| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-13页 |
| 1 绪论 | 第13-20页 |
| ·茄科植物的重要地位 | 第13页 |
| ·茄科植物的比较基因组学研究 | 第13-15页 |
| ·茄科植物分类地位及表型多样性 | 第14页 |
| ·茄科植物基因组水平的保守性 | 第14-15页 |
| ·国际番茄测序项目（SOL） | 第15-16页 |
| ·番茄测序计划的发起及目的 | 第15-16页 |
| ·番茄测序计划的进展 | 第16页 |
| ·马铃薯测序项目综述 | 第16-18页 |
| ·马铃薯的基因组测序项目的发起及目的 | 第16-17页 |
| ·马铃薯测序项目的进展 | 第17-18页 |
| ·比较基因组学在两个项目中的作用 | 第18页 |
| ·番茄和马铃薯基因组结构有着高度的共线性 | 第18页 |
| ·番茄和马铃薯染色体XI 的比较测序和比较基因组学 | 第18页 |
| ·R 基因丰富区域的比较 | 第18-20页 |
| 2 中国番茄和马铃薯基因组测序 | 第20-33页 |
| ·前言 | 第20页 |
| ·材料和方法 | 第20-22页 |
| ·番茄和马铃薯基因组测序可利用资源 | 第20-21页 |
| ·番茄和马铃薯基因组测序策略 | 第21页 |
| ·鸟枪法测序流程 | 第21-22页 |
| ·结果和分析 | 第22-31页 |
| ·马铃薯基因组染色体X、XI 测序过程 | 第22-26页 |
| ·马铃薯种子BAC 的挑选 | 第22页 |
| ·马铃薯种子BAC 的测序及分析 | 第22页 |
| ·马铃薯种子BAC 序列的基本特性 | 第22-25页 |
| ·马铃薯种子BAC 预测基因的注释分析 | 第25-26页 |
| ·马铃薯种子BAC 的电子定位 | 第26页 |
| ·马铃薯种子BAC 的延伸 | 第26-30页 |
| ·延伸候选克隆的挑选 | 第26-27页 |
| ·延伸候选克隆的验证 | 第27-30页 |
| ·中国马铃薯基因组计划的进展 | 第30页 |
| ·番茄染色体XI 的测序 | 第30-31页 |
| ·番茄种子BAC 的挑选及测序 | 第30页 |
| ·中国番茄基因组计划的进展 | 第30-31页 |
| ·讨论 | 第31-33页 |
| 3 比较测序的优点及番茄和马铃薯染色体XI 比较基因组学分析 | 第33-42页 |
| ·前言 | 第33页 |
| ·材料和方法 | 第33-34页 |
| ·BAC文库，BES数据库及物理图 | 第33-34页 |
| ·番茄和马铃薯比较测序的方法 | 第34页 |
| ·番茄和马铃薯同源BAC的比较基因组学分析 | 第34页 |
| ·结果与分析 | 第34-41页 |
| ·比较测序改善物理图谱 | 第34-36页 |
| ·比较测序推动BAC 序列的组装 | 第36-37页 |
| ·比较测序促进新种子BAC的的挑选 | 第37页 |
| ·种子BAC 的FISH验证 | 第37-39页 |
| ·番茄和马铃薯同源BAC 的序列相似性分析 | 第39-41页 |
| ·番茄和马铃薯所测同源BAC | 第39-40页 |
| ·番茄和马铃薯同源BAC 序列基本属性比较 | 第40-41页 |
| ·番茄和马铃薯同源BAC 序列相似性分布 | 第41页 |
| ·讨论 | 第41-42页 |
| 4 马铃薯染色体XI 上MLB 抗病位点分析 | 第42-49页 |
| ·前言 | 第42-44页 |
| ·材料与方法 | 第44页 |
| ·BAC 文库及物理图(参见第二章相关内容,略) | 第44页 |
| ·基因组DNA测序和组装(参见第二章相关内容,略) | 第44页 |
| ·序列分析 | 第44页 |
| ·结果与分析 | 第44-48页 |
| ·MLB位点物理图和BAC测序 | 第44-45页 |
| ·序列比对 | 第45-46页 |
| ·序列注释 | 第46-48页 |
| ·讨论 | 第48-49页 |
| 5 全文结论 | 第49-50页 |
| 6 参考文献 | 第50-54页 |
| 7 附录1 鸟枪法测序建库方法 | 第54-61页 |
| 8 附录2 本文所涉及载体 | 第61-62页 |
| 9 致谢 | 第62-64页 |
| 10 作者简历 | 第64页 |
