水稻基因组的进化选择模式研究
| 致谢 | 第1-8页 |
| 图一览表 | 第8-9页 |
| 表一览表 | 第9-10页 |
| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-36页 |
| ·水稻基因组 | 第16-17页 |
| ·基因组倍增 | 第17-24页 |
| ·全基因组倍增 | 第17-21页 |
| ·局部基因组倍增 | 第21-24页 |
| ·DNA序列水平上的进化 | 第24-31页 |
| ·中性理论 | 第24页 |
| ·同义替代和非同义替代 | 第24-25页 |
| ·碱基组成的进化机制 | 第25-28页 |
| ·非编码区的选择性限制 | 第28-31页 |
| ·非编码区序列miRNA | 第31-32页 |
| ·论文组织 | 第32-36页 |
| 第二章 水稻miRNA结合位点的进化模式 | 第36-96页 |
| ·前言 | 第36-37页 |
| ·材料和方法 | 第37-40页 |
| ·实验材料 | 第37页 |
| ·PCR和DNA测序 | 第37页 |
| ·基因组倍增基因的定义 | 第37-38页 |
| ·miRNA靶基因结合位点的预测 | 第38-39页 |
| ·序列替换、分化和系统进化分析 | 第39-40页 |
| ·结果与讨论 | 第40-50页 |
| ·全基因组倍增基因中miRNA靶基因的预测 | 第40-41页 |
| ·miRNA结合位点的序列替代率 | 第41-43页 |
| ·miRNA结合位点的核苷酸分歧度 | 第43-45页 |
| ·miRNA结合位点的捕获和丢失 | 第45-50页 |
| ·附件材料 | 第50-96页 |
| 第三章 水稻非编码DNA序列的进化模式 | 第96-110页 |
| ·前言 | 第96-98页 |
| ·材料和方法 | 第98-101页 |
| ·来自片段倍增基因的鉴定 | 第98页 |
| ·同源内含子的鉴定和联配 | 第98-99页 |
| ·分歧度的估算和选择性限制的计算 | 第99-101页 |
| ·结果与讨论 | 第101-108页 |
| ·内含子数据 | 第101页 |
| ·内含子长度 | 第101-102页 |
| ·内含子顺序和位置 | 第102-105页 |
| ·剪接位点 | 第105-106页 |
| ·G+C碱基组成含量 | 第106-108页 |
| ·替代模式 | 第108页 |
| ·结论 | 第108-110页 |
| 第四章 水稻编码区内G+C含量的进化动力 | 第110-125页 |
| ·前言 | 第110-111页 |
| ·材料和方法 | 第111-112页 |
| ·数据源 | 第111页 |
| ·同源基因的定义 | 第111-112页 |
| ·密码子的使用和统计分析 | 第112页 |
| ·结果 | 第112-120页 |
| ·结构差异 | 第112-114页 |
| ·密码子使用偏好 | 第114页 |
| ·密码子使用的选择动力 | 第114-118页 |
| ·基因表达水平 | 第118-120页 |
| ·讨论 | 第120-123页 |
| ·附件材料 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-136页 |
| 发表论文 | 第136页 |
