
| ·普通野生稻W1943 cDNA 在水稻各组织基因表达量的比较分析 | 第49-51页 |
| ·总结 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 第三章 RICD：水稻籼稻cDNA 数据库的构建 | 第58-70页 |
| 摘要 | 第58-59页 |
| Abstract | 第59-60页 |
| 引言 | 第60-61页 |
| 一 数据库构建和相关目录 | 第61-63页 |
| ·数据库构建 | 第61页 |
| ·cDNA 克隆资源的获得 | 第61页 |
| ·cDNA 序列的分析 | 第61-63页 |
| 二 数据库的应用 | 第63-67页 |
| ·BLAST同源比对搜索 | 第63页 |
| ·关键词搜索 | 第63-64页 |
| ·根据染色体定位搜索 | 第64页 |
| ·蛋白功能搜索 | 第64-65页 |
| ·cDNA结果显示 | 第65-66页 |
| ·总结 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-70页 |
| 第四章 植物与动物trihelix 转录因子基因家族的比较研究 | 第70-104页 |
| 摘要 | 第70-71页 |
| Abstract | 第71-72页 |
| 引言 | 第72-74页 |
| 一 方法 | 第74-77页 |
| ·鉴定动物和植物中所有潜在trihelix 转录因子 | 第74页 |
| ·构建系统发生树 | 第74-75页 |
| ·水稻和拟南芥trihelix 转录因子基因的染色体定位 | 第75页 |
| ·水稻trihelix转录因子共有基序的鉴定 | 第75页 |
| ·水稻trihelix 基因表达量的评估 | 第75-76页 |
| ·定量RT-PCR验证水稻trihelix基因的表达 | 第76-77页 |
| 二 结果 | 第77-96页 |
| ·动植物中所有潜在的转录因子trihelix 的分析 | 第77-82页 |
| ·水稻trihelix蛋白家族的系统发生分析 | 第82-85页 |
| ·水稻4 个trihelix亚类的特征分析 | 第85-89页 |
| ·水稻trihelix基因在水稻基因组的定位 | 第89-90页 |
| ·所有潜在trihelix功能域的系统发生分析 | 第90-96页 |
| 三 讨论 | 第96-99页 |
| ·水稻和拟南芥trihelix蛋白分类和二级结构的保守性 | 第96页 |
| ·水稻trihelix 基因的存在组织特异性表达差异 | 第96-97页 |
| ·转录因子trihelix可能非植物所特有 | 第97-98页 |
| ·结论 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及会议摘要 | 第105-108页 |
