| 内容提要 | 第1-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-10页 |
| ·研究背景 | 第7-8页 |
| ·国内外研究现状及研究意义 | 第8-9页 |
| ·本文主要内容和组织结构 | 第9-10页 |
| 第二章 预测共同的转录因子结合位点的数学模型及模型采用的算法 | 第10-22页 |
| ·建立基于序列概率的数学模型 | 第10-14页 |
| ·随机过程和马尔可夫链 | 第14-15页 |
| ·马尔可夫链－蒙特卡罗理论的基本思想 | 第15-18页 |
| ·蒙特卡罗方法 | 第15-16页 |
| ·马尔可夫链—蒙特卡罗理论 | 第16-18页 |
| ·Gibbs Sampling 算法 | 第18-22页 |
| ·算法概述 | 第18-19页 |
| ·算法步骤 | 第19-22页 |
| 第三章 结合位点预测工具包的总体架构 | 第22-31页 |
| ·结合位点预测工具包的重要功能 | 第22-23页 |
| ·结合位点预测工具包的体系结构 | 第23-25页 |
| ·结合位点预测工具包在 Linux 下的完整安装过程 | 第25-27页 |
| ·结合位点预测工具包的具体应用 | 第27-31页 |
| ·应用概述 | 第27页 |
| ·输入和输出参数 | 第27-28页 |
| ·工作流程 | 第28-31页 |
| 第四章 基于 Gibbs Sampling 的生命探索者软件的实现原理及算法 | 第31-36页 |
| ·基于 Gibbs Sampling 的生命探索者软件概述 | 第31页 |
| ·生命探索者软件的基本原理 | 第31-32页 |
| ·程序所实现的数学模型和算法 | 第32-36页 |
| ·对程序所实现的数学模型的说明 | 第32-33页 |
| ·给片断计分 | 第33-34页 |
| ·用两个计分阀值对新的队列进行采样 | 第34页 |
| ·寻找双块和回文模体 | 第34-35页 |
| ·采用模体计分分布衡量模体的优良性 | 第35-36页 |
| 第五章 基于 Gibbs Sampling 的生命探索者软件的实验结果与分析 | 第36-41页 |
| ·预测 RDS1 结合位点 | 第36-37页 |
| ·预测另一组数据集合：CRP 位点 | 第37-39页 |
| ·结果分析 | 第39-41页 |
| 第六章 总结与展望 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-46页 |
| 摘要 | 第46-48页 |
| ABSTRACT | 第48-51页 |
| 致谢 | 第51页 |
