| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语 | 第9-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| 1.1 耳朵的基本结构 | 第14页 |
| 1.2 外耳的发育 | 第14-16页 |
| 1.3 人类外耳先天性发育畸形 | 第16-17页 |
| 1.4 人类先天性小耳畸形的遗传机理 | 第17-25页 |
| 1.4.1 先天性小耳畸形伴发率 100%的综合症 | 第17-19页 |
| 1.4.2 先天性小耳畸形伴发率在 50%以上的综合症 | 第19-21页 |
| 1.4.3 影响小耳畸形的其他重要功能基因 | 第21-25页 |
| 1.5 家猪外耳表型变异的遗传学研究 | 第25-28页 |
| 1.5.1 家猪外耳大小的 QTL 定位研究 | 第25-26页 |
| 1.5.2 影响家猪外耳大小的 PPARD 基因的 G32E 因果突变位点 | 第26-27页 |
| 1.5.3 影响家猪外耳大小的 MSRB3 主效基因 | 第27-28页 |
| 1.6 单基因疾病因果突变位点的鉴别手段 | 第28-30页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 研究正文 | 第31-68页 |
| 2.1 引言 | 第31页 |
| 2.2. 材料和方法 | 第31-41页 |
| 2.2.1 实验动物 | 第31页 |
| 2.2.2 GWAS 定位 | 第31-32页 |
| 2.2.3 IBD 精细定位与断点重组分析 | 第32页 |
| 2.2.4 目的区域捕获重测序 | 第32-33页 |
| 2.2.5 因果基因和因果突变位点的鉴别 | 第33-34页 |
| 2.2.6 RNA-Seq 分析 | 第34-38页 |
| 2.2.6.1. 样本制备 | 第34-35页 |
| 2.2.6.2. 建库测序 | 第35页 |
| 2.2.6.3 差异表达基因（DEGs）的筛选 | 第35-37页 |
| 2.2.6.4 验证 DEG 的 Q-PCR 实验 | 第37-38页 |
| 2.2.6.5 DEGs 的 GO、 Pathway 和基因基因网络富集分析 | 第38页 |
| 2.2.7 人类先天性外耳畸形强候选基因的筛选 | 第38页 |
| 2.2.8 SNP 搜寻及候选突变的影响力预测 | 第38-41页 |
| 2.3. 结果和讨论 | 第41-68页 |
| 2.3.1 系谱分析表明家猪先天性外耳发育畸形呈常染色体单基因隐性遗传模式 | 第41-43页 |
| 2.3.2 GWAS 分析将因果基因定位于 18 号染色体上 5.0 Mb 区域内 | 第43-44页 |
| 2.3.3 IBD 和重组断点分析将致病基因精细定位于 18 号染色体上 2.0 Mb 的区段内 | 第44-46页 |
| 2.3.4 目的区域捕获重测序鉴别到 15 个候选因果突变位点 | 第46-49页 |
| 2.3.5 HOXA1 基因的 c.451 G>TC 突变是因果突变位点 | 第49-52页 |
| 2.3.6 RNA-Seq 分析揭示出 337 个在正常和患病个体间的差异表达功能基因 | 第52-63页 |
| 2.3.6.1 收获 14.25 日龄的全同胞患病和正常个体胚胎 | 第52-53页 |
| 2.3.6.2 RNA-Seq 测序质量和数据产出量 | 第53-55页 |
| 2.3.6.3 筛选到 337 个 DEGs | 第55-56页 |
| 2.3.6.4 10 个 DEGs 的 Q-PCR 实验验证 | 第56-57页 |
| 2.3.6.5 DEGs 的 GO、Pathway 和基因网络分析 | 第57-63页 |
| 2.3.8 生物信息学分析提示 FGF1、FGFR3 和 HOXC4 等基因是影响人小耳畸形的强候选基因 | 第63-65页 |
| 2.3.9 在人类小耳畸形症患者的 7 个候选基因外显子中搜寻到 4 个强候选因果突变 | 第65-68页 |
| 全文总结 | 第68-69页 |
| 后续工作展望 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
