| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1 SNPs分类 | 第13-14页 |
| 2 SNP标记开发 | 第14-15页 |
| 2.1 直接测序法开发SNP标记 | 第14页 |
| 2.2 全基因组范围内开发SNP标记 | 第14页 |
| 2.3 基于表达序列标签(ESTs)开发SNP标记 | 第14-15页 |
| 2.4 基于二代测序开发SNP标记 | 第15页 |
| 3 SNPs检测方法研究进展 | 第15-20页 |
| 3.1 基于凝胶电泳的检测方法 | 第16-18页 |
| 3.1.1 酶切扩增多态性序列法 | 第16-17页 |
| 3.1.2 衍生酶切扩增多态性序列法 | 第17页 |
| 3.1.3 单链构象多态性 | 第17-18页 |
| 3.2 高通量自动化程度较高的SNPs检测方法 | 第18-20页 |
| 3.2.1 变性高效液相色谱 | 第18页 |
| 3.2.2 基因芯片阵列检测 | 第18-19页 |
| 3.2.3 高分辨溶解曲线 | 第19-20页 |
| 4 SNP标记在植物遗传育种中的应用 | 第20-21页 |
| 5 本研究目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 基于萝卜转录组测序的SNPs鉴定及CAPS/dCAPS标记开发 | 第23-39页 |
| 1 材料与方法 | 第24-27页 |
| 1.1 试验材料 | 第24-25页 |
| 1.1.1 植物材料 | 第24-25页 |
| 1.1.2 所需试剂 | 第25页 |
| 1.2 试验方法 | 第25-27页 |
| 1.2.1 转录组序列中挖掘候选SNPs | 第25页 |
| 1.2.2 含SNPs序列GO注释及KEGG富集分析 | 第25页 |
| 1.2.3 SNP位点限制性内切酶识别位点分析 | 第25页 |
| 1.2.4 基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| 1.2.5 引物设计 | 第26页 |
| 1.2.6 PCR扩增 | 第26页 |
| 1.2.7 PCR产物酶切 | 第26-27页 |
| 1.2.8 部分PCR产物克隆测序 | 第27页 |
| 2 结果与分析 | 第27-36页 |
| 2.1 转录组序列中候选SNPs的挖掘 | 第27-28页 |
| 2.2 含SNPs序列GO功能注释及KEGG富集分析 | 第28-30页 |
| 2.3 SNPs处限制性内切酶识别位点分析 | 第30-32页 |
| 2.4 萝卜SNPs的CAPS标记转化 | 第32-33页 |
| 2.5 萝卜SNPs的dCAPS标记转化 | 第33-35页 |
| 2.6 PCR产物克隆验证 | 第35-36页 |
| 3 讨论 | 第36-39页 |
| 3.1 萝卜SNPs特性及转录组中含SNPs序列功能分析 | 第36-37页 |
| 3.2 SNPs处限制性内切酶识别位点分析 | 第37页 |
| 3.3 萝卜SNPs的CAPS标记转化 | 第37-38页 |
| 3.4 萝卜SNPs的dCAPS标记转化 | 第38-39页 |
| 第三章 基于CAPS/dCAPS标记的萝卜遗传多样性分析及种质鉴定 | 第39-51页 |
| 1 材料与方法 | 第39-41页 |
| 1.1 植物材料 | 第39-40页 |
| 1.2 试验方法 | 第40-41页 |
| 1.2.1 基因组DNA提取 | 第40页 |
| 1.2.2 PCR扩增及PCR产物酶切 | 第40-41页 |
| 1.2.3 利用CAPS /dCAPS标记分析萝卜种质遗传多样性 | 第41页 |
| 2 结果与分析 | 第41-49页 |
| 2.1 CAPS标记检测结果 | 第41-42页 |
| 2.2 dCAPS标记检测结果 | 第42-43页 |
| 2.3 CAPS/dCAPS标记基因分型结果统计 | 第43-47页 |
| 2.4 不同基因型萝卜品种的聚类分析 | 第47-48页 |
| 2.5 基于SNP标记品种鉴别图的绘制 | 第48-49页 |
| 3 论论 | 第49-51页 |
| 3.1 萝卜CAPS/dCAPS标记多态性分析 | 第49页 |
| 3.2 CAPS/dCAPS标记在萝卜种质鉴定中的应用 | 第49-51页 |
| 全文结论 | 第51-53页 |
| 本文创新之处 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-63页 |
| 攻读学位期间发表学术论文 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
