| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第1章 引言 | 第16-30页 |
| 1.1 生物信息学简介 | 第16-18页 |
| 1.2 蛋白质结构预测 | 第18-21页 |
| 1.3 计算机模拟概述 | 第21-23页 |
| 1.4 缺氧诱导因子简介 | 第23-26页 |
| 1.4.1 缺氧诱导因子HIF-2的结构特点 | 第23-24页 |
| 1.4.2 缺氧诱导因子HIF-2与人类疾病的关系 | 第24-25页 |
| 1.4.3 缺氧诱导因子HIF-2抑制剂的研究进展 | 第25-26页 |
| 1.5 蛋白裂解酶matriptase简介 | 第26-27页 |
| 1.6 研究目的和研究内容 | 第27-30页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第30-68页 |
| 2.1 分子力场 | 第30-43页 |
| 2.1.1 分子内相互作用 | 第30-32页 |
| 2.1.2 分子力场简述 | 第32-40页 |
| 2.1.3 常用力场介绍 | 第40-43页 |
| 2.2 分子力学 | 第43-47页 |
| 2.3 分子动力学 | 第47-61页 |
| 2.3.1 基本理论 | 第48-49页 |
| 2.3.2 积分算法 | 第49-53页 |
| 2.3.3 积分步长的选取 | 第53-54页 |
| 2.3.4 周期边界条件与长程静电力 | 第54-56页 |
| 2.3.5 平衡系统分子动力学模拟的系综 | 第56-57页 |
| 2.3.6 常规分子动力学计算流程 | 第57-58页 |
| 2.3.7 常规分子动力学模拟的预处理 | 第58-60页 |
| 2.3.8 自适应拉伸分子动力学模拟 | 第60-61页 |
| 2.3.8.1 平均力势的计算 | 第61页 |
| 2.4 分子对接 | 第61-63页 |
| 2.4.1 分子对接的基本原理 | 第62页 |
| 2.4.2 分子对接的常用方法 | 第62-63页 |
| 2.5 结合自由能计算 | 第63-68页 |
| 2.5.1 热力学积分法 | 第64-66页 |
| 2.5.2 MM-PB/GBSA方法 | 第66-68页 |
| 第3章 手性抑制剂与HIF-2作用机制的理论研究 | 第68-92页 |
| 3.1 引言 | 第68-70页 |
| 3.2 计算细节 | 第70-73页 |
| 3.2.1 初始模型构建 | 第70页 |
| 3.2.2 分子对接方法 | 第70-71页 |
| 3.2.3 常规分子动力学模拟 | 第71页 |
| 3.2.4 结合自由能计算 | 第71-72页 |
| 3.2.5 通道分析 | 第72-73页 |
| 3.2.6 自适应拉伸动力学模拟 | 第73页 |
| 3.3结果与讨论 | 第73-89页 |
| 3.3.1 复合物三维结构的构建与合理性分析 | 第73-74页 |
| 3.3.2 抑制剂的结合对蛋白结构稳定性的影响 | 第74-76页 |
| 3.3.3 结合自由能分析 | 第76-78页 |
| 3.3.4 弱相互作用分析 | 第78-85页 |
| 3.3.5 Fα螺旋的柔性影响抑制剂的进出通道 | 第85-87页 |
| 3.3.6 配体脱离蛋白的自适应伸动力学模拟及PMF计算 | 第87-89页 |
| 3.4 本章小结 | 第89-92页 |
| 第4章 抑制剂PT2399和0X3与HIF-2作用机制的理论研究 | 第92-118页 |
| 4.1 引言 | 第92-94页 |
| 4.2 计算细节 | 第94-99页 |
| 4.2.1 初始模型构建 | 第94-95页 |
| 4.2.2 分子对接方法 | 第95-96页 |
| 4.2.3 常规分子动力学模拟 | 第96页 |
| 4.2.4 结合自由能计算 | 第96-98页 |
| 4.2.5 界面接触数量分析 | 第98页 |
| 4.2.6 界面相关性网络分析 | 第98-99页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第99-116页 |
| 4.3.1 抑制剂结合模式分析 | 第99-101页 |
| 4.3.2 抑制剂结合对蛋白结构稳定性的影响 | 第101-102页 |
| 4.3.3 结合自由能分析 | 第102-103页 |
| 4.3.4 两种抑制剂对模型1的影响 | 第103-108页 |
| 4.3.5 两种抑制剂对模型2的影响 | 第108-112页 |
| 4.3.6 两种抑制剂对模型3的影响 | 第112-116页 |
| 4.4 本章小结 | 第116-118页 |
| 第5章 蛋白裂解酶与两类抑制剂作用机制的理论研究 | 第118-132页 |
| 5.1 引言 | 第118-119页 |
| 5.2 计算细节 | 第119-121页 |
| 5.2.1 初始模型构建 | 第119-120页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第120页 |
| 5.2.3 结合自由能计算 | 第120-121页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第121-130页 |
| 5.3.1 抑制剂结合对蛋白稳定性的影响 | 第121-123页 |
| 5.3.2 聚类分析 | 第123-125页 |
| 5.3.3 弱相互作用分析 | 第125-127页 |
| 5.3.4 结合自由能分析 | 第127-130页 |
| 5.4 本章小结 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-168页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第168-170页 |
| 致谢 | 第170页 |
