| 课题资助 | 第4-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-24页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第14-15页 |
| 1.2 文献综述 | 第15-24页 |
| 1.2.1 鸡的免疫器官介绍 | 第15页 |
| 1.2.2 鸡胸腺结构 | 第15-16页 |
| 1.2.3 鸡胸腺功能 | 第16页 |
| 1.2.4 胸腺微环境和T细胞发育 | 第16-17页 |
| 1.2.5 影响胸腺发育的因素 | 第17-21页 |
| 1.2.5.1 激素与胸腺发育 | 第18-19页 |
| 1.2.5.2 基因与胸腺发育 | 第19-21页 |
| 1.2.6 RNA-Seq技术简介 | 第21-23页 |
| 1.2.7 选题目的与意义 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-27页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第24页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第24-25页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.4 主要溶液和试剂的配制 | 第26-27页 |
| 2.1.5 主要生物信息学软件、数据库 | 第27页 |
| 2.2 试验方法 | 第27-36页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第27-28页 |
| 2.2.2 石蜡切片制作 | 第28页 |
| 2.2.3 苏木精-伊红(HE)染色 | 第28-29页 |
| 2.2.4 免疫组织化学染色 | 第29页 |
| 2.2.5 甲苯胺蓝染色 | 第29-30页 |
| 2.2.6 组织样总RNA抽提及质量检测 | 第30-31页 |
| 2.2.6.1 组织总RNA提取 | 第30-31页 |
| 2.2.6.2 RNA质量检测 | 第31页 |
| 2.2.7 文库构建及转录组测序 | 第31页 |
| 2.2.8 RNA测序数据处理与分析 | 第31-33页 |
| 2.2.8.1 数据过滤 | 第31-32页 |
| 2.2.8.2 数据比对 | 第32页 |
| 2.2.8.3 基因表达量分析 | 第32页 |
| 2.2.8.4 基于表达水平的分析 | 第32-33页 |
| 2.2.8.5 基因表达趋势分析 | 第33页 |
| 2.2.8.6 KEGG和GO富集分析 | 第33页 |
| 2.2.9 荧光定量PCR | 第33-35页 |
| 2.2.9.1 RNA逆转录合成cDNA第一条链 | 第33-34页 |
| 2.2.9.2 荧光定量PCR引物合成 | 第34-35页 |
| 2.2.9.3 荧光定量PCR分析 | 第35页 |
| 2.2.10 数据统计分析 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-52页 |
| 3.1 不同周龄鸡胸腺重量和胸腺指数变化规律 | 第36页 |
| 3.2 不同周龄鸡胸腺形态结构及皮髓面积比变化规律 | 第36-38页 |
| 3.3 不同周龄鸡胸腺中细胞增殖变化规律 | 第38页 |
| 3.4 不同周龄鸡胸腺基质细胞肥大细胞的变化规律 | 第38-39页 |
| 3.5 基于RNA-seq的mRNAs的表达和功能分析 | 第39-52页 |
| 3.5.1 RNA质检结果 | 第39-40页 |
| 3.5.2 RNA-seq碱基质量结果 | 第40-41页 |
| 3.5.3 RNA-seq数据比对结果 | 第41-42页 |
| 3.5.4 基因表达规律分析 | 第42-43页 |
| 3.5.5 样品间相关性分析 | 第43-46页 |
| 3.5.5.1 样品间相关性 | 第43-44页 |
| 3.5.5.2 主成分分析 | 第44-46页 |
| 3.5.6 基因表达变化规律模式 | 第46页 |
| 3.5.7 上调和下调基因富集分析 | 第46-50页 |
| 3.5.7.1 上调趋势(profile39)基因富集分析 | 第46-48页 |
| 3.5.7.2 下调趋势(profile8)基因富集分析 | 第48-50页 |
| 3.5.8 荧光定量PCR验证 | 第50-52页 |
| 4 讨论 | 第52-60页 |
| 4.1 鸡胸腺发育过程中重量和指数变化规律 | 第52页 |
| 4.2 鸡胸腺发育过程中组织结构变化规律 | 第52-53页 |
| 4.3 鸡胸腺发育过程中细胞增殖的变化规律 | 第53页 |
| 4.4 鸡胸腺发育过程中肥大细胞的变化规律 | 第53-54页 |
| 4.5 鸡胸腺发育过程中基因表达变化规律 | 第54-60页 |
| 4.5.1 上调趋势基因分析 | 第54-56页 |
| 4.5.2 下调趋势基因分析 | 第56-60页 |
| 5 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 附录1 补充数据 | 第67-74页 |
| 附录2 个人简历 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
