| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| ·蛋白质组分离技术的发展 | 第11-12页 |
| ·双相凝胶电泳技术 | 第11-12页 |
| ·色谱分离技术 | 第12页 |
| ·蛋白质组学中质谱技术的发展 | 第12-16页 |
| ·离子源技术的发展 | 第13-15页 |
| ·质量分析器 | 第15-16页 |
| ·定量蛋白质组研究的发展 | 第16-21页 |
| ·双相电泳（2DE） | 第16-17页 |
| ·~(18)O 标记 | 第17-18页 |
| ·ICAT 标记技术 | 第18-19页 |
| ·iTRAQTM标记技术 | 第19-20页 |
| ·氨基酸同位素标记技术（AACT/SILAC） | 第20-21页 |
| ·肝癌的研究进展 | 第21-24页 |
| ·肝癌的起因、分类和治疗 | 第21-22页 |
| ·肿瘤蛋白质组学的研究结果 | 第22-23页 |
| ·复旦大学附属中山医院肝癌研究所建立的肝癌转移模型 | 第23-24页 |
| ·本论文的主要目的、内容和意义 | 第24-27页 |
| 第二章 标记肽假阳性的判断 | 第27-33页 |
| ·研究背景 | 第27-28页 |
| ·材料和方法 | 第28-29页 |
| ·质谱文件的来源 | 第28页 |
| ·同位素分布的理论模拟 | 第28页 |
| ·理论同位素分布同实际分布之间的比较 | 第28-29页 |
| ·结果和讨论 | 第29-32页 |
| ·假阳性阈值的确定 | 第29页 |
| ·标记肽假阳性的判断 | 第29-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 高转移肝癌细胞系MHCC97H的表达谱分析 | 第33-53页 |
| ·前言 | 第33-34页 |
| ·试验材料和方法 | 第34-36页 |
| ·试剂 | 第34页 |
| ·细胞培养和收集 | 第34页 |
| ·蛋白质样品的准备和胰酶酶解 | 第34页 |
| ·考染胶的胶内酶解 | 第34-35页 |
| ·LC 分离 | 第35页 |
| ·MALDI-TOF/TOF 分析 | 第35页 |
| ·生物信息学分析 | 第35-36页 |
| ·结果和讨论 | 第36-50页 |
| ·表达谱的pI 特性 | 第36-39页 |
| ·表达谱的分子量特性 | 第39-41页 |
| ·表达谱中蛋白质的染色体定位和转录水平分析 | 第41-43页 |
| ·表达谱的GO 分析 | 第43-45页 |
| ·表达谱中的蛋白质在肝中表达的情况 | 第45-46页 |
| ·表达谱的KEGG 通路分析 | 第46-48页 |
| ·表达谱的蛋白质家族分析 | 第48-50页 |
| ·表达谱的蛋白质相互作用分析 | 第50页 |
| ·本章小结 | 第50-53页 |
| 第四章 肝癌细胞系和癌旁组织细胞系的蛋白质组差异研究 | 第53-71页 |
| ·研究背景 | 第53页 |
| ·材料和方法 | 第53-55页 |
| ·实验试剂 | 第53-54页 |
| ·细胞培养 | 第54页 |
| ·蛋白质分离和酶解 | 第54页 |
| ·LC-nano-ESI-MS/MS 分析和数据库搜索 | 第54页 |
| ·Western blotting | 第54-55页 |
| ·免疫组化分析 | 第55页 |
| ·生物信息学分析 | 第55页 |
| ·结果和讨论 | 第55-70页 |
| ·利用AACT/SILAC 方法鉴定到的差异蛋白质 | 第55-59页 |
| ·Western blotting 结果验证定量结果的准确性 | 第59-60页 |
| ·临床样本的验证 | 第60页 |
| ·差异蛋白的GO 分析 | 第60-62页 |
| ·差异蛋白的KEGG 通路分析 | 第62-64页 |
| ·差异蛋白质的相互作用分析 | 第64-66页 |
| ·差异蛋白的功能分析 | 第66-70页 |
| ·本章小结 | 第70-71页 |
| 第五章 肝癌转移相关蛋白的鉴定和功能分析 | 第71-95页 |
| ·前言 | 第71-72页 |
| ·材料和方法 | 第72-73页 |
| ·细胞培养、蛋白提取和分离 | 第72页 |
| ·色谱分离和LC-MALDI 质谱鉴定 | 第72页 |
| ·Western blotting 验证 | 第72页 |
| ·差异蛋白的生物信息学分析 | 第72-73页 |
| ·结果和讨论 | 第73-93页 |
| ·蛋白质组定量结果和验证 | 第73-76页 |
| ·SDS-PAGE-LC-MALDI-SILAC 方法在定量蛋白质组研究中的可靠性和优势 | 第76-78页 |
| ·转移相关蛋白在一系列不同转移能力肝癌细胞系中差异表达的验证 | 第78-79页 |
| ·转移相关蛋白在临床样品中表达差异的验证 | 第79页 |
| ·差异蛋白的GO 分析 | 第79-82页 |
| ·差异蛋白质的KEGG 生物学通路和疾病状态分析 | 第82-85页 |
| ·蛋白质相互作用网络 | 第85-88页 |
| ·差异蛋白质的OMIM 分析 | 第88-89页 |
| ·差异蛋白质的功能注释 | 第89-93页 |
| ·和肝癌差异谱的比较 | 第93-94页 |
| ·本章小结 | 第94-95页 |
| 第六章 工作总结与展望 | 第95-99页 |
| ·工作总结 | 第95-96页 |
| ·工作展望 | 第96-99页 |
| 参考文献 | 第99-125页 |
| 附录1 MHCC97H和MHCC97L中鉴定到的差异蛋白 | 第125-133页 |
| 附录2 检索软件对定量的影响 | 第133-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 攻读博士期间发表和录用的论文 | 第142-144页 |
