| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-36页 |
| 1.1 鱼类种群遗传学研究现状 | 第15-19页 |
| 1.1.1 种群与种群遗传结构 | 第15页 |
| 1.1.2 鱼类种群遗传结构的影响因素 | 第15-17页 |
| 1.1.3 种群遗传学的在渔业管理中的应用 | 第17-19页 |
| 1.2 分子标记概述和种群基因组学 | 第19-27页 |
| 1.2.1 分子标记的发展 | 第19-21页 |
| 1.2.2 种群基因组学及简化基因组测序技术 | 第21-22页 |
| 1.2.3 简化基因组测序（RAD-seq）的原理及技术流程 | 第22-23页 |
| 1.2.4 种群基因组学在海洋鱼类群体遗传学中的应用 | 第23-25页 |
| 1.2.5 海洋生物的本地适应性以及研究现状 | 第25-27页 |
| 1.3 小黄鱼的研究概述 | 第27-29页 |
| 1.3.1 小黄鱼生活史特征及种群现状 | 第27-28页 |
| 1.3.2 小黄鱼的群体遗传学研究进展 | 第28-29页 |
| 1.4 日本鳗鲡的研究概述 | 第29-32页 |
| 1.4.1 日本鳗鲡的生活史特征及种群现状 | 第29-30页 |
| 1.4.2 日本鳗鲡种群遗传学研究进展 | 第30-32页 |
| 1.5 本论文的研究目的、意义、技术路线和拟解决的科学问题 | 第32-36页 |
| 1.5.1 研究目的及意义 | 第32-33页 |
| 1.5.2 本研究的技术路线 | 第33-35页 |
| 1.5.3 拟解决的科学问题 | 第35-36页 |
| 第二章 小黄鱼微卫星位点的分离及多态性位点的筛选 | 第36-52页 |
| 2.1 前言 | 第36-37页 |
| 2.2 材料与方法 | 第37-46页 |
| 2.2.1 样品的采集 | 第37页 |
| 2.2.2 基因组DNA提取 | 第37-38页 |
| 2.2.3 小黄鱼微卫星位点的开发 | 第38-45页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第45-46页 |
| 2.3 研究结果 | 第46-51页 |
| 2.3.1 DNA酶切结果 | 第46页 |
| 2.3.2 接头连接结果 | 第46页 |
| 2.3.3 磁珠富集结果 | 第46-47页 |
| 2.3.4 克隆筛选 | 第47-48页 |
| 2.3.5 测序及引物筛选结果 | 第48页 |
| 2.3.6 多态性微卫星位点筛选结果 | 第48-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-52页 |
| 第三章 基于微卫星的小黄鱼群体时空遗传结构及本地适应性研究 | 第52-82页 |
| 3.1 前言 | 第52-54页 |
| 3.2 材料与方法 | 第54-59页 |
| 3.2.1 样品的采集及基因组DNA的提取 | 第54-57页 |
| 3.2.2 空间尺度群体遗传分析 | 第57-58页 |
| 3.2.3 时间尺度群体遗传分析 | 第58-59页 |
| 3.3 研究结果 | 第59-76页 |
| 3.3.1 群体遗传多样性 | 第59-60页 |
| 3.3.2 离散位点的筛选 | 第60-66页 |
| 3.3.3 群体遗传分化和群体遗传结构 | 第66-71页 |
| 3.3.4 群体瓶颈效应和地理距离隔离 | 第71-72页 |
| 3.3.5 小黄鱼时间尺度遗传分析结果 | 第72-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-82页 |
| 3.4.1 小黄鱼的空间尺度遗传多样性 | 第76-77页 |
| 3.4.2 小黄鱼时间尺度群体遗传分化 | 第77-78页 |
| 3.4.3 本地适应性位点的筛选和分析 | 第78-79页 |
| 3.4.4 海洋环境因子可能影响越冬迁移 | 第79-80页 |
| 3.4.5 对小黄鱼迁移路线的推断 | 第80-82页 |
| 第四章 基于简化基因组测序的日本鳗鲡群体遗传结构研究 | 第82-107页 |
| 4.1 前言 | 第82-84页 |
| 4.2 材料与方法 | 第84-89页 |
| 4.2.1 日本鳗鲡样品采集 | 第84-86页 |
| 4.2.2 基因组DNA提取 | 第86页 |
| 4.2.3 RAD文库构建及测序 | 第86页 |
| 4.2.4 RAD数据产出及质量控制 | 第86-87页 |
| 4.2.5 SNP检测及筛选 | 第87-88页 |
| 4.2.6 单双端数据产出比较 | 第88页 |
| 4.2.7 种群遗传学分析 | 第88-89页 |
| 4.3 实验结果 | 第89-101页 |
| 4.3.1 RAD测序及数据过滤 | 第89-96页 |
| 4.3.2 SNP的检测及筛选 | 第96页 |
| 4.3.3 单双端数据量产出对比 | 第96页 |
| 4.3.4 日本鳗鲡种群遗传学分析 | 第96-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-107页 |
| 4.4.1 日本鳗鲡SNP标记的筛选和开发 | 第101-103页 |
| 4.4.2 日本鳗鲡的群体间具有高基因流 | 第103-104页 |
| 4.4.3 高基因流下可能的隐存遗传结构 | 第104-107页 |
| 第五章 基于简化基因组测序的日本鳗鲡本地适应性研究 | 第107-131页 |
| 5.1 前言 | 第107-109页 |
| 5.2 材料与方法 | 第109-111页 |
| 5.2.1 离散位点的筛选 | 第109-111页 |
| 5.2.2 基因功能注释和通路富集分析 | 第111页 |
| 5.3 研究结果 | 第111-127页 |
| 5.3.1 离散位点的筛选结果 | 第111-113页 |
| 5.3.2 BLASTX和基因功能注释结果 | 第113-114页 |
| 5.3.3 KEGG通路分析结果 | 第114-127页 |
| 5.4 讨论 | 第127-131页 |
| 第六章 研究总结与展望 | 第131-134页 |
| 6.1 研究总结 | 第131-132页 |
| 6.2 主要创新点 | 第132-133页 |
| 6.3 展望 | 第133-134页 |
| 参考文献 | 第134-156页 |
| 致谢 | 第156-158页 |
| 作者简历及攻读学位期间撰写发表的学术论文与研究成果 | 第158-159页 |
