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基于生物计算对SMG1和PCL脂肪酶热稳定性改造的应用基础研究

摘要第5-6页
ABSTRACT第6-7页
主要符号表第8-13页
第一章 绪论第13-29页
    1.1 热稳定性酶概述第13-17页
        1.1.1 酶热稳定性的定义及其常用表示方法第13-14页
        1.1.2 热稳定性酶的应用第14页
        1.1.3 影响酶热稳定性的因素第14-17页
    1.2 酶分子热稳定性改造策略第17-26页
        1.2.1 非理性设计第17-18页
        1.2.2 理性设计第18-21页
        1.2.3 半理性设计第21-26页
    1.3 偏甘油酯脂肪酶第26-28页
        1.3.1 偏甘油酯脂肪酶SMG第27页
        1.3.2 偏甘油酯脂肪酶PCL第27-28页
    1.4 本课题研究意义和主要内容第28-29页
第二章 计算机设计SMG1热稳定性突变体第29-42页
    2.1 引言第29页
    2.2 实验材料第29-30页
        2.2.1 菌株与质粒第29页
        2.2.2 培养基及溶液配制第29-30页
        2.2.3 引物合成与DNA测序第30页
        2.2.4 主要仪器第30页
        2.2.5 计算分析软件第30页
    2.3 突变体设计与构建第30-34页
        2.3.1 突变体设计第31-32页
        2.3.2 突变体构建第32-34页
    2.4 实验结果第34-41页
        2.4.1 Rosetta计算后筛选得到的有益突变体第34-36页
        2.4.2 FoldX计算筛选后得到的有益突变体第36-37页
        2.4.3 ABACUS计算筛选后得到的有益突变体第37-39页
        2.4.4 结构上合理位点第39-41页
    2.5 本章小结第41-42页
第三章 SMG1突变体表达纯化和热稳定性分析第42-57页
    3.1 引言第42页
    3.2 实验材料第42页
        3.2.1 表达菌株第42页
        3.2.2 培养基第42页
    3.3 实验方法第42-44页
        3.3.1 突变质粒和表达菌株构建第42页
        3.3.2 SMG1和突变体蛋白诱导表达第42-43页
        3.3.3 菌液处理第43页
        3.3.4 目的蛋白纯化和热稳定性检测第43-44页
    3.4 叠加突变体构建与热稳定性检测第44页
        3.4.1 叠加突变体构建第44页
        3.4.2 叠加突变体表达纯化及热稳定性检测第44页
    3.5 叠加突变体酶活性及酶学性质检测第44-45页
    3.6 二轮计算机设计突变体第45页
    3.7 实验结果第45-55页
        3.7.1 突变体蛋白表达情况汇总第45-47页
        3.7.2 突变体Tm值测定结果汇总第47-49页
        3.7.3 叠加突变体构建路线和表达情况第49-51页
        3.7.4 叠加突变体热稳定性及酶学性质测定第51-54页
        3.7.5 二轮计算筛选突变体第54页
        3.7.6 二轮计算突变体构建、表达及热稳定性测定第54-55页
        3.7.7 最优突变体酶活性测定第55页
    3.8 本章小结第55-57页
第四章 氨基酸替换结合结构分析对PCL热稳定性改造第57-74页
    4.1 引言第57页
    4.2 突变体设计思路第57-58页
    4.3 实验方法第58-61页
        4.3.1 突变体构建第58-60页
        4.3.2 突变体表达和纯化第60-61页
    4.4 活性检测、热稳定性评估及其它酶学性质测定第61-63页
        4.4.1 滴定法测定酶活第61-62页
        4.4.2 热稳定评估第62页
        4.4.3 PCL与突变体生化性质测定第62页
        4.4.4 Km、Kcat值测定第62-63页
    4.5 动力学(MD)分析热稳定性第63页
    4.6 实验结果第63-73页
        4.6.1 突变体设计结果第63-68页
        4.6.2 突变体纯化结果第68-69页
        4.6.3 Tm值和T1/2值测定结果第69-70页
        4.6.4 生化性质测定第70页
        4.6.5 Km、Kcat值测定结果第70-71页
        4.6.6 动力学结果分析第71-73页
    4.7 本章小结第73-74页
第五章 两种热稳定性改造方法总结和比较第74-78页
    5.1 引言第74页
    5.2 两种热稳定性改造方法总结第74-77页
        5.2.1 计算机结合结构分析的蛋白质热稳定性设计第74-75页
        5.2.2 氨基酸替换结合蛋白质的结构分析的蛋白质热稳定性设计第75-76页
        5.2.3 两种酶热稳定性方法比较第76-77页
    5.3 本章小结第77-78页
结论与展望第78-79页
参考文献第79-89页
攻读硕士学位期间取得的研究成果第89-90页
致谢第90-92页
附件第92页

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