| 提要 | 第1-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-12页 |
| ·进程代数 | 第9页 |
| ·静态程序分析 | 第9-10页 |
| ·系统生物学 | 第10页 |
| ·系统生物学与可移动类进程代数 | 第10页 |
| ·本文主要工作和本文组织结构 | 第10-12页 |
| ·本文主要工作 | 第10-11页 |
| ·本文组织结构 | 第11-12页 |
| 第二章 可移动类进程代数 | 第12-30页 |
| ·引言 | 第12页 |
| ·π-演算 | 第12页 |
| ·Mobile Ambients演算 | 第12-16页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算 | 第16-17页 |
| ·Boxed Ambients演算 | 第17页 |
| ·BioAmbients演算 | 第17-23页 |
| ·本章总结 | 第23-30页 |
| 第三章 可移动类进程代数的抽象解释 | 第30-56页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·抽象解释 | 第30-32页 |
| ·基于环境和能力计数的Mobile Ambients演算的抽象解释 | 第32-45页 |
| ·Mobile Ambients演算的扩展 | 第32-33页 |
| ·抽象论域 | 第33-36页 |
| ·抽象函数 | 第36页 |
| ·抽象归约规则 | 第36-40页 |
| ·抽象解释 | 第40-42页 |
| ·抽象解释的正确性 | 第42-45页 |
| ·Boxed Ambients演算的抽象解释 | 第45-52页 |
| ·Boxed Ambients演算的扩展 | 第45页 |
| ·抽象论域 | 第45-49页 |
| ·抽象转换函数 | 第49-50页 |
| ·抽象归约规则 | 第50-51页 |
| ·基于抽象解释的Boxed Ambients演算的静态分析策略及其属性 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-56页 |
| 第四章 可移动类进程代数的控制流分析 | 第56-77页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·BioAmbients演算的控制流分析 | 第56-67页 |
| ·BioAmbients演算的扩展 | 第56页 |
| ·BioAmbients演算的抽象表示 | 第56-60页 |
| ·BioAmbients演算的控制流分析的定义 | 第60-61页 |
| ·BioAmbients演算的控制流分析的计算 | 第61-62页 |
| ·BioAmbients演算的控制流分析的属性 | 第62-67页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算的控制流分析 | 第67-76页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算的扩展 | 第67页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算的抽象表示 | 第67-69页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算的控制流分析的定义 | 第69-71页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算控制流分析的初始化 | 第71-73页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算控制流分析的最小不动点计算 | 第73页 |
| ·Mobile Safe Ambients演算的控制流分析的正确性 | 第73-74页 |
| ·分析实例 | 第74-76页 |
| ·本章小结 | 第76-77页 |
| 第五章 可移动类进程代数及其静态分析技术在系统生物学领域的应用 | 第77-101页 |
| ·引言 | 第77-78页 |
| ·Na~+-K~+ATP酶的BioAmbients演算模型及其分析 | 第78-94页 |
| ·Na~+-K~+ATP酶 | 第78-79页 |
| ·基于BioaAmbients演算的Na~+-K~+ATP酶的抽象表示 | 第79-80页 |
| ·Na~+-K~+ATP酶的BioaAmbients演算模型的归约 | 第80-83页 |
| ·基于控制流的Na~+-K~+ATP酶的BioaAmbients演算模型的静态分析 | 第83-94页 |
| ·基于π-演算的ABC转运器的表示 | 第94-100页 |
| ·ABC转运器 | 第95-96页 |
| ·ABC转运蛋白的π-演算模型 | 第96-99页 |
| ·细胞外液的模型 | 第96页 |
| ·底物捆绑蛋白模型 | 第96-97页 |
| ·核苷酸结合域模型 | 第97-98页 |
| ·ABC转运蛋白的构象模型 | 第98页 |
| ·细胞内液模型 | 第98-99页 |
| ·ABC转运系统的π—演算模型 | 第99页 |
| ·ABC转运蛋白的π-演算模型的验证 | 第99-100页 |
| ·本章小结 | 第100-101页 |
| 第六章 总结 | 第101-103页 |
| ·完成的工作 | 第101-102页 |
| ·不足之处及研究展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-112页 |
| 攻读博士学位期间已发表和已录用的学术论文 | 第112-113页 |
| 摘要 | 第113-115页 |
| Abstract | 第115-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
