| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-20页 |
| ·计算生物学概述 | 第8-10页 |
| ·生物数据库简介及本文实验数据集 | 第10-18页 |
| ·生物数据库简介 | 第10-12页 |
| ·本文实验数据集简介 | 第12-18页 |
| ·本文主要工作介绍 | 第18-20页 |
| 2 生物序列的特征分析及相对特征分析 | 第20-38页 |
| ·生物序列的特征分析 | 第21页 |
| ·生物序列的相对特征分析 | 第21-26页 |
| ·比对模型 | 第23-24页 |
| ·基于信息压缩的比较模型 | 第24-26页 |
| ·公共子串模型 | 第26-38页 |
| ·基于公共子串模型的序列间的局部距离 | 第27-30页 |
| ·序列间的局部分析及累积局部距离 | 第30-32页 |
| ·与比对模型的比较 | 第32-34页 |
| ·HIV-1子型的判别分析 | 第34-38页 |
| 3 Burrows-Wheeler方法 | 第38-67页 |
| ·Burrows-Wheeler变换及扩展Burrows-Wheeler变换 | 第38-47页 |
| ·Burrows-Wheeler变换 | 第38-39页 |
| ·扩展Burrows-Wheeler变换 | 第39-41页 |
| ·基于扩展Burrows-Wheeler变换下的距离 | 第41-47页 |
| ·基因及基因组序列的比较及进化分析 | 第47-50页 |
| ·蛋白质一级序列的比较及进化分析 | 第50-57页 |
| ·蛋白质TOPS结构比较 | 第57-61页 |
| ·蛋白质序列的表示 | 第61-67页 |
| 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-79页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 作者简介 | 第81-82页 |