| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 线粒体基因组的进化 | 第9-12页 |
| ·线粒体的起源 | 第9页 |
| ·脊椎动物的线粒体基因组 | 第9-10页 |
| ·线粒体和细胞核之间的基因组交流 | 第10-12页 |
| ·线粒体基因向细胞核的转移 | 第11页 |
| ·细胞核基因向线粒体的转移 | 第11-12页 |
| 第二章 线粒体假基因研究进展 | 第12-24页 |
| ·Numts 的发现 | 第12-13页 |
| ·Numts 的形成 | 第13-14页 |
| ·Numts 的特征 | 第14-15页 |
| ·识别和避免numts 的方法 | 第15-18页 |
| ·Numts 的识别 | 第15-17页 |
| ·Numts 的避免 | 第17-18页 |
| ·选择合适的扩增组织 | 第17页 |
| ·通过反转录PCR（RT-PCR）方法避免Numts | 第17页 |
| ·设计特异性引物 | 第17页 |
| ·以长链PCR 产物为模板进行二次PCR | 第17-18页 |
| ·Numts 对于应用mtDNA 的影响 | 第18-20页 |
| ·对人类病理学方面的影响 | 第18-19页 |
| ·对鸟类线粒体基因组研究的影响 | 第19页 |
| ·对脊椎动物系统发育分析的影响 | 第19-20页 |
| ·Numts 的应用 | 第20-24页 |
| ·揭示核DNA 和线粒体 DNA 的突变模式 | 第20页 |
| ·作为遗传标记研究种间和种内变异 | 第20-21页 |
| ·研究核基因组和线粒体基因组之间的分子进化机制和进化速率 | 第21-22页 |
| ·研究物种系统发育学的一种新的方法 | 第22-24页 |
| 第三章 鸟类线粒体假基因 | 第24-28页 |
| ·背景介绍 | 第24页 |
| ·数据的获得 | 第24页 |
| ·结果 | 第24-27页 |
| ·讨论 | 第27-28页 |
| 第四章 脊椎动物的线粒体假基因 | 第28-36页 |
| ·背景介绍 | 第28页 |
| ·数据的获得 | 第28页 |
| ·分析方法 | 第28-29页 |
| ·结果 | 第29-34页 |
| ·线粒体假基因在脊椎动物中的分布 | 第29页 |
| ·线粒体基因向核中转移的频率 | 第29-31页 |
| ·Numts 侧翼序列片段的重复元件 | 第31-34页 |
| ·讨论 | 第34-36页 |
| ·Numts 在脊椎动物中的含量 | 第34-36页 |
| 第五章 全文总结 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-45页 |
| 附录 | 第45-60页 |
| 附录1：脊椎物种中存在的numts 序列 | 第45-60页 |
| 发表论文 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |