| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-37页 |
| 1.1 酞酸酯化合物概述 | 第16-23页 |
| 1.1.1 酞酸酯化合物的来源及性质 | 第16-20页 |
| 1.1.2 酞酸酯化合物的危害及管控 | 第20-22页 |
| 1.1.3 典型酞酸酯DEHP概述 | 第22-23页 |
| 1.2 近海水域和印染废水的特点和危害 | 第23-25页 |
| 1.2.1 近海水域污染的特点和现状 | 第23-24页 |
| 1.2.2 印染废水污染的特点和现状 | 第24-25页 |
| 1.3 酞酸酯化合物的微生物降解研究进展 | 第25-34页 |
| 1.4 微生物基因组学研究 | 第34-35页 |
| 1.4.1 微生物功能基因组学研究 | 第34-35页 |
| 1.4.2 微生物比较基因组学 | 第35页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第35-37页 |
| 第二章 DEHP降解菌的分离与鉴定 | 第37-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-40页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第37-38页 |
| 2.1.2 主要试剂、菌株及质粒 | 第38页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第38-39页 |
| 2.1.4 培养基 | 第39-40页 |
| 2.1.5 溶液配制 | 第40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-44页 |
| 2.2.1 检测方法与标准曲线的建立 | 第40页 |
| 2.2.2 DEHP降解菌的富集、驯化与分离 | 第40-41页 |
| 2.2.3 降解菌株的鉴定 | 第41-43页 |
| 2.2.4 数据的统计与分析 | 第43-44页 |
| 2.3 结果与分析 | 第44-47页 |
| 2.3.1 检测方法与标准曲线的建立 | 第44页 |
| 2.3.2 降解菌的分离与筛选 | 第44-45页 |
| 2.3.3 降解菌YC-YT1生长曲线绘制及生物量测定 | 第45页 |
| 2.3.4 降解菌的鉴定 | 第45-46页 |
| 2.3.5 菌株YC-YT1的BIOLOG鉴定 | 第46-47页 |
| 2.3.6 菌株YC-YT1的16SrDNA分析 | 第47页 |
| 2.4 讨论 | 第47-49页 |
| 第三章 菌株YC-YT1的降解特性与代谢途径分析 | 第49-65页 |
| 3.1 实验材料 | 第49-50页 |
| 3.1.1 实验试剂与仪器 | 第49-50页 |
| 3.1.2 培养基与溶液配制 | 第50页 |
| 3.2 实验方法 | 第50-54页 |
| 3.2.1 单因素法确定不同环境条件对降解过程的影响 | 第50页 |
| 3.2.2 菌株YC-YT1降解DEHP的条件优化 | 第50-51页 |
| 3.2.3 菌株YC-YT1的底物广谱性分析 | 第51-52页 |
| 3.2.4 菌株YC-YT1在DEHP最大浓度和最小浓度下的降解分析 | 第52页 |
| 3.2.5 菌株YC-YT1对DEHP的代谢中间产物检测与代谢途径分析 | 第52页 |
| 3.2.6 菌株YC-YT1降解动力学研究 | 第52-53页 |
| 3.2.7 菌株YC-YT1的应用潜能探索 | 第53-54页 |
| 3.3 结果与分析 | 第54-64页 |
| 3.3.1 不同环境因素对降解的影响 | 第54-56页 |
| 3.3.2 菌株YC-YT1降解DEHP的条件优化 | 第56-59页 |
| 3.3.3 菌株YC-YT1的底物谱分析 | 第59-60页 |
| 3.3.4 菌株YC-YT1在DEHP最大浓度和最小浓度下的降解分析 | 第60页 |
| 3.3.5 菌株YC-YT1降解DEHP的酶促反应动力学分析 | 第60-62页 |
| 3.3.6 菌株YC-YT1对DEHP的代谢中间产物检测与代谢途径分析 | 第62-63页 |
| 3.3.7 菌株YC-YT1的应用潜能探索 | 第63-64页 |
| 3.4 讨论 | 第64-65页 |
