| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| ·引言 | 第16-17页 |
| ·研究背景 | 第17-25页 |
| ·非编码RNA的识别 | 第17-19页 |
| ·RNA二级结构预测 | 第19-23页 |
| ·非编码RNA的功能研究 | 第23-25页 |
| ·论文的主要工作与创新 | 第25-28页 |
| ·论文的结构 | 第28-30页 |
| 第二章 RNA二级结构预测基础 | 第30-45页 |
| ·RNA二级结构预测的相关概念 | 第30-33页 |
| ·隐马氏模型 | 第33-38页 |
| ·上下文无关随机文法 | 第38-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 第三章 位置矩阵和位置向量 | 第45-62页 |
| ·位置矩阵 | 第45-56页 |
| ·单个RNA序列的位置矩阵 | 第45-51页 |
| ·RNA多序列比对的位置矩阵 | 第51-56页 |
| ·位置向量 | 第56-60页 |
| ·单个RNA序列的位置向量 | 第56-58页 |
| ·RNA多序列比对的位置向量 | 第58-60页 |
| ·小结 | 第60-62页 |
| 第四章 基于多序列比对的RNA二级结构检测与评估方法 | 第62-78页 |
| ·基于多序列比对的RNA二级结构检测与评估 | 第62-68页 |
| ·基于比较序列分析的RNA二级结构检测 | 第62-64页 |
| ·基于信噪比度量的RNA二级结构评估 | 第64-68页 |
| ·数值实验与性能分析 | 第68-75页 |
| ·测试数据集和测试方法 | 第68-71页 |
| ·测试结果 | 第71-74页 |
| ·性能分析 | 第74-75页 |
| ·小结 | 第75-78页 |
| 第五章 基于位置矩阵和位置向量的RNA二级结构预测方法 | 第78-124页 |
| ·基于"种子-扩展"的启发式RNA二级结构预测方法 | 第79-95页 |
| ·基于RNA多序列比对的启发式二级结构预测算法 | 第79-85页 |
| ·基于未比对的同源RNA序列集合的启发式二级结构预测算法 | 第85-95页 |
| ·基于保守stem检测和评估的混合式RNA二级结构预测方法 | 第95-108页 |
| ·基于RNA多序列比对的混合式二级结构预测算法 | 第95-102页 |
| ·基于未比对的同源RNA序列集合的混合式二级结构预测算法 | 第102-108页 |
| ·基于保守stem检测和评估的RNA多序列结构比对构建方法 | 第108-120页 |
| ·RNA序列的结构比对问题 | 第108-110页 |
| ·基于保守stem检测和评估的RNA多序列结构比对构建算法 | 第110-120页 |
| ·小结 | 第120-124页 |
| 第六章 基于上下文无关随机文法和系统进化分析的RNA二级结构预测方法 | 第124-137页 |
| ·RNA二级结构的Profile SCFG模型 | 第125-128页 |
| ·RNA序列中非结构区域的系统进化模型 | 第128-130页 |
| ·RNA序列中结构区域的系统进化模型 | 第130-131页 |
| ·基于Profile SCFG和系统进化分析的RNA二级结构预测方法 | 第131-135页 |
| ·方法描述 | 第131-133页 |
| ·数值实验与性能分析 | 第133-135页 |
| ·小结 | 第135-137页 |
| 第七章 结束语 | 第137-139页 |
| 致谢 | 第139-141页 |
| 参考文献 | 第141-149页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第149-151页 |
| 作者在学期间参研的项目 | 第151页 |