| 第四章 菌株YC-YT1基因组测序及分析 | 第65-78页 |
| 4.1 实验材料 | 第65页 |
| 4.1.1 测序菌株 | 第65页 |
| 4.1.2 实验仪器与试剂 | 第65页 |
| 4.2 实验方法 | 第65-67页 |
| 4.2.1 细菌基因组DNA提取 | 第65页 |
| 4.2.2 测序流程 | 第65-66页 |
| 4.2.3 生物信息分析流程 | 第66-67页 |
| 4.3 结果与分析 | 第67-77页 |
| 4.3.1 菌株Rhodococcus ruberYC-YT1基因组DNA的提取 | 第67页 |
| 4.3.2 质控、组装及基因预测 | 第67-68页 |
| 4.3.3 基因功能注释 | 第68-69页 |
| 4.3.4 重复序列预测 | 第69页 |
| 4.3.5 基因岛预测 | 第69-70页 |
| 4.3.6 前噬菌体分析 | 第70页 |
| 4.3.7 CRISPR分析 | 第70页 |
| 4.3.8 基因功能注释 | 第70-74页 |
| 4.3.9 菌株YC-YT1平均核苷酸相似性分析 | 第74-75页 |
| 4.3.10 菌株YC-YT1基因组注释中降解相关特性分析 | 第75-77页 |
| 4.4 讨论 | 第77-78页 |
| 第五章 菌株YC-YT1的比较基因组学分析 | 第78-87页 |
| 5.1 实验材料 | 第78页 |
| 5.1.1 测序菌株 | 第78页 |
| 5.1.2 实验仪器与试剂 | 第78页 |
| 5.2 实验方法 | 第78页 |
| 5.2.1 同源比对分析、本地 Blast 分析及比较基因组学分析 | 第78页 |
| 5.2.2 其他分析工具 | 第78页 |
| 5.3 结果与分析 | 第78-85页 |
| 5.3.1 基于RAST平台的比较基因组学分析 | 第78-82页 |
| 5.3.2 PAEs降解基因簇 | 第82-83页 |
| 5.3.3 酞酸酯降解酯酶基因预测及筛选 | 第83-85页 |
| 5.4 讨论 | 第85-87页 |
| 第六章 DEHP降解酯酶基因的克隆表达及酶学性质分析 | 第87-104页 |
| 6.1 材料与方法 | 第87-88页 |
| 6.1.1 菌株与质粒 | 第87页 |
| 6.1.2 实验仪器 | 第87-88页 |
| 6.1.3 药品与试剂 | 第88页 |
| 6.2 实验方法 | 第88-90页 |
| 6.2.1 菌株YC-YT1对DEHP降解途径及相关基因分析 | 第88页 |
| 6.2.2 基因Dehp1199和Mehp4077的密码子优化、克隆表达及蛋白纯化 | 第88-89页 |
| 6.2.3 DEHP1199和MEHP4077水解酯酶功能验证 | 第89页 |
| 6.2.4 DEHP1199和MEHP4077的酶学性质分析 | 第89-90页 |
| 6.2.5 DEHP1199和MEHP4077的生物信息学初步分析 | 第90页 |
| 6.2.6 DEHP1199和MEHP4077的同源建模及与底物分子对接分析 | 第90页 |
| 6.3 结果与分析 | 第90-103页 |
| 6.3.1 菌株对DEHP的代谢途径及相关基因分析 | 第90-91页 |
| 6.3.2 构建得到PET-DEHP1199和PET-MEHP4077 | 第91-94页 |
| 6.3.3 蛋白表达纯化 | 第94-95页 |
| 6.3.4 DEHP1199和MEHP4077的功能验证 | 第95-96页 |
| 6.3.5 DEHP1199的酶学特征分析 | 第96-99页 |
| 6.3.6 DEHP1199和MEHP4077的生物信息学初步分析 | 第99-102页 |
| 6.3.7 酶蛋白Dehp1199和Mehp4077的同源建模及与相应底物的分子对接分析 | 第102-103页 |
| 6.4 讨论 | 第103-104页 |
| 第七章 全文总结 | 第104-107页 |
| 7.1 实验结果 | 第104-105页 |
| 7.2 创新点 | 第105页 |
| 7.3 研究展望 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-120页 |
| 附录 | 第120-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 作者简历 | 第134页 |
